او پس از قتح کامل جنوب ایران در واقع مقر حکم رانی خویش را در تهران نهاد (آن را دارالخلافه نامید) در حالیکه پایتخت وی هنوز ساری بود؛ والی گرجستان به پشتوانه هم کیشی با روس‌ها اعلام استقلال نمود بنابراین آقا محمد خان در آپریل ۱۷۹۵ (فروردین ۱۱۷۴) برای آراگلی خان نامه‌ای ارسال و اشتباهات گرجیها در طی هشتاد سال گذشته را یاد آوری نمود و اعلام کرد در صورتی که والی گرجستان روابط خود را با روس‌ها قطع و از ایران اطاعت کامل نکند، به آنجا لشکر کشی خواهد نمود ولی آراگلی خان جواب نامه را نداد و خود را برای حمله با آقا محمد خان مجهز نمود . آقا محمد خان به گرجستان لشکر کشی کرد و با وجود مقاومت گرجی‌ها، آقا محمد خان در این نبرد پیروز میدان شد و آراگلی خان به تفلیس فرار کرد و آقا محمد خان قاجار برای یافتن او به تفلیس لشکر کشید . آراگلی خان همراه خانواده و بستگانش از تفلیس فرار کردند و به گرجستان غربی گریختن و آقا محمد خان تفلیس را فتح نمود .آقا محمد خان قاجار فاجعه کرمان را در تفلیس اجرا کرد و دستور به قتل و تاراج مردم داد . عده زیادی از روحانیون را در رود کورا غرق کردند و پنج هزار نفر از گرجیها را اسیر و شهر را ویران نمودند . آقا محمد خان پس از غارت مهمات و ذخایر جنگی آراگلی خان، از شهر خارج شد تا به دنبال آراگلی خان برود ولی با دریافت خبر طغیان اهالی شیروان که مصطفی خان دولو نماینده آقا محمد خان قاجار را به قتل رسانده بودند، به دشت مغان بازگشت . حاکم شیروان با آقا محمد خان پیمان دوستی و اطاعت داد و آقا محمد خان از تنبیه آنان صرف نظر نمود و با پانزده هزار تن از دختران و حتی پسران شهر که آنان را به اسارت گرفته بود به تهران بازگشت. اینان برای سواستفاده جنسی و نیز برای بردگی به ثروتمندان فروخته شدند.