چنگيزخان مغول در ادامه‏ي كشورگشايى‏هاي خود در ذي‏الحجّه سال 616 ق به بخارا رسيد و پس از سه روز محاصره، آن شهر را فتح كرد و آتش زد. چون بناي خانه‏هاي بخارا از چوب بود، همه‏ي آن‏ها به جز چند سراي و مسجد كه از آجر ساخته بودند، بقيه از ميان رفت. چنگيز آن شهر را غارت و مردم آن را قتل‏عام كرد. وي سپس جوانان بخارا را به صورت لشكري انبوه و غيرمنظم با خود برد و از ايشان در كارهاي غيرنظامي مانند پركردن خندق‏ها و آوردن سنگ و چوب جهت انباشتن رودخانه‏ها و كارهاي ديگر استفاده مي‏كردند. چنگيز در بخارا چنان كشتار و خرابي كرد كه چون يكي از فراريانِ آن شهر را درباره‏ي اين حادثه پرسيدند گفت: آمدند و سوختند و كشتند و بردند و رفتند.