ايلى از جمله حفظ اسلام نوپاي، نگرانى از ارتداد مسلمانان، ترس از تفرقه ى آن ها، جلوگيرى از خونريزى هاى جبران ناپذير، فقدان اصحاب كافى و مطمئن، نامناسب بودن زمان و سفارش هاى پيامبر(ص) سكوت بيست و پنج ساله را بر قيام ترجيح داد. 
پاسخ تفصيلى اين است كه اميرالمؤمنين، پس از رحلت رسول خدا، در موارد و زمينه هاى مناسب، مسئله ى جانشينى پيامبر را مطرح كردند و فرمودند: «احتجّوا بالشجرة و اضاعوا الثمرة» [60]؛ «به درخت رسالت احتجاج كردند، ولى ميوه ى آن را تباه ساختند.» مراد حضرت از ثمره، خودشان است. به سعد بن ابى وقاص، يكى از افراد شوراى عمر خطاب كردند: «به خدا سوگند كه شما به مقام خلافت حريص تر و در خويشاوندى با پيامبر(ص) دورتر هستيد و من به خلافت سزاوارتر و به پيامبر(ص) نزديك ترم. و حق مسلّم خود را مطالبه مى كنم، در حالى كه شما ميان من و حقّم مانع شده ايد. امام در ادامه مى فرمايند: «و قريش در امر خلافت كه اختصاص به من داشت، بر دشمنى با من اتفاق كردند و حق مرا غصب نمودند.» [61] و نيز فرمودند: «سوگند به خدا، از زمانى كه رسول خدا(ص) از دنيا رفت تا امروز، همواره از حق خود محروم شدم در حالى كه ديگران بر من مقدّم داشته شده و من تنها مانده ام.» [62] [63] 
امام على جهت احقاق حق خود، از مهاجرين و انصار طلب يارى مى كرد، شبانه به همراه فاطمه(س) و حسنين(س) به منازل آن ها مى رفت و انحراف اعراب را گوشزد مي نمود. ابن قتيبه دينوري، مى گويد: علي(ص) شبانه از خانه ى خود خارج مى شد، در حالي كه فاطمه(س) را سوار بر چهارپا مى نمود. به مجالس و منازل انصار مى رفت و از آن ها براى احقاق حق خود تقاضاى كمك مى كرد و آن ها در جواب علي(ص) و دختر رسول گرامي اسلام(ص) مى گفتند: ما با اين مرد (ابوبكر) بيعت كرديم و اگر علي(ص) زودتر مراجعه مى كرد، ما با او بيعت مى نموديم و علي(ص) در پاسخ مى گفت: آيا صحيح بود كه من بدن رسول اكرم(ص) را در گوشه ى خانه رها كنم و به فكر خلافت و گرفتن بيعت باشم؟ [64] 
پس علي(ص)، در مقابل انحراف قريش سكوت نكرد و از حق خلافت دفاع كرد و ليكن حفظ دين اسلام، براى او مهم ترين هدف، تلقّى مى شد. ايشان گرفتار يك وضعيت اجتماعي شده بودند و خود را بر سر يك دو راهى مى ديدند: حفظ اسلام و دست آوردهاى آن و به دست آوردن مقام خلافت. و بى شك امام راه نخست را ترجيح دادند. 
«ترسيدم اگر به يارى اسلام و مسلمانان نشتابم، بايد شاهد ايجاد شكاف در اسلام و يا نابودى آن باشم كه مصيبت آن براى من از رها ساختن خلافت و حكومت چند روزه بر شما، بسى سخت تر و بزرگ تر است.» [65] «بعد از رحلت پيامبر(ص) به مردم گفتم كه ما اهل بيت پيامبر و وارث عترت او هستيم نه ديگران. كسى در حقّ ما منازعه نكند و طمع نورزد؛ زيرا بعد از رحلت پيامبر(ص) قريش بر ما اعتراض كرد و حق ما را غصب نمود و امارات را به ديگري واگذار كرد كه اين موجب شد، ضعيف در حق ما طمع ورزد و ذليل بر ما بزرگوارى بفروشد، به خدا سوگند، اگر ترس از ايجاد تفرقه ى بين مسلمانان و بازگشت كفر به جامعه ي اسلامى نبود و دين تهديد به نابودى نمى شد، وضع ما غير اين بود كه مشاهده مي نماييد.» [66] 
علاوه بر مطلب فوق، امام(ع) ياورى جز اهل بيت(ع) نداشت. امام(ع) در مورد تنها بودن خود مى فرمايد: «در كار خود انديشيدم و ديدم ياورى جز خاندان خويش ندارم؛ اقدام نكردم و به مرگ آنان راضى نشدم. چشم هاى پر از خاشاك را فرو بستم و با همان گلويى كه گويا استخوان در آن گير كرده بود، جرعه ى حوادث را نوشيدم.» [67] 
مصحف امام علي(ع) چه اختلافى با قرآن موجود دارد؟ آيا همان مصحف رسول الله(ص) است؟ پيامبر(ص) به جهت كمالات گوناگون علي بن ابى طالب(ع) به ويژه داشتن علم وراثت و كتابت، جمع آورى قرآن را به آن حضرت سپرد. رسول خدا(ص) در حال احتضار بود كه به اميرالمؤمنين فرمود: «اى علي، قرآن در ميان كتاب ها و قطعه ها و برگ هايى كنار رخت خواب من است؛ آن ها را برداشته در يك جا گرد آوريد و ضايع نكنيد چنان كه يهود، تورات را ضايع كردند. علي(ص) برگ ها را در پارچه اى زرد نهاده، در خانه اش گذاشت و مُهر كرد و فرمود: ردا بر دوش نمي اندازم تا زمانى كه قرآن را گرد آورم. از آن پس، امام بى آن كه عبا بر دوش اندازد، با ميهمانانش روبه رو مى شد تا هنگامى كه قرآن را جمع آورى كرد.» [68] اين كار شش ماه طول كشيد. [69] 
امام علي(ع) آيات را براساس ترتيب نزول قرآن مرتب كرد و آيات منسوخ را بر ناسخ مقدّم داشت و تأويل و مقصود كلّى و نيز تنزيل و شأن و سبب نزول وحى را بيان نمود. در مصحف امام(ع) محكمات از متشابهات تفكيك شده بود و نام هاى كافران و مشركان و منافقان و مؤمنان در اين مصحف، بيان گرديده بود. 
تمام اين مطالب و برخى از تفسيرهاى آيات در مصحف علي(ع) ذكر شده بود. [70] ولى سياست مداران روزگار علي(ع) به جهت ناهم آهنگى مطالب و تفاسير مصحف علي(ع) با خواسته هاى سياسى آن ها، از پذيرش اين مصحف امتناع ورزيدند. بنابراين امام(ع) اين مصحف را به فرزندان خويش سپرد تا اين كه امام زمان(عج) هنگام قيام، آن را همراه خود مى آورد. [71] تفاوت مصحف امام علي(ع) كه به امر رسول خدا انجام گرفت با قرآن موجود، در تعداد آيات و سوره ها نيست؛ بلكه اولاً، مصحف حضرت علي(ع) به همراه تفسير و تنزيل وتأويل بود؛ ثانياًً به ترتيب نزول آيات نگاشته شده بود؛ ثالثا،ً آيات منسوخ و ناسخ و محكم و متشابه از يك ديگر متمايز شده بود. 
آيا پيامبر(ص) بر امامت علي(ع) تصريح كرده است؟ 
رسول خدا(ص) براى تثبيت امامت علي(ع) تلاش فراوان نمود و در هيچ زمينه اى براي ابلاغ پيام الهى كوتاهى نكرد. امام علي(ع) نيز براى احياى اين حقيقت، گام هاي استوارى برداشت؛ ولى مخالفان وى با قوّت، اقدامات پيامبر(ص) و علي(ع) را خنثا كردند. و اينك نمونه هايى از حركت هاى پيامبر و بهره هاى او از فرصت هاى مناسب در معرفي علي(ع) را بيان مى كنيم. 
1. پيامبر(ص) در روز انذار، روز آغازين ظهور نبوّت وي، هنگامى كه خويشان و بستگان خود را به رسالت دعوت كرد، خلافت امام علي(ع) را نيز به آنان معرفى كرد و رسالت و نبوّت را به امامت و ولايت گره زد و به مخاطبان فهماند كه نبوّت و امامت دو حقيقت ناگسستنى اند. [72] و اين معرفى نه از ناحيه ى شخص پيامبر بلكه از طرف خداوند ابلاغ شده بود؛ زيرا وقتى در يكى از روزهاى مشقت بار مكه، رئيس قبيله ى بنى عامر نزد رسول خدا و در حضور اصحاب مسئله ى جانشينى و خلافت را به پيامبر پيشنهاد كرد، رسول خدا(ص) به صراحت اعلام كرد كه مسأله ى جانشينى من با خداست. [73] 
2. عِدل قرار دادن علي(ع) و اولادش در كنار قرآن در حديث ثقلين و سفارش به مردم جهت همراهى كردن اين دو گوهر گران بها و نيز بيان فضايل علي(ع) از زبان پيامبر(ص) مانند شهر علم بودن علي(ع)؛ افضل بودن ضربه ى شمشير علي(ع) از عبادت جن و انس، در جريان جنگ خندق؛ قرار دادن حبّ علي(ع) به عنوان ملاك ايمان و حلال زادگي و دشمنى او به عنوان معيار نفاق و حرام زادگي؛ همراهى حق با على و علي(ع) با حق؛ هم چون كشتى نوح بودن اهل بيت پيامبر(ص) و مايه ى نجات و رهايى بود