. 
اوّلين توطئه و نزاع عرب ها با حاكميّت ابوبكر پايان يافت. وى بر فراز منبر رفت و به مردم خطاب كرد: حاكم بر شما شدم در حالى كه بهترين شما نيستم. [128]  اين واقعه در حالى اتفاق افتاد كه علي(ع) و اصحاب خالص رسول خدا(ص) به تغسيل و تكفين پيامبر اشتغال داشتند. علي(ع) در برابر اين انحراف، واكنش سريع نشان نداد و حتّى پيشنهاد ابوسفيان مبني بر بيعت با او و كنار زدن ابوبكر را رد كرد؛ چون نيّت ابوسفيان ايجاد اختلاف و فتنه انگيزى بود. [129] ولى على با ابوبكر هم بيعت نكرد تا اين كه با زور از خانه بيرونش آوردند. آن گاه علي، مبارزه در مقابل انحراف مسلمين و حاكميّت جديد را آغاز كرد و با زهرا (س) منزل مهاجرين و انصار مى رفت. مخالفان علي(ع) از جمله عمر، مصرّانه تلاش مى كردند تا از علي(ع) بيعت بگيرند. بدين جهت، به حريم خانه ى فاطمه ـ سلام الله عليها ـ هجوم آوردند. از اين رو، ابوبكر هنگام مرگ با اظهار تأسّف گفت: «اى كاش خانه ى فاطمه دختر رسول خدا(ص) را جست وجو نكرده بودم و مردم را به داخل آن نفرستاده بودم. » [130] 
برخورد كينه توزانه ى ابوبكر و عمر با على به گونه اى بود كه باعث خشم فاطمه گرديد؛ خشمى كه مانع پذيرش او نسبت به دل جويى هاى آن ها شد. به همين دليل تا زمان رحلتش با آن ها صحبت نكرد [131] و از علي(ع) خواست تا جنازه اش را شبانه دفن كند. دوران خلافت ابوبكر و سپس عمر و عثمان، دوران انزواى سياسى علي(ع) است؛ با اين كه آن ها مى دانستند كه علي(ع) بر ايشان رجحان دارد. «قسم به خداوند هر آينه خلافت را پسر ابى قحافه به صورت پيراهن شخصى خود درآورد و آن را به تن خود كشيد و حال آن كه او به روشنى مي دانست كه نسبت من به خلافت همانند محور آهنين سنگ زيرين آسيا نسبت به آسياست. سيل از دامن من سرازير مى شود و هيچ صاحب بال و پرى نمى تواند بر بلنداى من اوج بگيرد. پس من لباس خود را در برابر چنين حادثه اى رها كردم و دل به خلافت نسپردم و به فكر فرو رفتم كه آيا با دستى كه آن را به سرعت از بيخ قطع كرده بودند، خلافت را به چنگ خود درآورم يا شجاعانه بر ظلمت كورى صبر كنم كه پير در آن فرتوت و كودك در آن پير مى شد و مؤمن به سختى در آن رنج مى كشيد تا وقتى كه خدا را ملاقات كند. پس ديدم كه صبر كردن بر اين تاريكى كور عاقلانه تر است، پس لب فرو بستم و صبر كردم همانند كسي كه در چشمش خاشاك و در گلويش استخوان است، مى ديدم كه ميراث من غارت شده است.» [132] پس علي(ع) در دوران خلافت ابوبكر صبر پيشه كرد. 
عمر در دوران خلافتش با شتاب زدگي، تصميم مى گرفت و مرتب گرفتار لغزش ها و تناقض ها مى شد و علي(ع) موضعش در برابر اين انحراف ها اين بود كه خطاهايش را به او گوشزد مى كرد. حضرت در اين باره مى فرمايد: «ملاقات با او رنج آور بود و لغزش هاى او بسيار و عذر خواهى اش هم بسيار بود. پس مصاحبت با او چون سوار شدن بر شتر سركشى بود كه اگر مهارش را سخت نگاه مى داشتي، بينى شتر پاره مى شد و اگر رهايش مي ساختى و به حال خود واگذار مى كردي، به پرت گاه مى افتاد. [133] موضع علي(ع) در خلافت عمر و به دنبال او عثمان، موضع اثباتى بود؛ يعنى تلاش مى كرد تا آنان را از انحراف هاى دينى و سياسى و اجتماعى متنبّه سازد. به ويژه دوران عثمان كه علاوه بر انحراف هاى سياسي گرفتار رانت خواري، فساد مالى و اقتصادى بود. 
يكى از اوّلين موضع گيرى هاى علي(ع) با عثمان، مسئله ى قصاص عبدالله بن عمر بود كه هرمزان را در حالى كه اقرار به اسلام كرد، كشته  بود و عثمان گفت من اين حقوق را به عمر بخشيدم، و مسئله ى قصاص وى را مسكوت گذاشت. و علي(ع) رسماً خواهان قصاص وى شد. [134] در مقابل تبعيد ابوذر به ربذه و مالك به شام نيز موضع گيرى نشان داد و به ابوذر خطاب كرد: «اى اباذر، اعتراض و خشم تو براى خدا بود، از جانب كسى كه براى او در خشم شده اي اميدوار باش. اين ها براى اين از تو مى ترسند كه تو دنياى آن ها را از بين ببرى و تو براى اين از آن ها مى ترسى كه مبادا دين تو را از بين ببرند؛ تو هم آن چه آن ها براى آن مى ترسند به خودشان واگذار و آن چه تو براى آن ها مى ترسى نگاه دار و از ايشان بگريز. چه قدر آن ها نيازمندند به آن چه كه تو از آن بازشان داشتي و چه بى نيازى تو از آن چه آن ها تو را از آن منع كردند.» [135] انحراف هاى اجتماعى به ويژه انحراف اقتصادي عثمان، على رغم نصيحت هاى مكرر علي(ع)، افزايش يافت و باعث قتل او گرديد. و مردم تنها نامزد خلافت را على دانستند. [136] علي(ع) در اين باره مى فرمايد: «تا اين كه از عثمان انتقام گرفتيد و بر او وارد شديد؛ وى را كشتيد و پس از آن به سوى من آمديد تا اين كه با من بيعت كنيد؛ پس، از اين كار امتناع ورزيدم و دست خود را پس كشيدم. سپس با من منازعه و مجادله نموديد و دست را گشوديد ولى من آن را جمع كردم. شما دست مرا كشيديد و من آن را جمع كردم. آن قدر بر من ازدحام نموديد كه گمان كردم قصد كشتن هم ديگر يا مرا داريد.» [137] هجمه ي مردم به علي(ع) سبب شد كه حسن و حسين در زير دست و پا قرار گيرند و لباس علي(ع) پاره گردد. [138] سرانجام، علي(ع) با اصرار فراوان همگان، خلافت را پذيرفت ولى تصريح كرد كه موضع سياسى و اجتماعى من بر طبق قرآن و سنّت نبوى است. و به همين دليل طلحه و زبير كه براى شريك شدن در خلافت با علي(ع) بيعت كرده بودند، [139] در مقابل على ايستادند. 
ابن ابى الحديد گويد: «روز شنبه هجدهم ماه ذى الحجه ي، فرداى روز بيعت، علي(ع) به مسجد آمد و برنامه ى سياسى و حكومتى خويش را كه بر عدالت اجتماعى و اقتصادى استوار بود، براى مردم ترسيم كرد.» [140] و انتقاد بى پرده از خلفاى پيشين، احياى سنّت هاى رسول خدا در جامعه، قاطعيّت در اجراى عدالت اجتماعى و اقتصادي، لغو امتيازات غير عادلانه را به صراحت بيان كرد و البته از فتنه هايى در آينده هشدار داد. علي(ع) جهت اجراي برنامه ى خود، زما م داران عثمان را در ايالات مختلف عزل نمود و افراد صالح و متديّن را گماشت. [141] ولى علي(ع) با مشكلاتى از جمله اشرافيت، اختلافات نژادي، آشفتگى اوضاع داخلي، دنيازدگي، نفاق و جهل مردم روبه رو بود؛ بنابراين در خطبه هايش، مردم را به معارف اسلامي آگاه مى ساخت و عوام را نسبت به جهل ها و كاستى ها مطلع مى نمود. امّا خواص منحرف از جمله ناكثين، قاسطين و مارقين، علي(ع) را در تنگناهاى سياسى و اجتماعى قرار مي دادند؛ ولى هيچ گاه علي(ع) عدالت را فداى مصالح سياسى و اجتماعى خويش نكرد. جريان ناكثين به رهبرى طلحه و زبير و عايشه با شعار خون خواهى عثمان  (ولى در واقع جهت غصب خلافت) در آغاز حكومت علي(ع) ظاهر گشت؛ به جرم اين كه چرا علي(ع) حاكميّت بصره و كوفه را به طلحه و زبير نبخشيد. [142] علي(ع) با اين كه از قصد توطئه و شورش آن ها باخبر بود كه به بهانه ى عمره، قصد خروج از مدينه را داشتند، با آن ها مخالفت نكرد زيرا علي(ع) كسي را قبل از وقوع عملى مؤاخذه نمى كرد. [143] امير مؤمنان(ع) حاكميت را به طلحه و زبير تفويض نكرد؛ زيرا قدرت طلبى افراطى با فرهنگ سياسى علوى سازگارى نداشت. اين دو آن قدر قدرت طلب بودند كه حتّى وقت اقا