ى و كلى مسائل طرح شده در آنها مى‏پردازيم: 
1) رابطه اعجاز با توقيعات، نظر به اينكه توقيعاتى كه در پاسخ به سؤالات و درخواستها صادر مى‏شد، معمولا ظرف سه روز انجام مى‏گرفت، شايد نتوان ادعا كرد همه آنها توأم با اعجاز بوده، گرچه نحوه صدور توقيعات و چگونگى ارتباط نواب خاص امام زمان با آن حضرت فاش نشده است، اما در بخشى از توقيعات، معجزه‏آميز بودن آنها كاملا مشهود است، و به طور قطع مى‏توان گفت صدور آنها به طور عادى صورت نگرفته است (تاريخ الغيبة الصغرى، 430 به بعد) . مثلا در سال 312 ق، از سوى حضرت بقية الله، در مورد گمراهى و انحراف ابن ابى‏عزاقر شلمغانى، توقيعى صادر گشت، كه ناظران عينى گفته‏اند: هنوز مركب آن تر بود و خشك نشده بود (الغيبة، شيخ طوسى، 195 به بعد؛ بحار الانوار، 51/376) . و نيز محمد بن فضل موصلى شيعه بود ولى نيابت جناب حسين بن روح را قبول نداشت، روزى هنگام بحث با يكى از دوستانش به نام حسن بن على وجناء و به پيشنهاد او براى آزمودن نايب امام (ع) مطلبى را كاملا محرمانه با هم توافق كردند، و حسن بن على وجناء كاغذ سفيدى از دفتر موصلى جدا كرد، و قلمى تراشيد و با آن بدون مركب مطالبى بر روى آن ورقه نوشت، سپس آن را مهر كرد و توسط خدمتكار نزد حسين بن روح فرستاد. ظهر همان روز جواب نامه در همان ورقه ارسالى آمد كه فصل به فصل با مركب نوشته بود (الغيبة، شيخ طوسى، 192 ـ 193 و مشابه اين اعجاز در كمال الدين، 2/488 به بعد) . همچنين از ابوحسين اسدى روايت شده كه گفت: توقيعى توسط شيخ ابوجعفر محمد بن عثمان عمروى بدون اينكه من از او سؤالى كرده باشم به من رسيد، بدين عبارت: «بسم الله الرحمن الرحيم، لعنت خدا و فرشتگان و همه مردم بر كسى كه درهمى از اموال ما را حلال شمارد» . اسدى گويد به خاطرم رسيد كه اين توقيع درباره كسى است كه درهمى از مال ما را حلال شمارد، نه كسى كه حلال نداند و از آن بخورد، گويد به خدا سوگند كه چون بار ديگر در توقيع نظر كردم ديدم به همان مضمونى كه در دلم بود تغيير يافته است: «لعنت خدا و فرشتگان، و همه مردم بر كسى كه درهمى از مال ما را به حرامى بخورد» (الاحتجاج، 2/300 به بعد) . اين معجزات در مرحله صدور بود، اما در متن خود توقيعات موارد بسيار زيادى از معجزات مشهود است كه بيشتر به صورت خبرهاى غيبى از حوادث آينده كارها و مذاكرات خصوصى، شفاى بيماران، حاملگى و خصوصيات مولود و غيره مى‏باشد (كلمة الامام المهدى، ترجمه فارسى، 1/194 به بعد؛ فهرست موضوعى توقيعات) . 
2) استدلال به توقيعات، علماى شيعه در رشته‏هاى مختلف اعتقادى، فقهى و اخلاقى به توقيعات حضرت مهدى (عج) استناد و استدلال مى‏كنند، بعضى از علما اصل صدور توقيع را از آن حضرت، از جمله دلايل وجود شريف آن بزرگوار شمرده‏اند، مانند مرحوم شيخ على اكبر نهاوندى در اين باره چنين گفته است: «تمامت اين توقيعات شريفه و مكتوبات منيفه ـ چنانكه در اول رقم دوم از توقيعات ذكر نموده‏ايم ـ از جمله دلايل بر ثبوت و اثبات وجود فائض الجود آن بزرگوار است، زيرا كه مكتوب و توقيع بدون كاتب و موقع، بلكه مطلق اثر بدون مؤثر نشود و نشايد» (العبقرى الحسان، 2/208) . در فقه نيز توقيعات را به منزله يك دليل و حجت شرعى مى‏شمارند و در استنباط احكام به آنها استناد مى‏كنند، اين كار با بررسى سند و ارزيابى راويان توقيع ـ از جهت ديانت و وثاقت ـ شروع مى‏شود، چنانكه قاعده برخورد با هر حديث و روايت همين است و پس از اطمينان يافتن از صحت سند، بر آن اعتماد مى‏كنند و به عنوان يك حديث معتبر با آن مواجه مى‏شوند، آنگاه دلالت آن را به بحث مى‏گذارند، و در صورتى كه در اخبار، معارضى براى آن يافت شود، طبق قواعد علم درايه و فقه، به چگونگى جمع بين هر دو، ترجيح نص بر ظاهر مى‏پردازند (اخبار علاجيه، تعادل و تراجيح) . 
3) خط توقيعات، به طورى كه در چندين مورد راويان تصريح كرده‏اند، توقيعات مقدسه حضرت مهدى (عج) به دستخط شريف خود آن حضرت صدور مى‏يافته، و جمعى از بزرگان محدثين و وكلاى حضرتش با آن آشنا بوده، و آن را مى‏شناختند و عباراتى همچون: «فوقع بخطه، بخط اعرفه، رأيت التوقيع بخطه و...» دليل اين مطلب است (تاريخ الغيبة الصغرى، 430 به بعد؛ حكمة الامام المهدى، 1/399) و بنابر بعضى از روايات، خط مبارك امام زمان (عج) به خط پدر بزرگوارش بسيار شباهت داشته است (مناقب، 3/533) و با توجه به اينكه در طول مدت نيابت نواب اربعه، اين توقيعات به طور يكنواخت ظاهر مى‏گشت شيوه‏اى كاملا مطمئن براى يقين به صدور آنها از شخص امام (ع) بود، و راه را براى افراد فرصت طلب و مغرض مى‏بست كه هرگز نتوانند نامه‏هاى جعلى به نام آن حضرت درست كنند، و مردم را به وسيله آنها فريب دهند. البته توقيعات را به خط امام (ع) معمولا بعضى از افراد معتمد مشاهده مى‏كردند. سپس از روى آنها نسخه‏بردارى و رونويسى مى‏شد، يا مضمون آنها را به ذهن مى‏سپردند، ولى بعضى از توقيعات را به اقتضاى مصلحت در بين عموم شيعيان منتشر مى‏ساختند. 
4) همه توقيعات حضرت مهدى (عج) توسط نواب خاص آن جناب براى افراد ظاهر مى‏گشت، و ارتباط كتبى با حضرتش فقط از طريق ايشان انجام مى‏گرفت، و حتى وكلاى آن حضرت كه در بلاد مختلف بودند، نامه‏هاى خود و ديگر افراد را به بغداد نزد نايب امام مى‏فرستادند، و از او پاسخ دريافت مى‏كردند، شيخ طوسى در كتاب الغيبه (صفحه 257) مى‏گويد: «و در زمان سفيران ستوده آن حضرت، جمعى از افراد مورد وثوق بوده‏اند كه از سوى سفراى منصوب شده اصلى، توقيعات بر آنان وارد مى‏شد...» ، و نيز صاحبنظران در شرح احوال و ذكر خصوصيات جمعى از وكلا، اين نكته را متذكر شده‏اند (كلمة الامام المهدى، 1/145 به بعد) . شايان تذكر است كه طبرسى در احتجاج (1/318 ـ 325) دو نامه از حضرت مهدى ـ ارواحنا فداه ـ به شيخ مفيد نقل كرده است، اين نامه‏ها توسط شخص مورد اعتمادى به شيخ مفيد رسيده ولى نام آن شخص ذكر نشده است. چند تن از مؤلفين اين دو نامه را در شمار توقيعات آن حضرت آورده‏اند (مستدرك سفينة البحار، 8/341) . همچنين بعضى از معاصران پيامى كه از سوى آن حضرت براى مرحوم آيت الله سيد ابوالحسن اصفهانى، توسط مرحوم شيخ محمد كوفى شوشترى نقل شده، به عنوان توقيع ذكر كرده‏اند. 
5) مدت خروج توقيع، توقيعاتى كه در پاسخ به سؤالات صدور مى‏يافت، به طور معمول ظرف دو تا سه روز مى‏رسيد، چنانكه از چند روايت استفاده مى‏شود، و اين مدت در ذهن افراد متمركز بوده است، و برنامه نايبان چنين بوده كه سؤالات و تقاضاهاى مراجعه كنندگان را در يك ورقه مى‏نوشتند، سپس جواب آنها يكجا مى‏آمد (الغيبة، شيخ طوسى، 184، 190؛ تاريخ الغيبة الصغرى 435) . نحوه ديدار نايب امام با آن حضرت فاش نشده است. و گاه جواب سؤالى را شفاهى مى‏گفتند، كه نايب شخصا آن را ابلاغ مى‏كرد و بسا مى‏شد كه اصلا جواب نمى‏فرمودند، از جهت مصلحتى كه حضرت مهدى (عج) مى‏دانستند، مثلا كسى از امام تقاضا دارد كه برايش دعا كند تا خداوند به او فرزند پسرى عطا فرمايد