در نتیجه ویرانگری‌های مغول‌ها در ایران، ظهور رژیم‌هایی بی‌ثبات و ظالم در این منطقه، و مهاجرت شبانکارگان ترک به آن تشکیلات اجتماعی-مذهبی جدیدی در جامعه‌ی این کشور پدید آمدند. با تخریب و ویرانی گسترده‌ی شهرها و فقدان یک حکومت حمایت کننده از اسلام، رهبری مذهبی در آناتولی غربی، شمال غربی ایران، شمال بین‌النهرین در دست مبلغان صوفی مسلک قرار ‌گرفت. این مبلغان که از طرق معجزه‌آسایی بیماران را علاج می‌کردند و دارای نیروهای اسرارآمیزی بودند ادعای مرجعیت دینی مردم را داشتند. اینان به پیروان خود مژده می‌دادند که بالاخره نجات بخشی خواهد آمد تا مردم عادی را از شرایط سخت سیاسی و اقتصادی زمان برهاند. این نجات‌بخش «قطب عالم ملکوت» و پناه ستمدیدگان معرفی می‌شد. صوفیان جنبش‌های محلی متعددی را بوجود آوردند و بدینوسیله به مخالفت با اعمال سرکوبگرانه‌ی رژیم‌های حاکم برخاستند. این جنبش‌ها متشکل از مردمان روستایی بودند.
برخی از این جنبش‌ها در خور توجه می‌باشند. جنبش کبراویه که در قرن سیزدهم در غرب ایران ظهور یافت از آن جمله می‌باشد. این فرقه به نام نجم‌الدین کبری (1221-1145/6) معروف است اما از مؤسس واقعی آن سمنانی (1336-1261) می‌باشد. این فرقه که اعضای خانواده پیامبر از جمله علی (علیه السلام) را در کنار رهبران بزرگ اهل سنت (از جمله ابوبکر و عمر) محترم می‌شمرد هم در بین سنیان و هم در بین شیعیان پیروانی پیدا کرد. کبراویه همچنین در نظر داشت تا بودایی‌ها و مشرکان را به سمت پذیرش اسلام سوق دهد. حروفیه نیز جنبش مهم دیگری بود که توسط فضل‌الله استرآبادی (وفات 1394) تأسیس شد و اسلام عامه پسندتری را ارائه داد. استرآبادی خود را امام غایب و مدعی شد که به وحی مستقیم الهی دسترسی دارد. او معتقد بود می‌توان از طریق تفسیر حروف و فهم معانی ضمنی نهفته در آنها به امور غیبی و ملکوتی علم پیدا کرد. زیرا حروف مظهری از وجود خدا می‌باشند. فضل‌الله عقیده داشت که علم به امور غیبی و آسمانی باعث رستگاری انسان می‌شود. علاوه بر اینها جنبش‌های دیگری نیز وجود داشتند که از درگیری نهایی بین خیر و شر و آزادی بشر با ظهور قریب‌الوقوع مهدی خبر می‌دادند. جنبش سربداران که توسط شیخ خلیفه (اواسط قرن چهاردهم) و شاگردش شیخ حسن جوری تأسیس شد بر این عقیده بود که امام غایب به زودی می‌آید و جهان را از چنگال فساد می‌رهاند. این جنبش با رهبران و اربابان محلی متحد شد و علیه سلطه‌ی مغول به پا خاست. نوربخش (1465-1393) نیز همانند بسیاری از روحانیان مبارز معتقد بود مهدی راستین کسی است که با نام اسلام جهاد می‌کند. او در کردستان به پا خواست و شورشی را علیه حکام محلی تیموری به راه انداخت.
جنبش صفویه که توسط شیخ صفی‌الدین (1334-1252)، صوفی سنی مسلکی که در خانواده‌های کُرد در شمال غربی ایران متولد شده بود، نمود دیگری از احیای اسلام عرفی (1)، در مخالفت با سلطه‌ی ظالمانه و ستمگرانه‌ی حکام بود. این جنبش برخلاف جنبش‌های دیگر موفق به فتح ایران و تأسیس سلسله‌ای شد که از سال 1501 تا سال 1722 پابرجا بود. شیخ صفی‌الدین با تبلیغ اسلامی اصلاح شده جنبش خود را آغاز کرد. پس از آن، پسرش، صدرالدین رهبری فرقه‌ی صفویه را در دست گرفت (1391-1334). صدرالدین به اینکه فرقه ماهیتی موروثی و سیاسی بخشید. او اولین رهبر صفویه بود که ادعا کرد از نسل پیامبر می‌باشد. صدرالدین با احداث اقامتگاه‌ها و مدارس در اردبیل مقر این فرقه را گسترش داد و به فعالیت‌های تبلیغی جنبش بیش از پیش افزود. وی همچنین در درون فرقه‌ی نظامی سلسله مراتبی را به وجود آورد. در این نظام رهبر فرقه «مرشد» نامیده می‌شد. هر مرشد دارای نمایندگان مستقیمی بود که «خلیفه» نام داشتند. خلیفه‌ها بر مبلغان، دستیاران مبلغان، محصلان، و بر تازه‌واردان نظارت داشتند.
در قرن پانزدهم جنبش صفویه به نیروی سیاسی قدرتمندی در مناطق شمال غربی ایران و مناطق شرقی آناتولی تبدیل شد. با فروپاشی رژیم تیموریان و بروز درگیری‌های تلخ بین قبایل مختلف ترک این جنبش از فرصت استفاده کرد و از فعالیت‌های تبلیغی به فعالیت‌های مبارزاتی روی آورد. شیخ جنید (صوفی بزرگ 60-1447) اولین مرشد این جنبش بود که بر اهمیت جهاد تأکید می‌کرد. او طرف‌دارانش در آناتولی شرقی را گردهم آورده بود و به وسیله‌ی آنها حملاتی را علیه مسیحیان گرجستان و ترابوزان (2) انجام می‌داد. اما به زودی جنگ‌های او علیه مسیحیان به جنگ‌های علیه دولت‌های مسلمانی تبدیل شد که وی آنها را رژیم‌های کافر می‌خواند.
صفویان برای تداوم سیاست مبارزاتی خود نیاز به جلب حمایت هرچه بیشتر افراد و رؤسای قبایل و اویماق‌های مختلف داشتند. طرفداران صفویان در آناتولی گروه‌هایی بودند که از آسیای صغیر و سوریه‌ی شمالی آمده بودند. با توجه به اینکه این گروه‌ها با نام منطقه‌ای که از آن آمده بودند شناخته می‌شدند می‌توان دریافت آنها به هیچ وجه ماهیت فامیلی یا قبیله‌ای نداشتند. حامیان ایرانی صفویان نیز شبانکارگان، کشاورزان، صنعتگران، و رؤسای طوایف ترک، کُرد و لُری بودند که برای مقابله با طوایف قدرتمندتر به این جنبش پیوسته بودند. یکی از تاکتیک‌های شیخ جنید برای بدست آوردن طرفداران جدید این بود که با خانواده‌های اشراف محلی پیوند ازدواج برقرار می‌کرد. این عمل هم باعث برقراری اتحاد بین خانواده‌ها و او می‌شد و هم باعث می‌شد که قبایلی به طور کامل به جنبش صفویه بپیوندند. در دوره‌ی جنید کلاهی سرخ رنگ به نام سربازان و مریدان خانواده‌ی صفویه تبدیل شد. از آن پس سربازان جنبش صفویه را قزلباش یعنی سر سرخ می‌نامیدند.
در زمان اسماعیل (1524-1487 ) جنبش صفویه پس از وقفه‌ای مجدداً به فعالیت‌های سیاسی-نظامی روی آورد. در آن زمان پایه‌های عقیدتی جنبش تشریح و تبیین شد و طرف‌اری صفویه از تشیع علنی گردید. شاه اسماعیل خود را امام غایب شیعیان، صورت تناسخ یافته‎‌ی علی (علیه السلام) (3)، و تجسم خدا معرفی می‌کرد. او مدعی بود که از نسل امام هفتم و هفتمین نسل از خانواده‌ی صفویه می‌باشد. شاه اسماعیل اعتقاد داشت هر امامی دارای «آتشی الهی» (4) می‌باشد که پس از مرگش به نسل بعد از وی منتقل می‌شود. تأکید صفویه بر اصل و تبار و ادعای آنها مبنی بر هم تبار بودن با ائمه عامل مهمی در مشروعیت بخشیدن به اصل «جانشینی موروثی» در امپراتوری آنها بود. این اصل، خود به عنوان عامل مهمی در حفظ ثبات امپراتوری عمل نمود. اسماعیل سعی می‌کرد آمیزه‌ای از عقاید و تعالیم جنبش‌های صوفیگری را که در آناتولی و شمال غربی ایران ظهور رسیده بودند ارائه کند. وی همچنین تلاش می‌نمود ملقمه‌ای از گرایش‌های مختلف مذهبی از جمله مذهب تشیع، مذهب اهل تسنن، بودائیسم، و زردشتی‌گری را ارائه نماید. یکی دیگر از ادعاهای اسماعیل این بود که روح خضر-دارنده‌ی دانش قدیم-و روح عیسی در وی حلول کرده است. و همچنین با این ادعا که آتش ازلی الهی و هشت را روشنی بخشیده است (آتشی که قبل از قرآن و خلق جهان وجود داشته است، و از خانواده‌ی پیامبر به اسماعیل انتقال یافته است) خود را در آن واحد هم مهدی و هم شاه می‌دانست. یعنی هم خود را را رهبر دنیوی مردم معرفی می‌کند و هم رهبری مذهبی، این‌گونه ادعاها که به رهبران بعدی صفویه نیز نسبت داده شدند بر فرمانبرداری کامل قزلباش‌ها و مردم از رهبران جنبش صفویه تأکید می‌کردند. با توجه به این ادعاها زیر سؤال بردن صلاحیت رهبری جنبش در حکم ارتداد بود.
ستیزه‌جویی سیاسی صفویان و تأکید آنها بر ادعاهای مذهبی خود با ویژگی جدیدی بودند که در جنبش‌های صوفیگری ایران تا آن زمان مشاهده نمی‌شد. بدین ترتیب صفویان نوع جدیدی از جنبش‌های& صوفیگری را پدید آوردند. در حالی که جنبش‌های مهدویت باور دیگر پیرو مذهب اهل تسنن بودند و یا بدون تعهد به مکتب تشیع صرفاً برای دفاع از اسلام، از ائمه‌ی شیعه و تعالیم آنها حمایت می‌کردند. صفویان مدعی بودند خود مظهر و تجسم ائمه هستند. آنها که سربازان، رؤسای قبایل، و جنگاوران ترک بسیاری را به استخدام درآورده بودند از نفوذ مذهبی خود برای ایجاد ائتلافی بین رؤسای اویماق‌های مختلف و تشکیل جنبش مذهبی-سیاسی گسترده استفاده نمودند و بدین ترتیب توانستند امپراتوری صفویه را بنیاد نهند.
امپراتوری صفویه هنگامی تشکیل گردید که به علت ورود مفاهیم و تعاریف ترک و مغول و در خصوص حکومت، جایگاه نظام سلطنتی در ایران تقویت شده بود و علی‌رغم آن بنیان‌های مذهبی و سیاسی حکومت مرکزی دچار ضعف و تزلزل گردیده بودند. مهاجرت اقوام بسیاری از آسیای مرکزی به ایران و بی‌ثباتی دولت‌های مغول و تیموریان دو عاملی بودند که باعث افزایش و تقویت گروه‌های قبیله‌ای و طایفه‌ای در پیش از تشکیل امپراتوری صفویان گشته بودند؛ اویماق‌ها از جمله این گروه‌ها بودند که قدرت بسیاری داشتند. به دنبال ظهور این گروه‌ها مردمان کشاورزپیشه هم به طریقت‌های صوفیگری روی‌آوردند. آنها که سخت مورد استثمار و آزار گروه‌های مذکور قرار گرفتند برای یافتن رهبرانی جهت مبارزه علیه این گروه‌ها به صوفیان روی ‌آوردند و لذا جنبش‌های صوفیگری متعددی را به راه انداختند. صفویان برای تشکیل حکومت خود، هم از مردمان کشاورزپیشه استفاده کردند و هم از نیروهای نظام اویماق‌ها. بدین ترتیب امپراتوری که آنها به وجود آوردند، بر سه پایه‌ی نیروهای حکومتی، نیروهای قبیله‌ای و نیروهای مذهبی قرار داشت.
اسماعیل در سال 1501 تبریز را به تصرف آورد و خود را پادشاه ایران نامید. وی در طول دهه اول قرن شانزدهم توانست کل ایران را متصرف شود. در زمانی که امپراتوری عثمانی از طرف غرب تا آن سوی آناتولی شرقی، و امپراتوری شیبانیان یا از طرف مشرق تا رود جیحون را تحت کنترل خود درآورده بودند شاه اسماعیل زمانی است مرزهای ایران را گسترش دهد و بیگانگان را از کشور بیرون براند. مرزهای کنونی ایران تقریباً همان مرزهایی است که در زمان شاه اسماعیل تثبیت شد. این مرزها خاورمیانه را به سه حوزه‌ی فرهنگی ترک‌های عثمانی، ایرانیان، و مسلمانان آسیای مرکزی تقسیم می‌کردند. در اثر رقابت‌های سیاسی بین رژیم‌های این سه حوزه رابطه‌ی فرهنگ اسلامی عثمانیان با فرهنگ اسلامی ایران قطع گردید و شکاف فرهنگی بین ایران و آسیای مرکزی نیز افزایش یافت.
مشکلاتی که صفویان در راه ساختن مجدد دولت و جامعه در ایران با آن مواجه بودند کم نبود. قرن‌ها ناآرامی سیاسی زیربنای اقتصادی این منطقه را ویران کرده بود. تولیدات کشاورزی و شهری این منطقه در اثر تهاجمات چادرنشینان به تدریج کاهش یافته بود. سیر قهقرایی اقتصادی در این منطقه در واقع به معنای کاهش منابع مورد نیاز یک دولت متمرکز بود. کاهش جمعیت کشاورزپیشه نیز در حقیقت به معنای کاهش منابع نیروی انسانی برای حکومت بود.
مشکل اصلی دولت صفوی عبارت بود از تحکیم موقعیت مذهبی پادشاه و تثبیت تسلط نظامی و اداری حکومت مرکزی بر اویماق‌های قزلباشی که ایران را به تصرف صفویان درآورده بودند. در زیر سطح دولت صفوی، ایران عملاً بین اویماق‌های مختلف تقسیم شده بود. طایفه‌ی غالب در هر اویماق بر طوایف مطیع خود، و وابستگان قبیله‌ای خود و بر شهرها و روستاها حکمرانی می‌کرد. برای مثال «موصللوها» (5) که در ابتدا بر سوریه‌ی شمالی و آناتولی شرقی حکمرانی می‌کردند و در دوره‌ی صفویان مناطق وسیعی از غرب ایران را تحت کنترل خود درآورده بودند، «اُستاجلوها» (6) نیز توانسته بودند قلمرو خود را از موطنشان (گیلان) تا آذربایجان و کوه‌های البرز گسترش دهند. به علاوه رؤسای اویماق‌ها دارای مسئولیت‌هایی در دولت صفوی بودند. همچنین مبالغی به عنوان یارانه و درآمد مالیاتی به آنها داده می‌شد، سربازان در اختیار آنها گذاشته می‌شد، و امتیازهای اقتصادی متعددی برای آنها در نظر گرفته می‌شد. مجموعه‌ی این حقوق و امتیازات باعث قدرتمند شدن هرچه بیشتر اویماق‌ها و رؤسای آنها گردیده بودند. اما گروه‌های سست قبیله‌ای و اویماق تنها مدعیان قدرت سیاسی در ایران صفوی نبودند، بلکه اویماق‌ها خود با مخالفت طبقه متوسط شهری و کشاورزانی مواجه بودند که در گروه‌های مذهبی مخفی سازماندهی شده بودند. در سال‌های 1537 و 1538 مردمان فارس استرآبادی شورشی را به رهبری محمد صالح بوتوکچی (7) علیه نخبگان ترک حاکم برپا کردند. بوتوکچی خواستار برابری، مساوات و رهایی مردم ستمدیده از چنگال حکام ظالم بود. شورش‌های کشاورزی مشابهی نیز در مازندران، گیلان، آذربایجان، فارس، و افغانستان به راه افتادند. بدین ترتیب گروه‌های کشاورزی نیز تحت رهبری رؤسای قبایل، بازرگانان، و صوفیان به مبارزه‌ای چندجانبه برای کسب قدرت سیاسی و اجتماعی دست زده بودند. در سرتاسر دوره‌ی صفویان سلسله‌ی حاکم تنها از کنترل محدودی در مناطق تحت سلطه‌ی خود برخوردار بود. در واقع پادشاه در جامعه‌ای حکمرانی می‌کرد که در سطح محلی تحت کنترل اویماق‌ها و گروه‌های دیگر قرار داشت؛ این گروه‌ها برای توسعه‌ی قلمرو نفوذی خود دائماً با هم می‌جنگیدند.

نقشه 1. ایران در دوران صفویان: قرن هفدهم
صفویان برای مقابله با این پراکندگی قدرت سعی کردند به قدرت نظامی و اداری دولت تمرکز ببخشند و تشکیلات مذهبی جدیدی را بوجود بیاورند که از یک طرف قدرت شاه را افزایش دهند و از طرف دیگر از قدرت نخبگان محلی بکاهند. شاه اسماعیل در راستای این اهداف تلاش کرده تا دستگاه اداری و بروکراتیک نماید و با کاهش قدرت نظامیان ترک، قدرت مقامات فارس نژادی را که در دستگاه حکومتی مشغول به خدمت بودند افزایش دهد. از این‌رو وی یکی از مقامات فارس را به عنوان «وکیل» خود مسؤول اداره‌ی حکومت، ارتش و همچنین سرپرست امور مذهبی قرار داد. شاه اسماعیل مدیریت امور داخلی کشور نیز بر عهده‌ی «وزیری» که فارس بود گذاشت. به علاوه زمین‌هایی را به فرماندهان نظامی (امیران) واگذار کرد و در مقابل از آنها خواست تا مبالغی را به حکومت مرکزی بدهد و مخارج گروهی از سربازان حکومت را تأمین کنند. و همچنین سعی کرد با انتصاب مردان پایین رتبه تر اویماق‌ها به عنوان فرماندهان نظامی قدرت فرماندهان بزرگ قزلباش را محدود کند و بدین وسیله کنترل ارتش را در دست بگیرد. وی عالمی دینی را نیز به عنوان سرپرست دستگاه قضایی و موقوفات قرار داد (این شخص «صدر» نامیده می‌شد). در کنار این اقدامات شاه اسماعیل به تقلید از رژیم‌های نخستین اسلامی سپاهیانی نیز از بردبان گرجی، ترک، چرکسی (8)، و ارمنی تشکیل داد تا بدین وسیله از قدرت جنگ سالاران ترک بکاهد.
پس از مرگ شاه اسماعیل تلاش برای تمرکز بخشیدن به قدرت سیاسی تا اواخر قرن شانزدهم متوقف شد. در این زمان شاه‌عباس (1629-1588) به قدرت رسید و برنامه‌ی ایجاد دولتی متمرکز را از سرگرفت. وی سعی کرد با کاهش قدرت اویماق‌ها (از طریق تقویت ارتش متشکل از بردگان)، ایجاد یک دستگاه اداری متمرکز، برقراری رونق اقتصادی، و احیای بنیان‌های مذهبی و سنتی مشروعیت صفویان، نظام سیاسی حکومت خود را به طور کلی دگرگون کند.
شاه عباس اقدامات اصلاحی خود را با تجدید سازمان ارتش آغاز کرد. او حامیان قزلباش خود را گرد هم جمع کرد و از آنها سپاهی با نام «شاهسون» و دوستداران شاه تشکیل داد. و همچنین سپاهیانی از غلامان ارمنی و گرجی به وجود آورد و آنها را تحت رهبری گرجی تازه مسلمانی به نام الله‌وردی خان قرار داد. شاه عباس همچنین با هدف مُدرن کردن ارتش و رساندن توان نظامی خود به توان نظامی امپراتوری عثمانی برای اولین بار از تفنگ‌های سرپر و واحدهای توپخانه در ارتش استفاده کرد. ترکیبی از نیروهای غلام قفقازی و پیاده‌نظام ایرانی به همراه واحدهای توپخانه چنان قدرتی به شاه‌عباس بخشیدند که توانست به وسیله‌ی آن مرزهای حوزه قلمرو خود را حفظ کند و اقتدار و نفوذ داخلی خود را افزایش دهد. بدین ترتیب شاه‌عباس برای مقابله با نخبگان مستقل در ایران از تشکیلات نظامی دولت‌های اسلامی و خاورمیانه‌ای که قرن‌ها پیش وجود داشتند الگو گرفت.
شاه‌عباس در نظر داشت که ارتش غلامان خود را از حمایت دستگاه اداری نیز برخوردار کند اما تحقق این امر مستلزم تجدید سازمان دستگاه مذکور بود. لذا وی زمین‌های کشاورزی را از کنترل قزلباش‌ها خارج کرد، آنها را به عنوان زمین‌های سلطنتی قرار داد، و مسئولیت سرپرستی و کشت این زمین‌ها را بر عهده‌ی وزیران خود گذاشت. وزرای مذکور به علاوه می‌بایست در زمینه‌ی گسترش شبکه‌های آبرسانی این زمین‌ها سرمایه‌گذاری می‌کردند، از کشاورزان در مقابل ظلم و ستم دیگران حمایت می‌نمودند، و جریان جمع‌آوری کامل مالیات‌ها و مال الاجاره‌ها را تضمین می‌نمودند. با این‌حال شاه‌عباس به دستگاه اداری خود تمرکز کاملی نبخشید. او برای پرداخت حقوق سربازان به الگوی اسلامی و ایرانی واگذاری اقطاع متوسل شد. اقطاع واگذار شده گاهی اوقات از تحت نظارت حکومت مرکزی خارج می‌شدند و به زمین‌های شخصی تبدیل می‌گردیدند.
سیاست تمرکزگرایی شاه‌عباس تأثیرات عمیقی بر روی نهاد اویماق گذاشت. این سیاست منجر به کاهش قدرت نخبگان ترک و قدرت یافتن غلامان نظامی (اینان بعداً به رهبران اویماق‌ها تبدیل شدند) و مقامات فارس گردید. شاه‌عباس در نظر داشت تا قدرت نخبگان محلی ضعیف‌تر را افزایش داده و از قدرت نخبگان بسیار متنفذ محلی بکاهد. وی توانست بدون تغییر ساختار سیاسی اویماق‌ها دولت نخبگان بزرگ ترک را کاهش دهد و تعادل قدرتی را بین حکومت مرکزی و نخبگان اویماق‌ها برقرار نماید. این تعادل تا پایان حیات شاه‌عباس تداوم یافت.
هزینه‌ی اصلاحات نظامی و اداری شاه‌عباس تا حدودی از طریق فعالیت‌های گسترده‌ی بازرگانی تأمین می‌شد. او تولید ابریشم را افزایش داد و جریان عرضه‌ی آن را در دست تجاری که تحت کنترل دولت بودند گذاشت. در زمان وی، دولت با آوردن بازرگانان ارمنی به اصفهان و قرار دادن آنها به عنوان واسطه‌ی بین خود و مشتریان خارجی توانست از جایگاه مهمی در تجارت ایران برخوردار شود. شاه عباس همچنین کارخانه‌هایی را احداث کرد تا به تولید محصولات لوکس برای خانواده‌ی سلطنتی و صادرات بپردازند. صنعت تولید فرش هم که یک صنعت خانگی بود در انحصار کارخانه‌های بزرگی درآمد که همه در اصفهان متمرکز بودند. صنعت تولید ابریشم و صنعت تولید پارچه‌های مخمل، حریر، ساتن، و تافته (9) نیز در دوران شاه‌عباس تحت اختیار و انحصار خانواده‌ی سلطنتی قرار گرفتند. در این دوره همچنین سفالگران ایرانی با تقلید از «چینی» چین و با کمک چینیانی که از کشور چین به ایران آورده شده بودند «چینی» ویژه‌ای را ابداع کردند. همچنین شاه‌عباس با احداث جاده‌ها و کاروانسراهای مختلف باعث گسترش و رونق تجارت در سراسر ایران شد.
نخستین فرصت ایران برای ورود مستقیم به صحنه‌ی تجارت بین‌الملل در دوران صفویه، حاصل کمک و ابتکار عمل بریتانیا بود. از اوایل قرن شانزدهم پرتغالی‌ها کنترل تجارت در اقیانوس هند را در دست گرفته بودند و بریتانیا در پی فرصتی برای راندن آنها از این منطقه بود تا بتواند به ادویه و کالاهای لوکس شرق دسترسی مستقیم پیدا کند. اولین انگلیسی‌هایی که بر خاک ایران قدم گذاشتند روبرت و آنتونی شرلی بودند. آنها بازرگانان ماجراجویی بودند که در سال 1598 وارد ایران گردیدند. در سال 1616 کمپانی هند شرقی انگلیس از حق تجارت آزادانه در ایران برخوردار شد و در عوض این امتیاز، بریتانیایی‌ها به شاه‌عباس کمک کردند تا پرتغالی‌ها را از بندر هرمز در خلیج فارس براند و بندر جدیدی در آنجا بسازد (بندرعباس). این پیروزی مشترک، هلند را بر آن داشت تا وارد صحنه‌ی تجارت با ایران شود. با ورود هلند، انگلیس نتوانست موقعیت خود را حفظ کند و لذا تا سال 1645 از صحنه‌ی رقابت خارج شد. کمپانی هند شرقی فرانسه نیز در سال 1664 وارد صحنه شد ولی اولین پیمان ایران و فرانسه تنها در سال 1708 منعقد گردید. اعطای امتیازات تجاری و حمایت از فرقه‌های مسیحی در ایران از جمله مفاد آن بود. در عین حال پس از مدتی دولت انگلیس توانست مجدداً نفوذ خود را در ایران باز یابد و به مدت دو قرن (قرن هجدهم و نوزدهم) قدرت برتر اقیانوس هند و خلیج فارس باشد.
به هر ترتیب در زمان شاه‌عباس بازرگانان ارمنی که از یک سو با بریتانیایی‌ها، فرانسوی‌ها، و یا هلندی‌ها پیوند داشتند و از سوی دیگر از حمایت شاه برخوردار بودند توانستند سریعاً پیشرفت کنند و در زمینه تجارت ابریشم، فرش‌های پشمی، شال (10)، و چینی‌جات به رقبای عمده‌ای برای تجار پرتغالی و عثمانی تبدیل شوند. آنها بعد از شاه عباس نیز توانستند موقعیت خود را حفظ کنند. اما در اواخر قرن هفدهم تجارت بین‌المللی ایران عمدتاً تحت کنترل تجار اروپایی قرار گرفت.

بخش اصلی برنامه‌ی اقتصادی و اداری که شاه عباس ایجاد یک پایتخت جدید (اصفهان) بود. ساخت چنین شهری برای تحقق اهداف اقتصادی و سیاسی یک دولت متمرکز و مشروعیت بخشیدن سلسله‌ی صفویه ضروری بود. صفریان این شهر جدید را بر گرد «میدان شاه» احداث کردند. میدان شاه میدانی است بزرگ به طول و عرض 500 و 160 متر. از این میدان به عنوان یک بازار، مکانی برای برپایی جشن‌ها، و همچنین به‌ عنوان زمینی برای بازی چوگان استفاده می‌شد. این میدان با یک ردیف دو طبقه از مغازه‌ها و چند ساختمان مهم که در چهار جهت اصلی آن قرار دارند احاطه شده است. در سمت شرق این میدان مسجد شیخ لطف‌الله واقع است. این مسجد که کار ساخت آن در سال 1603 آغاز شد و در سال 1618 به پایان رسید فقط به عنوان محلی برای عبادت شخصی پادشاه مورد استفاده قرار می‌گرفت. در سمت جنوب نیز مسجد سلطنتی قرار دارد که کار ساخت آن در سال 1611 آغاز شد و در سال 1629 پایان یافت. در سمت غرب نیز کاخ عالی‌قاپو واقع است که مقر حکومتی بوده است. در سمت شمال این میدان نیز طاق (11) ماندگاری وجود دارد که سر در ورود به بازار سلطنتی و مغازه‌ها، حمام‌ها، کاروانسراها، مساجد، و مدارس متعدد آن می‌باشد. میدان شاه تا کاخ تابستانی پادشاه که در خیابان چهارباغ واقع است دو ونیم مایل فاصله دارد. این کاخ محل به حضور پذیرفتن سفیران خارجی و انجام مراسم حکومتی بوده است. در بخش‌های دیگر خیابان چهارباغ-باغ‌های بزرگ، حرم پادشاه، و منازل درباریان و سفیران خارجی قرار داشتند. به طور کلی شهر اصفهان شاهکار شهرسازان خاورمیانه‌ای می‌باشد.

بازار اصفهان از نظر اقتصادی برای دولت اهمیت بسیاری داشت زیرا این مکان محل تمرکز فعالیت‌های تولیدی و مبادلاتی بود. تمرکز این فعالیت‌ها در محلی که تحت تسلط دولت قرار داشت درآمدهای مالیاتی سرشاری برای این نهاد ارمغان می‌آورد و در مقابل باعث تضعیف پایه‌های اقتصادی رؤسای اویماق‌ها می‌شد. اصفهان از این نظر که تأمین‌کننده‌ی نیروهای لازم برای ارتش و دستگاه اداری بود نیز اهمیت بسیاری برای صفویان داشت. به علاوه این شهر از نظر حفظ حیات اسلام و پویایی آن نیز شهری مهم به شمار می‌رفت. بنا بر نوشته‌ی یکی از سیاحان اروپایی در سال 1666 اصفهان دارای 162 مسجد، 48 مدرسه، 182 کاروانسرا، و 273 حمام عمومی بوده است. تقریباً کلیه‌ی این بناها توسط عباس اول و جانشینش عباس دوم (66-1642) احداث گردیده بودند.
اصفهان مظهر مشروعیت سلسله‌ی صفوی بود. میدان‌ها و بازارهای وسیع آن نمادی از گردش امور جهان بر پایه‌ی فرامین دستگاه سلطنت بودند. آثار ماندگار مذهبی این شهر نمایانگر جوهره‌ی سلطنتی دین بودند. آرایش زیبایی این شهر نیز نشانه‌ای از شکوه و عظمت دستگاه سلطنتی به حساب می‌آمد بنابراین صفویان که قبلاً مشروعیتشان تنها بر پایه‌ای مذهبی قرار داشت سعی کردند با ساخت این شهر و به کاربردن طرح‌ها و نقش‌های سلطنتی در آن، مقبولیت و محبوبیت خود را در نزد مردم دو چندان کنند.
صفویان همچنین در راستای این هدف به هنر نقاشی در قلمرو خود رونق بخشیدند. در سال 1510 مدرسه‌ی نقاشی تیموریان از هرات و تبریز انتقال داده شد و بهزاد بزرگ‌ترین نقاش زمان به عنوان مدیر کتابخانه‌ی سلطنتی و سرپرست کارگاه تذهیب و تزیین نسخ خطی منصوب شد. به علاوه شاه طهماسب از تولید پرده‌های ابریشمی و ساخته‌های فلزی و سرامیکی لوکس نیز شدیداً حمایت می‌کرد. او که از این محصولات برای تزئین دربار استفاده می‌نمود به مساجد، زیارتگاه‌ها، مدارس و یا دیگر اماکن عمومی که نشانی از قدرت و اقتدار امپراتوری بود بی‌توجهی نشان نمی‌داد. در دوره‌ی صفویه نسخه‌ی خطی مصوری از شاهنامه تهیه شد که دارای 250 نقاشی می‌باشد. این نسخه یکی از بزرگترین شاهکارهای ایرانی-اسلامی در زمینه‌ی مصورسازی نسخ خطی می‌باشد. شاه عباس نیز از کشیدن نقاشی‌هایی که صحنه‌‌ی یک جنگ، صحنه‌ای از شکار و یا مراسم سلطنتی را به نمایش می‌گذاشتند حمایت می‌کرد. اما بعد از مرگ و تلاش هنرمندان سوی بیان احساسات و موضوعات مربوط به زندگی روزمره‌ی شخصی سوق داده شد. با مرگ وی سوژه‌های مربوط به آداب و رسوم درباری کنار گذاشته شدند و در عوض رسم نقاشی‌های واقع گرایانه‌ای از صحنه‌های دنیوی (از جمله صحنه‌ی هم آغوشی یک زوج) که خویشاوند اشراف دیوان‌سالاری، زمیندار، و نظامی بودن مورد توجه قرار گرفتند. بعدها نیز سبک جدیدی در نقاشی پدید آمد که ترکیبی از احساس انگیزی (12) و واقع‌گرایی بود.
در دوران شاه عباس اول حکومت صفویه به نقطه‌ی اوج قدرت سیاسی خود رسید. در این زمان دولتی خانوادگی که در رأس آن خود شاه‌عباس قرار داشت بر کشور حکومت می‌کرد. خدمتکاران شخصی، نظامیان، و مقامات کشوری نیز برگرد پادشاه قرار می‌گرفتند. شاه عباس دستگاه بوروکراسی را از نزدیک اداره می‌کرد و بر جریان جمع‌آوری مالیات‌ها شدیداً کنترل و نظارت داشت. وی تولید و عرضه لباس و دیگر کالاهای مهم را نیز در انحصار خود درآورد، دست به احداث شهرهای بزرگ زد، و برای نشان دادن علاقه‌مندی خود به رفاه مردم جاده‌ها و زیارتگاه‌های متعددی را احداث و تعمیر و مرمت کرد. اگرچه دوران حکومت شاه عباس به عنوان دوران طلایی نظام حکومتی ایران شناخته می‌شود اما باید اذعان کرد که دستاوردهای این دوران ناقص بودند. شاه‌عباس به هیچ وجه موفق نشد حکومت کاملاً متمرکزی را پدید بیاورد. نخبگان روستایی در دوران شاه‌عباس بسیار قدرتمند بودند و لذا حمایت بازرگانانی شهری و زمینداران روستایی از دولت نمی‌توانست به آرزوی شاه در تشکیل حکومت متمرکز جامه عمل بپوشاند. سیاست‌های نظامی و اداری شاه‌عباس اگرچه قدرت اربابان و نخبگان ترک را کاهش دادند ولی نتوانستند وجود آنها را محو کنند. سیاست‌های تجاری وی نیز تنها موفقیت‌های کوتاه مدتی را به ارمغان آوردند. سیاست‌های مذهبی و هنری او نیز در نهایت به سود دیگران تمام شدند.
صفویان هم‌زمان با تلاش خود برای ایجاد حکومتی متمرکز در ایران تصمیم گرفتند یک بوروکراسی مذهبی نیست در این کشور به وجود بیاورند و از نفوذ و قدرت اجرایی دستگاه در حفظ رژیم خود بهره بجویند. رژیم صفویان بر پایه‌ی نظریه‌ای مذهبی به قدرت رسیده بود که گرفتاری‌ها و مشکلات عمیقی را برای حکومت مرکزی پدید آورده بود. تعالیم مذهبی صفویان در ابتدا سخت مورد توجه و پذیرش قزلباش‌ها و حامیان قبیله‌ای خاندان صفوی قرار داشتند. شاه اسماعیل مدعی بود که تجسم خدا، آتش الهی امام غایب، و همان مهدی می‌باشد. او همچنین به تقلید از دیگر امپراتوری‌های ایران خود را سایه‌ی خدا بر روی زمین می‌نامید. وی به عنوان فرزند خلف امام هفتم و فیضان وجود الهی از مرجعیت و مشروعیتی کامل و غیر قابل تردید برخوردار بود. این مرجعیت و مشروعیت پس از مرگ وی به جانشینش منتقل می‌شد. طرفداران اسماعیل می‌بایست کاملاً از مجموعه اصول اخلاقی و رفتاری به پیروی می‌کردند و سرباز زدن از این قوانین مجازات اخراج از فرقه و یا اعدام را در پی داشت. با این‌حال وفاداری قزلباش‌ها به صفویان شمشیری دو لبه بود زیرا این امکان وجود داشت همان عقاید مهدویت باوری که آن‌ها را گرد صفویان جمع کرده بودند، باعث طغیان و شورش علیه آنها شوند. شکست شاه اسماعیل در جنگ چالدران (1514) یکی از مقاطعی بود که می‌توانست به قیام قزلباش‌ها منجر شود. زیرا این شکست اعتقاد قزلباش‌ها به شکست‌ناپذیری رهبر خود را درهم کوبید و شوک مذهبی شدیدی را در بین آنها پدید آورد.
ازاین‌رو صفویان برای از بین‌بردن شورش‌های اجتماعی ناشی از عقاید مهدویت باور خود و همچنین در واکنش به گرایش نه‌چندان جدی مردم ایران به این عقاید مذهب تشیع را برگزیدند و عقاید مهدویت باور خود را رها کردند. بدین ترتیب مذهب تشیع دوازده امامی به عنوان دین رسمی کشور قرار داده شد. با این حال اسماعیل نتوانست پیشرفت زیادی در زمینه‌ی گسترش تشیع در ایران نائل شود و بیشتر مردم ایران در زمان وی سنی باقی ماندند (در زمان اسماعیل فقط گروه‌هایی از شیعیان در قم و اصفهان زندگی می‌کردند). البته وی برای گسترش شیعه در ایران تلاش بسیاری کرد و علمای دوازده امامی متعددی را از سوریه، بحرین، شمال شرقی عربستان، و عراق به ایران آورد. علی کرکی (1534-1465) که از جمله‌ی این علما بود اولین مدرسه‌ی شیعی در ایران را تأسیس کردند.
رژیم صفویان علمای شیعه را در قالب یک بوروکراسی کنترل شده سازمان داد. «صدر» حلقه‌ی ارتباط بین شاه و تشکیلات مذهبی بود. او که در ابتدا وظایفه‌اش تنها لعن سه خلیفه‌ی اول در هنگام انجام مناسک و آیین‌های مذهبی بود تدریجاً وظیفه‌ی انتصاب قضات و معلمان مدارس و سرپرستی موقوفات را نیز برعهده گرفت. همچنین دفتری پدید آمد به نام «دیوان بیگی» که در واقع یک دادگاه عالی استیناف بود. مقام مسؤول این دفتر از نظر مقام همتراز با ژنرال‌های ارتش بود. با تشکیل این دفتر اداره‌ی امور قضایی تحت کنترل مستقیم دولت درآمد. پادشاهان صفوی همچنین با اختصاص دادن زمین و موقوفات جهت انجام فعالیت‌های مذهبی توانستند گروه‌ها و تشکیلات مذهبی را هرچه بیشتر تحت کنترل خود درآورند. آنها موقوفاتی را به حرم امام رضا (علیه السلام) در مشهد و حرم خواهرش فاطمه در قم تقدیم کردند و زمین‌هایی را نیز تحت عنوان «سیورغل» (13) در اختیار خانواده‌های مهم مذهبی قرار دادند. سیورغل‌ها که از پرداخت مالیات معاف بودند می‌توانستند از نسلی به نسل دیگر منتقل شود. بدین ترتیب بود که نخبگان مذهبی در ایران به طبقه‌ی اشراف زمین‌دار تبدیل شدند.
در دوره‌ی صفویان مشروعیت و نفوذ مذهبی پادشاه خود عاملی در افزایش قدرت حکومت بود. در این دوره شاه که به عنوان فرزند امام هفتم، رهبر فرقه‌ی صفویه، و تجسم امام غایب تلقی می‌شد از نفوذ و قدرت شخصی خاصی برخوردار بود. وی با تکریم و تقدیس اجداد خود در اردبیل و حمایت از زیارتگاه‌های مهم ایران حتی می‌توانست مشروعیت و مقبولیت خود را بیش از پیش افزایش دهد. چنانچه در تاریخ آمده است شاه عباس اول قبل از آغاز یکی از جنگ‌هایش به زیارت مرقد نیاکان خود در اردبیل رفت و همچنین یک بار نیز برای زیارت حرم امام رضا (علیه السلام) با پای پیاده از اصفهان به سمت مشهد راه افتاد؛ این سفر 28 روز طول کشید. در سال‌های اولیه‌ی تولد تشیع ایرانی، پادشاهان صفوی تقریباً از سلطه‌ی اجرایی و نفوذ اخلاقی کاملی بر روی تشکیلات مذهبی برخوردار بودند. از همین رو علمای آن زمان به پذیرش سلطه‌ی دولت بر خود تن ندادند و حتی به این نظریه که وجود دولت ضرورتی تاریخی می‌باشد تأکید کردند.
صفوی برای حفظ و گسترش دین رسمی خود سیاست خونینی را در پیش گرفتند. آنها در جامعه‌ی شدیداً تکثرگرای (14) ایران-جامعه‌ای که در آن سنیان، صفویان، و شیعیان در کنار هم زندگی می‌کردند-به ریشه‌کنی کلیه‌ی فرقه‌های اسلامی به جز تشیع دوازده امامی دست یازیدند. تشیع دوازده امامی با آزار و اذیت‌ها و شکنجه‌هایی بر مردم ایران تحمیل شد که مشابه آن تقریباً به هیچ یک از دیگر مناطق اسلامی دیده نشده بود. اولین گروهی که توسط صفویان سرکوب شدند جنبش‌های مهدویت باور و افراطی شیعی بودند. پادشاهان صفوی بسیاری از طرفداران خود را که احتمال می‌رفت با انگیزه‌های مذهبی علیه آنها به پا خیزند قلع و قمع کردند. شاه اسماعیل کلیه کسانی را که به وی مهدی می‌گفتند اعلام نمود. شاه‌عباس اول نیز صوفیان طرفد‌ار خود را به اتهام همکاری با امپراتوری عثمانی و عدم توجه به اراده و خواست مرشد خود (منظور شاه‌عباس است) قتل عام کرد. دیگر جنبش‌های مهدویت باور نیز که در مناطق شمال غربی ایران وجود داشتند تماماً سرکوب گردیدند.
علاوه بر آن گسترش مذهب تشیع در ایران با سرکوب شدید مذهب تسنن و فرقه‌های صوفیگری همراه شد. صفویان در آیین‌ها و مناسک دینی، سه خلیفه‌ی اول را مورد لعن قرار می دادند، مقبره‌های علمای اهل تسنن را یکی پس از دیگری تخریب می‌نمودند، انجام سفر زیارتی به مکه را مورد سرزنش قرار می‌دادند، و در مقابل از زیارت آرامگاه‌های امامان شیعه حمایت می‌نمودند. شاه اسماعیل مقبره‌های بزرگان فرقه نقشبندیه را مورد بی‌حرمتی قرار داد و فرقه‌های خلوتیه، کبراویه، و نوربخشیه را سرکوب کرد. عباس اول نیز خانقاه‌های نعمت‌اللهی‌ها را مصادر کرد و در محل آنها تشکیلاتی را برای جوانان بوجود آورد. پس از وی نیز روند سرکوب صوفیان ادامه یافت تا اینکه محمدباقر مجلسی (وفات 1699)، بزرگ علمای شیعی، جریان نابودی فقهای اهل تسنن را با موفقیت کامل به انجام رساند و صوفیان باقیمانده در اصفهان را نیز از این شهر بیرون راند. تنها قلندرهای تک رو که دارای زندگی سیاری بودند و کلیه‌ی تعلقات دنیوی را رد می‌کردند توانستند موجودیت خود را حفظ کنند.
پادشاهان صفوی همچنین دشمن جوامع غیرمسلمان بودند. با فرمان عباس اول مبنی بر اینکه یهودیان و مسیحیان اگر مسلمان شوند می‌توانند اموال و املاک خویشاوندان خود را تصاحب کنند یهودیان و مسیحیان زیادی مسلمان شدند. در سال 1656 شاه عباس دوم اختیارات کامل به وزیران خود داد تا یهودیان را وادار به پذیرش اسلام کنند. علامه مجلسی نیز توانست شاه سلطان حسین (1726-1688) را متقاعد کند که زردشتیان را به پذیرش اسلام وادار نماید. با این حال پادشاهان صفوی و همچنین علمای شیعه نسبت به ارمنی‌ها رفتار نرمتری داشتند. ارمنیان به دلیل این که همانند ایران با کلیسای ارتدوکس یونان (که مقر آن در امپراتوری عثمانی قرار داشت) دشمن بودند روابط حسنه‌ای با صفویان داشتند. به علاوه آنها و گرجی‌ها دارای نیروهای زیادی در تشکیلات نظامی و تجاری شاهان صفوی بودند.
گسترش سریع تشیع دوازده امامی در ایران نه تنها بر پایه‌ی قدرت دولت قرار داشت بلکه تا حدودی نیز از جاذبه و ویژگی‌های ذاتی آن نشأت می‌گرفت. با سرکوب صوفیگری عقاید و اعتقادات فلسفی و اشراقی متعددی وارد ساختار تشیع دوازده امامی گردیدند. همچنین به دنبال این عمل تکریم و تقدیس حسین (علیه السلام)، علی (علیه السلام) و دیگر امامان شیعه در بین عامه‌ی مردم شدیداً رواج پیدا کرد. بدین ترتیب بود که دو بخش دیگر به تشیع دوازده امامی افزوده شد: اسلام عرفی، اشراق.
ترکیب صوفیگری اشراقی با عقاید شیعی در جریان دو قرن شانزدهم و هفدهم انجام گرفت. در این دوره مکتب فلسفی جدیدی توسط میرداماد (وفات 1631) و شاگردش ملاصدرا (وفات 1640) پایه‌گذاری شد. این مکتب در نظر داشت تا با ترکیب نص گرایی شیعی، کلام، و عرفان صوفیگری شیعی جدیدی را بوجود بیاورد و به وفاداری شیعیان نسبت به ائمه مبنایی فلسفی ببخشد. این مکتب اشراق سهروردی را با گفته‌های ائمه، اصول فلسفه‌ی یونان، و تعالیم ابن‌عربی درهم آمیخته بود و نظریه‌ی جدیدی را ارائه داده بود. مکتب عقل‌گرایی میرداماد بیشتر به مکتب نوافلاطونی نزدیک بود تا مکتب ارسطویی و فلسفه‌ی اسلامی.
مسأله‌ی اصلی برای میرداماد خلقت جهان و جایگاه انسان در آن بود. او این موضوع کلامی که «آیا جهان حادث است یا قدیم» را به بحث گذاشت و موضع متعادل خود درباره‌ی آن را مطرح کرد. میرداماد در فلسفه‌ی خود از سه مقوله‌ی «ده »، «سرمد»، و «زمان » سخن به میان آورده است. دهر که به معنای ابدیت می‌باشد تعریف‌کننده‌ی ذات الهی است؛ ذاتی که یکپارچه و یگانه می‌باشد و از هیچ تضاد درونی برخوردار نیست. ذات الهی منبع اسماء و صفاتی است که مکمل آن اما در عین حال جدای از آن می‌باشند. رابطه‌ی بین ذات خدا و صفات او به عنوان سرمد شناخته می‌شود. اسماء و صفات ذات الهی در واقع صورت‌های مثالی هستند که به نوبه‌ی خود جهان ماده و متغیر را بوجود می‌آورند. جهان ماده نیز در مکتب میرداماد به عنوان «زمان» شناخته می‌شود. این جهان علی‌رغم اینکه در محدوده‌ی زمانی قرار دارد از نظر خاستگاه پدیده‌ای کاملاً مادی نمی‌باشد زیرا توسط صورت‌های مثالی به وجود آمده است که قبل از خلقت آن وجود داشته‌اند و ابدی می‌باشند. به‌ هرحال میرداماد مانند نوافلاطونی سعی کرد تضاد و تناقض موجود بین ابدی و متعالی بودن خدا را با حادث بودن جهان برطرف کند. (15)
میرداماد مانند نوع افلاطونی‌ها و حکمای اشراق معتقد بود انسان در جایگاه میانه‌ای قرار دارد و در بین جهان ابدیت و جهان حادث می‌باشد. انسان دارای قوای ادراک، تصور، و عقل می‌باشد. این قوا جهان مرئی را به جهان نامرئی متصل می‌کنند. نفس بشر هم ادراکات ملموسی را از جهان مادی دریافت می‌کند و هم با دریافت مفاهیم واضحی از جهان معنی از نور و روشنی برخوردار می‌گردد. به علاوه میرداماد قائل به عالمی بود به نام «عالم مثال» (عالم صورت‌های مثالی) که آن را واسطه‌ی بین حس و عقل معرفی می‌کرد. وی با ارائه‌ی این نظر (وجود عالمی که واسطه‌ی بین حس و عقل می‌باشد) باعث شد در عالم تشیع نگرش و برداشتی عقلانی از حقیقت وحیانی به ظهور برسد و تلاش انسان برای نیل به رستگاری معنوی از نظر فلسفی موجه جلوه داده شود.
به همین ترتیب تکریم چهره‌های مقدس نیز به جزیی از تشیع ایرانی تبدیل شد. در دوره‌ی شاه عباس اول دو زیارتگاه مهم ایران که در مشهد و قم قرار داشتند مرمت و تعمیر شدند، املاک وسیعی وقف آن‌ها گردید، و در نتیجه این دو مکان به مهم‌ترین مراکز تشیع ایرانی تبدیل شدند. امامزاده‌ها که در نزد مردم عنوان فرزندان و یا خویشاوندان امامان شناخته می‌شدند، و همچنین امام باره‌ها (زیارتگاه‌هایی که مربوط به حسن (علیه السلام) و حسین (علیه السلام) بودند) نیز در این زمان جایگزین آرامگاه‌های صوفیان گردیدند. سفر زیارتی به کربلا نیز جایگزین سفر به مکه شد. خلاصه اینکه در دوره‌ی صفویان تکریم و تقدیس مراتب صوفیان بزرگ جای خود را به زیارت آرامگاه‌های ائمه و خویشاوندان آنها داد و همچنین امام باره‌ها به عنوان مراکز مراکز عرفانی جایگزین خانقاه‌های صوفیگری گردیدند.
ماه محرم نیز در دوره‌ی صفویان به نقطه‌ی مهمی در تقویم مذهبی شیعیان تبدیل شد. بازخوانی داستان دلخراش حسین (علیه السلام)، برپایی مراسم از قبیل زنجیرزنی، به اجرا درآوردن نمایش‌های حزن‌انگیز، برپایی مجالس وعظ، و همچنین نوحه و مرثیه سرایی از جمله آئین‌هایی بودند که برای سوگواری شهادت حسین (علیه السلام) انجام می‌گرفتند. گروه‌های همجوار، دستجات جوانان، و گروه‌های مذهبی در ماه محرم بر سر عزاداری حسین (علیه السلام) با یکدیگر شدیداً رقابت می‌کنند و اغلب این رقابت‌ها به درگیری‌های خونینی منجر می‌شد. به هر ترتیب مذهب تشیع توانست کلیه‌ی احساسات و عواطف عمومی را در انحصار خود درآورد و بدین وسیله مردم ایران را به تشکیلات مذهبی پیوند زند.
الگوی حکومتی و نهادهای مذهبی و قبیله‌ای که توسط شاه عباس اول بنیاد نهاده شدند در اواخر قرن هفدهم و اوایل قرن هیجدهم دستخوش تغییرات و اصلاحات عمیقی گردیدند. در حالی که در قرن شانزدهم و اوایل قرن هفدهم حکومت و تشکیلات مذهبی تشیع رو به افزایش داشت از اواسط سده‌ی هفدهم به بعد رژیم صفوی رو به ضعف گذاشت و نهایتاً توسط نیروهای قبیله‌ای از هم پاشیده شد. در نتیجه‌ی فروپاشی این رژیم اسلام تشیع نیز از یوغ کنترل حکومت خارج گردید.
بعد از مرگ شاه عباس اول نشانه‌های زوال حکومت مرکزی آشکار گردید. در دوره‌ی بعد از وی پادشاهان صفوی به منظور جلوگیری از بروز درگیری‌های شدید بین جانشینان بالقوه‌ی خود شاهزادگان را در محیط حرم و کاخ نگهداری می‌کردند. لذا سلاطینی که از بین این گروه برگزیده می‌شدند کسانی بودند با آموزشی اندک که هیچ تجربه‌ای در زمینه‌ی کارهای حکومتی نداشتند. هیچ پادشاهی بعد از شاه عباس اول دوراندیشی و اقتدار وی را نداشت. به علاوه بعد از صلح با امپراتوری عثمانی در سال 1639، ارتش مورد بی‌توجهی حکومت قرار گرفت و به فوج‌های کوچک و بی سازمانی تجزیه گردید. تا پایان قرن هفدهم دیگر نشانی از ارتش نیرومند صفوی وجود نداشت. دستگاه اداری حکومت مرکزی نیز دچار نابسامانی گردید و کار تنظیم مالیات‌ها و توزیع درآمدها توسط این دستگاه متوقف گشت. همچنین ضعف حکومت مرکزی امکان عرض اندام اویماق‌ها و بروز شورش‌های ایالتی علیه رژیم صفوی را فراهم آورد که در نتیجه‌ی این شورش‌ها ایران قرن هیجدهم دچار بی‌نظمی و هرج‌ومرج شدیدی شد. افغان‌ها، افشارها، زندها و قاجارها مهم‌ترین گروه‌های رقیب در این قرن بودند که سعی داشتند قدرت سیاسی را به چنگ بیاورند. از بین این گروه افغان‌ها توانستند در سال 1722 اصفهان، پایتخت صفویان، را به چنگ خود درآورند. در سال 1724 نیز دو امپراتوری عثمانی و روسیه به ایران حمله کردند. آنها طی توافقی قرار گذاشته بودند که مناطق متعلق به ایران در ماوراء قفقاز را بین خود تقسیم کنند. براساس این توافق مقرر شده بود که ارمنستان و بخش‌هایی از آذربایجان به امپراتوری عثمانی واگذار شوند و ایالات گیلان، مازندران، و استرآباد تحت کنترل روسیه قرار داده شوند.
در حالی که افغان‌ها کنترل مناطق جنوبی ایران را در دست داشتند و روس‌ها و عثمانی‌ها شمال ایران را تحت تصرف خود درآورده بودند نادر، رئیس افشاریان که تبار جغتائی داشت قدرت را قبضه کرد. وی آخرین صفویان را سرکوب نمود و در سال 1736 خود را پادشاه ایران نامید. قیام نادر نه تنها یک ماجراجویی بناپارتیستی بوده بلکه از سنت ترکان مناطق مرزی شرق ایران که دائماً علیه دولت مرکزی و سلطه‌ی فارس نژادها شورش می‌کردند نشأت می‌گرفت. طایفه‌ی افشاریه که به قزاق‌های ساکن مناطق استپی روسیه شباهت بسیاری داشت قرن‌های متمادی بین قدرت‌های بزرگ توطئه‌چینی کرده بود و دائماً در این فکر بود که خاناتی را برپایه‌ی تبار جغتائی و مذهب سنی به وجود بیاورد.
نادر در دوران کوتاه حکومت خود سرزمین‌های جداشده از ایران را بازپس گرفت و با هدف جذب مؤثرتر افغان‌ها و مردمان قبایل شرق ایران در رژیمش و همچنین به منظور مشروعیت بخشیدن به مبارزات خود با امپراتوری عثمانی تلاش نمود تا بین اسلام تشیع و اسلام تسنن نوعی سازگاری و آشتی برقرار کند. او پیشنهاد کرد که مذهب تشیع به عنوان پنجمین مکتب فقهی شناخته شود و از نظر جایگاه و اهمیت همسان با چهار مکتب دیگر محسوب گردد. در عین حال وی با ضبط اموال و املاک علمای شیعی، برچیدن پست‌های ویژه‌ی روحانیون در دستگاه حکومت، و لغو صلاحیت قضایی دادگاه‌های مذهبی قدرت و نفوذ علمای شیعی را بیش از پیش کاهش داد.
پس از نادر کریم‌خان، رهبر ائتلاف گروهای قبیله‌ای زند که در غرب ایران ساکن بودند، بر اریکه‌ی قدرت نشست. رژیم کریم‌خان از سال 1750 تا 1779 بر ایران حکومت کرد. این رژیم نیز جای خود را به قاجارها داد. قاجارها ترکانی بودند که در زمان صفویه از حکومت مرکزی حمایت می‌کردند و فرمانداری‌های مازندران و استرآباد را در دست داشتند. این طایفه در سال 1779 زندها را شکست داد و سلسله‌ای را بنیاد نهاد که تا سال 1924 در قید حیات بود.
تباهی و ضعف حکومت مرکزی ایران در قرن هیجدهم، تأثیرات عمیقی بر روابط بین دولت و نخبگان مذهبی گذاشت. در این قرن ادعای خفته‌ی شیعه برای کسب استقلال تجلی پیدا کرد؛ اولین قدم در این زمینه تأکید بر این مطلب بود که امام غایب حکومت خود را تنها در پایان جهان برقرار می‌کند. در قرن مذکور همچنین علمای شیعه از شرکت در مراسم عمومی دست کشیدند. در واقع علی‌رغم تثبیت موقعیت مذهب تشیع به عنوان مذهب رسمی، علی‌رغم شور و حرارتی که ایرانیان در هنگام پذیرش این مذهب از خود نشان دادند تا قرن هفدهم انگیزه‌های دینی برای انجام فعالیت‌های دولتی جای خود را به بیزاری متقیانه از اشتغال به امور این جهانی دادند.
به علاوه تا اواخر قرن هفدهم دیگر هیچ یک از علمای شیعه این موضوع را که صفویان نمایندگان امام غایب می‌باشند قبول نداشتند. آنها نخست در صلاحیت پادشاه به عنوان ارائه دهنده‌ی اصلی اسلام تشیع تشکیک کردند. پادشاهان صفوی با استناد به رسیدن تبار خود امام هفتم و همچنین عصمت خود (بری بودن از گناه و خطا به طور موروثی) مدعی این صلاحیت بودند. اما علما مدعی شدند براساس مبانی نظری تشیع تنها وجود این دو ویژگی برای جانشینی و یا نمایندگی امام کافی نیست بلکه جانشین یا نماینده‌ی واقعی امام کسی است که علاوه بر آن باید مشخصاً از سوی امام وقت تعیین شده باشد. بدین ترتیب صفویان که نمی‌توانستند مدرکی دال بر تعیین صریح خود از سوی امام به عنوان نماینده‌ی او ارائه دهند از موقعیت و جایگاه ضعیفی برخوردار شدند. در ضمن بر اساس تعالیم تشیع دوازده امامی از زمان غیبت کبری به بعد نمایندگی امام غایب بر عهده‌ی علما قرار گرفته است. برپایه‌ی همین عقیده علما مدعی شدند که در هر عصری «مجتهدان» آن عصر دارای بالاترین مرجعیت دینی می‌باشند. از آن پس چند مکتب علمی، نظر خود در رابطه با ماهیت مرجعیت مجتهدان را ارائه دادند. مکتب اصولیون به اختیارات گسترده‌ای برای مجتهدان قائل بود. براساس نظر اصولیون مرجعیت مجتهد برپایه‌ی عواملی از جمله علم او به قرآن، سنت علی (علیه السلام)، و اجماع جمعی قرار داشت، مکتب اخباریون نیز که بر اهمیت پیروی از احادیث و سنت پیامبر و ائمه تأکید می‌کرد قائل به محدود بودن مرجعیت مجتهدان بود. به هر حال این که چنین بحثی در بین علما درگرفت حاکی از برخورداری تشکیلات مذهبی از آزادی عمل و استقلال نسبی بود. این تشکیلات سعی می‌کنند هرچه بیشتر خود را از آغوش حکومت برهانند. آن‌ها در قرن نوزدهم به یکی از مخالفان عمده‌ی رژیم حاکم تبدیل شدند.
تاریخ ایران از زمان تهاجم مغول‌ها تا پایان کار سلسله‌ی صفویان شاهد استمرار وجود الگوهای حکومتی، دینی و اجتماعی سلجوقیان می‌باشد. مغول‌ها، تیموریان، و صفویان به تقلید از سلجوقیان حکومت سلطنتی متمرکزی را برپا کردند و تلاش نمودند تا به وسیله‌ی غلامان نظامی و یک بوروکراسی نیمه متمرکز فاتحان قبیله‌ای و اویماق را تحت کنترل خود درآورند. با این وجود مهاجرت هر چه بیشتر قبایل ترک و مغول به ایران همیشه باعث تقویت و افزایش قدرت قبایل و اویماق‌ها می‌شد و لذا کلیه‌ی حکومت‌هایی که از زمان تهاجم چنگیزخان به بعد در ایران تشکیل یافتند برای حفظ سلطه‌ی خود می‌بایست همکاری رؤسای قبایل و اویماق‌ها را جلب می‌کردند. بدین ترتیب رژیم‌های ایرانی در دوره‎ی مذکور (16) رژیم‌هایی بودند که در دربار و خانواده‎ی خود از قدرت نفوذ بسیاری برخوردار بودند اما در سطح کشور قدرت چندانی نداشتند. این رژیم‌ها حتی اگر هم می‌توانستند بر رؤسای قبایل و اویماق‌ها تسلط یابند و این گروه‌ها را تحت سلطه‌ی خود درآورند (مثل دوران شاه عباس اول) با این حال نمی‌توانستند نظام سیاسی ایران به طور تمام و کمال تغییر دهند. با ضعیف شدن دولت در قرن هیجدهم رؤسای اویماق‌ها مجدداً ایران را ترک کردند و سلسله‌های جدیدی را به قدرت رساندند.
همچنین در این دوره ایران شاهد تحولات عمیقی در روابط بین دولت و دین بود. در عصر مغول و تیموریان جنبش‌های صوفیگری متعددی از مناطق روستایی برخاستند و به سازماندهی مردم علیه رژیم‌های خارجی ظالم پرداختند؛ در این عصر نیز همانند دوره‌ی پیامبر، اسلام باعث همبستگی مردمان مختلف در قالب جنبش‌های سیاسی و اخلاقی بزرگ گردید. صفری نیز در ابتدا چنین جنبشی را به راه انداختند اما آنها به محض رسیدن به قدرت با اشکال مهدویت باور و موعودگرایانه‌ی صوفیگری به مقابله پرداختند. آنها تشیع دوازده امامی را به عنوان مذهب رسمی ایران قرار دادند و در مقابل، طرفداران صوفی مسلک خود و علمای اهل تسنن را از بین بردند. تشیع صفوی با عقاید فلسفی و اجتماعی متعددی آمیخته شد و تکریم و تقدیس اولیاءالله هم به اصلی از اصول آن تبدیل گردید. ایران در دوره‌ی صفویان از نظر کنترل دولت بر تشکیلات مذهبی و پذیرش دین رسمی کشور توسط پیروان دیگر مذاهب اسلامی پدیده‌ای بی‌نظیر در بین جوامع اسلامی آن زمان می‌باشد.
به هر حال در نتیجه‌ی بحران قرن هیجدهم دوره‌ی پیشامدرنیسم در تاریخ ایران پایان یافت. در حالی ‌که در بیشتر مناطق اسلامی، دوره‌ی پیشامدرنیسم پس از استیلای اروپاییان و تشکیل رژیم‌های مستعمراتی در این مناطق پایان یافت در ایران نفوذ سیاسی و اقتصادی اروپا پس از فروپاشی امپراتوری صفویان و آزادی علما از یوغ حکومت برقرار شد. امپراتوری صفویان دو میراث مهم را تقدیم ایران مدرن کرد. یکی حکومتی باشکوه که بر پایه‌ی قدرت امیرنشین‌های قبایل و اویماق‌های قدرتمند قرار داشت و دیگری یک بوروکراسی مذهبی یکپارچه، هماهنگ و تا حدودی مستقل.

پی‌نوشت‌ها:

1- Popular Islam.
2- Trebizond.
3- یعنی کسی که روح حضرت علی (علیه السلام) در وی حلول کرده است.
4- Divine Fire.
5- Mausillus.
6- Ustajlus.
7- Bitikchi.
8- Circassian، یکی از طوایف قفقازی.
9- ابریشم پارچه‌های مخمل، حریر، ساتن، و تافته از جمله کالاهای مهم صادراتی به اروپا بودند.
10- Shawl.
11- Arch.
12- Sensuality، احساس انگیزی
13- Soyurghal.
14- Pluralistic.
15- درباره‌ی فلسفه میرداماد تعابیر و تفاسیر متعددی ارائه شده است و تعبیری که در این کتاب از فلسفه‌ی میرداماد ارائه شده است یکی از آن تعابیر می‌باشد. البته این تعبیر تعبیر کاملاً صحیحی نمی‌باشد و برای اطلاعات بیشتر از فلسفه‌ی میرداماد می‌توانید به کتاب «قبسات» خود وی مراجعه کنید. م.
16- از زمان تهاجم چنگیز تا پایان کار صفویان.