مه ى نماز جهت امامت، به منازعه مى پرداختند. [144] به هر حال، علي(ع) درمقابل دشمنانش ايستاد ولى پيش دستى نكرد و حتّى درعقب انداختن جنگ تلاش مى كرد تا شايد عده اى هدايت يابند و از تاريكى و ظلمت به روشنايى دست يازند. [145] مخالفان علي(ع) به سرعت در جنگ جمل شكست خوردند و موضع علي(ع) در قبال اصحاب جمل از جنگ با عفو عمومى و كنترل اوضاع همراه بود. ولى جنگ جمل، كينه ها و حسّ انتقام جويى را زنده كرد و دست آويزى براى معاويه جهت مخالفت با علي(ع) را مهيّا كرد و بستر فتنه ى جدّى ترى يعنى حضور قاسطين و بي بهرگان از انصاف و عدالت را آماده ساخت؛ زيرا معاويه بر شام حاكم بود. شام از آغاز گرايشش به اسلام با خاندان ابوسفيان در ارتباط بود و اسلام را از زبان آن ها شناخت؛ بنابراين تا آخرين نفس، معاويه را بر ضد علي(ع) همراهى كردند و معاويه با شعار خون خواهى عثمان، جنگ صفين را تحقق بخشيد. امام جهت مبارزه با معاويه، مركز حكومت را به كوفه تغيير داد تا به شام نزديك شود و با نامه ها و خطبه هاى خويش بر صحّت و درستى حكومت و خلافت خويش و عدم دخالت وى در كشتن عثمان و ابراز عدم سزاوارى معاويه در جهت تصدّى رهبرى جامعه مردم را آگاه ساخت [146] و از طرف ديگر سپاه را به طرف شام گسيل داد. 
درگيرى به سمت توفيق سپاه علي(ع) پيش رفت كه نقشه ى عمروعاص اجرا شد و مسئله ى حكميّت تحقق يافت و تفرقه، سپاه علي(ع) را در برگرفت و علي(ع) را نيز در پذيرش حكميّت مجبور ساخت و علي(ع) نيز نمايندگى ابوموسى اشعرى را از روى اكراه پذيرفت و همين، سبب تحقق جريانى به نام مارقين و خوارج شد. 
اوّلين واكنش رسمى امام در مقابل خوارج، فرستادن عبدالله بن عباس به عنوان نماينده ى خود جهت بحث و مناظره با آن ها بود؛ [147] ولى خوارج نپذيرفتند وبراى جنگ با امام خود را آماده كردند و امام در مقابل آن ها ايستاد و على رغم اهانت هاى متعدد به وى در مجامع عمومي، تنها به دليل قتل شيعيانش با آن ها مقابله كرد؛ ولى قبل از جنگ نهروان، با آن ها به بحث و مناظره پرداخت و سپس با غير مهتديان به جنگ برخاست و فرمود: «اى مردم، من چشم فتنه و فساد را كور كردم و غير از من كسى جرأت دفع آن فتنه و فساد را نداشت در حالى كه تاريكى در آن موج زده و سختى آن رو به فزونى نهاده بود.» [148] 
علي(ع)؛ قاطعيت يا تساهل؟ 
پرسش مهمّى كه در دوران معاصر، ذهن مردم ما را مشغول ساخته است، مسئله ي تساهل و قاطعيّت است و اين كه آيا در اجراى احكام الهى بايد گرفتار تولرانس و تساهل شد يا اين كه بايد زما م داران، قاطعيّت و جدّيت را سياست خويش سازند. آنان كه مدّعى پيروى علي(ع) و سيره و سنّت علوى اند، بر اين مطلب واقفند كه علي(ع) قاطعيّت را بر مصلحت سنجى و منفعت طلبى مقدّم مى داشت و اينك نمونه هايى از اين سنّت علوى بهرا بر مى شماريم: 
1. قدامة بن مظعون، شراب آشاميده بود و عمر، تصميم بر اجراى حد اسلام گرفت. قدامه با استناد به آيه ى نودوسوم مائده، [149] عمربن خطاب را قانع كرد كه حد را از وى ساقط كند. عمر، على رغم اين كه استدلال او را پذيرفت، از حضرت علي(ع) نيز مطلب را جويا شد. و حضرت فرمود: «قدامه و هر كس ديگر، اين حرام را مرتكب شود، از اهل آيه ي شريفه نيست؛ زيرا كسانى كه ايمان آورده عمل صالح را انجام مى دهند، حرام خدا را حلال نمى شمارند. پس قدامه را برگردان و بگو از آن چه گفته، توبه كند و پس از توبه بر گفته اش، حد الهى را بر عملش اقامه كن و اگر از تو سرپيچى كند او را بكش؛ زيرا به واسطه ى حلال شمردن حرام الهى از دين خارج شده و خونش مباح گرديده است.» [150] 
2. وقتى عمربن خطاب با شش ضربت چاقوى ابولؤلؤ به بستر مرگ گرفتار شد، عبيدالله پسر عمر، هرمزان، سردار ايرانى تازه مسلمان و دختر خردسال ابولؤلؤ را كشت؛ در حالى كه هنوز عمر زنده بود. استدلال عبيدالله اين بود كه در خلوت، هرمزان را ديدم كه بر كشتن پدرم، ابولؤلؤ را ترغيب مى كند. عمر وصيّت كرد كه اگر از دنيا رفتم، براى تأييد سخنان پسرم، گواهى بخواهيد، اگر نياورد، عبيدالله را به جرم قتل هرمزان بكشيد. دوره ى حاكميّت عثمان فرا رسيد، ولى عثمان، على رغم وصيّت عمر و حكم الهى تصريح كرد كه من از گناه عبيدالله بن عمر گذشتم، ولى علي(ع) بر كشتن عبيدالله اصرار ورزيد. عثمان گفت من خون بهاى او را مى پردازم. امام(ع) با اين عمل كرد عثمان به شدّت مخالفت كرد و به عبيدالله بن عمر خطاب كرد: «اگر دستم به تو رسد، تو را به قصاص خون هرمزان خواهم كشت». و عثمان نيز عبيدالله را مخفيانه به كوفه روانه كرد. [151] 
3. تاريخ، شاهد بى وفايى عثمان نسبت به وعده ها و پيمآن هاى آغاز خلافتش بود؛ نه به كتاب خدا و سنّت پيامبر توجّهى كرد و نه به سيره ى ابوبكر و عمر وفادار ماند. در آغاز خلافتش، مروان بن حكم و پدرش حكم بن ابى العاص را كه تبعيدشدگان پيامبر و ابوبكر و عمر بودند، به مدينه فراخواند و پيراهنى از پارچه ى گران بها به آن ها هديه كرد. و مردم به ويژه اصحاب  پيامبر(ص) را نگران ساخت. دخترش ام ابّان را به مروان بن حكم داد. دختر ديگرش، عايشه را به همسرى حارث بن حكم و يك پنجم غنايم افريقا يعنى پانصد هزار دينار طلا را به مروان و سيصد هزار درهم به حارث بن حكم و سيصدهزار درهم ديگر به پدر آن ها، حكم بن ابى العاص و صدهزار درهم نيز به سعيد بن عاص بخشيد. وليدبن عقبه، فرمان دار كوفه، صدهزار سكّه از عبدالله بن مسعود كه خزانه دار و كارگزار بيت المال دولت عثمان بود، قرض گرفت و پرداخت نكرد و عثمان در نامه اى به عبدالله بن مسعود نوشت: «تو خزانه دار مايى و بسم الله الرحمن الرحيم؛ پس براى آن چه وليد از اموال ستانده كارى به وى نداشته باش.» عبدالله بن مسعود، كليد خزانه را بر زمين انداخت و فرياد زد، من گمان مى كردم خزانه دار مسلمانانم. اين سنّت زشت و ناپسند ادامه يافت به گونه اى كه عثمان به ابوسفيان، دويست هزار درهم و به عبدالله بن خالد بن اسيد اموى سيصدهزار درهم از بيت المال بخشيد. علي(ع) به شدّت با اين رانت خوارى و فساد مالى عثمان مخالفت كرد و به او هشدار داد كه مردم، براى جلوگيرى از اين كارها برمى خيزند و ميان تو و خواسته ات جدايى مى اندازند. ثروت اندوزى بنى اميّه در زمان عثمان در حالى بود كه اصحاب خالص پيامبر، گوشه نشين شدند. و دولت جاهليّت قريش بر آن ها حاكم گرديد. ابوذر به ربذه تبعيد شد و در خلوت و تنهايى كنار يگانه دخترش، سر بر بالين خاك نهاد و به زيارت پيامبرش شتافت. عبدالله بن مسعود را با خشونت از مسجد بيرون انداختند و دنده اش را شكستند. فساد مالى در شش سال آخر خلافت عثمان به اوج خود رسيد و سبب شورش مردم شد. آشوب و آشفتگي، جامعه ى اسلامى را فرا گرفت و علي(ع) على رغم مخالفت با فساد مالى و اداري عثمان، در صدد اصلاح و آرامش امور بود. يك بار محيط را آرام كرد و با گفتار پيامبر او را هشدار داد كه فرمود: «روز قيامت، پيشواى ستم گر را مى آورند در حالتى كه ياورى ندارد و عذرخواهى همراه او نيست؛ پس در آتش دوزخ افكنده شود و در آتش مي گردد مانند گردش آس