ال 35 هجری زمام حکومت را به دست گرفت.

27. مدت امامتِ آن حضرت سی سال بود، یعنی از سال 11 تا 40 هجرت، امام و مرجع و ملجاء مسلمانان بود که مثل پیامبرِ خدا مردم را به راه راست و انصاف هدایت می کرد. با تفسیر قرآن و تبیین معارف و احکام اسلام همیشه حلاّل مشکلاتِ مسلمانان بود.

28. ایام خلافت و حکومتِ آن حضرت چهار سال و نُه ماه بود، از بیست و پنجم ذی حجّه سال 35 تا بیست و یکم رمضان سال 40 هجرت.

29. پنجاه و نُه سال داشت که در سال 36 هجری، روز پنجشنبه دهم جمادی الاولی جنگ جمل اتفاق افتاد.

30. شصت سال از عمر شریفش سپری شده بود که جنگ صفّین درسال 37 هجری رخ داد.

31. شصت و یک سال داشت که جنگ خوارج در کرانه رود نهروان در سال 38 هجری پیش آمد و حضرت علی علیه السلام پس از ماه ها مذاکره و صلح جویی در نهایت مجبور شد که دست به شمشیر برد و دمار از روزگارانِ خشکه مقدّسانِ نادان در بیآورد.

32. شصت و سه سالِ پرمخاطره و بسیار پربار از عمرِ عدالتِ مجسّم می گذشت که در سال چهلم هجری، سحرگاه شب نوزدهم ماه مبارک رمضان، در محراب عبادت با شمشیر عبدالرحمان بن ملجم مرادی مجروح و پس از دو روز (21 رمضان) به شهادت رسید.امام علی ـ علیه السّلام ـ و عثمان
پس از آن كه در سقیفه خلافت از دست امام علی ـ علیه السّلام ـ خارج شد، و كوشش‌های امام برای بازگرداندن خلافت به جایی نرسید، امام سعی كرد تا به شكلی در حفظ اصول و فروع اسلام تلاش كرده و با دانش دینی خود تا اندازه‌ای جلوی خطاها را بگیرد. در عین حال، هر زمان فرصتی پیش می‌آمد و جو مناسب می‌بود از حق از یاد رفته‌ی خود یاد می‌كرد. خلیفه‌ی دوم، به رغم سخت‌گیریش در بهرگیری از مخالفان خود، در تلاش بود تا با استفاده از توانایی علمی امام، مشكلات قضایی و در مواردی سیاسی را حل كند. ما پیش از این نمونه‌هایی از مشورت خلیفه را با امام آوردیم. درباره‌ی نمونه‌های قضایی، مصادر، روایات و حكایت متعدد آورده‌اند كه برخی از آنها را علامه‌ی امینی در مجلد ششم الغدیر در ضمن بحث «نوادر الاثر فی علم عمر» فراهم آورده است. در این باره نصی در دست است كه نشان می‌دهد عمر در مسائل قضایی تأكید داشته است كه هر چه امام گفت به آن عمل شود.[1] 
غرور عثمان بسیار زیاد بود، به طوری كه كمتر نمونه‌ای همانند آنچه زمان عمر بود یافت می‌شود. شاید دشمنی‌های پیشین امویان و هاشمیان و نیز جنگ بدر و احد و كشتگان اموی در این باره مؤثر بوده است. به ویژه خلیفه شدن عثمان، درست با كنار زدن امام علی ـ علیه السّلام ـ همراه بود. خارج شدن عثمان از خط صحیح و اصرار امام در دفاع از جریانات حق، سبب شد تا عثمان احساس دشمنی بیشتری نسبت به امام داشته باشد. زمانی كه عثمان می‌خواست عمار را تبعید كند و امام اعتراض كرد، عثمان گفت: تو خود بیشتر سزاوار تبعید هستی![2] عثمان در موارد دیگری هم برخوردهای تند با امام داشت.[3] سعید بن مسیب می‌گوید: شاهد بودم كه بین علی و عثمان درگیری لفظی پیش آمد. عثمان شلاق را بلند كرد تا به علی بزند و من مانع شدم.[4] مكرر نقل شده است كه عثمان شكایت امام رانزد عباس می‌برده است.[5] امام در برابر فتاوای اشتباه عثمان، مقاومت می‌كرد و همین سبب شد تا عثمان به آن حضرت اعتراض كند كه: «انك لَكثیرُ الخِلاف عَلینا»[6] امام سجاد ـ علیه السّلام ـ از قول مروان نقل فرمود كه در سفر حج عثمان را دیدم كه از انجام عمره در ایام حج نهی می‌كرد. امام علی ـ علیه السّلام ـ كه وضع را چنین دید محرم به احرام عمره و حج شد. عثمان گفت: می‌بینی كه من نهی می‌كنم و باز انجام می‌دهی! امام پاسخ داد: من به خاطر هیچ كس از سنت رسول خدا ـ صلّی الله علیه و آله و سلّم ـ دست بر نمی‌دام.[7] به نظر می‌رسد شرایط سیاسی در زمان عثمان، تا اندازه‌ای اجازه‌ی انتقاد بشیتر را می‌داده است. شاید یك دلیل عمده‌ی آن همراهی مردم با این حركت‌های انتقادی بوده است. زمانی كه ولید بن عقبه را برای اجرای حد به مدینه آوردند، ‌امام احساس كرد كسی جرأت اجرای حد را ندارد، ولید را روی زمین انداخت و حتی با اعتراض عثمان به این كه حق انداختن او را روی زمین نداری، به اجرای حد مشغول شد.[8] 
می‌توان از مجموع آنچه در شورش بر ضد عثمان رخ داد، چنین دریافت كه بسیاری از مخالفان، از كاندیداتوری امام برای خلافت حمایت می‌كردند، گرچه در میان مخالفان، كسانی چون عمرو بن عاص و طلحه و زبیر در پی منافع خود بودند. نفوذ امام در میان مخالفان، سبب شده بود تا عثمان، در برابر او موضع دوگانه‌ای اتخاذ كند. از یك طرف احساس می‌كرد كه امام محرك اصلی این ماجراهاست و از طرف دیگر وقتی هیچ راهی نداشت از امام می‌خواست تا وساطت كرده و به اعتبار این كه سخن او را می‌شنوند آنان را آرام كند.[9] از برخی نقل‌ها نیز استفاده می‌شود امام به عنوان سخنگوی مخالفان «متكلم القوم» شناخته می‌شده است.[10] با این حال این امر، به این معنا نبود كه كاملاً كنترل آنان در اختیار امام است. همچنین به این معنا نیست كه امام موافق همه‌ی كارهای آنان بوده است. سئوال اصلی این است كه نظر امام درباره‌ی عثمان چه بوده است؟ باید توجه داشت كه امام پس از عثمان در میان مردمی بود كه عثمان را كشته بودند و نمی‌توانست در این باره آزادانه سخن بگوید. 
درباره‌ی «نظر سیاسی» امام، به راحتی می‌توان گفت كه امام موافق با كشتن وی نبوده و این كار را به صلاح نمی‌دانسته است. امام دریافته بود كه این اقدام جز به نفع معاویه نیست و لذا به هر صورت می‌كوشید تا از كشته شدن او جلوگیری كند. حتی در آغاز می‌كوشید تا میان مردم و او را صلح دهد و شورش را بخواباند. یكبار درباره‌ی این حمایت‌های سیاسی خود فرمود: آن اندازه ازعثمان حمایت كردم كه می‌ترسم در این باره مرتكب گناهی شده باشم.[11] بعدها نیز فرمود كه شما عثمان را كشتید در حالی كه من در خانه بودم.[12] 
در این باره بهتر است تا «نظر دینی» امام را از «نظر سیاسی» آن حضرت جدا كنیم. محتمل است كه امام، عثمان را به سبب اشتباهات عمدیش درباره‌ی اسلام و احكام آن و نیز به فساد كشاندن اوضاع جامعه، مستحق چنان برخوردی از ناحیه‌ی مردم می‌دانسته است، هر چند نمی‌توان دقیقاً در این باره اظهار نظر كرد. در این زمینه تعبیراتی از آن حضرت نقل شده است كه امكان چنین تلقی را طرح می‌كند. زمانی از امام سئوال شد: آیا در قتل عثمان شركت داشته است یا نه؟ امام فرمود: خدا عثمان را كشت و من با خدا هستم.[13] در مورد دیگری فرمود: من نه كشته شدن عثمان را دوست داشتم و نه از آن كراهت داشتم.[14] و بار دیگر فرمود: قتل عثمان نه مرا مسرور كرد و نه ناراحت.[15] امام در جای دیگر عثمان را «حمال الخطایا» خواند[16] و زمانی كه از او پرسیدند: آیا عثمان مظلوم كشته شده است یا نه؟ امام فرمود: او به صورت بسیاری بدی خود را فدای اهلبیت خود كرد و شما نیز به بد صورتی با او برخورد كردید.[17] امام درباره‌ی برخورد خود با عثمان به مردم كوفه نوشت: من شما را از كار عثمان آگاه می‌كنم، ‌