مت ديگرى از داخل مسجد، گنبد كوچكى روى چهار ستون قرار دارد كه به مقام امام زين العابدين معروف است و گفته مى شود كه حضرت در آنجا استراحت مى كرده است .
در كنار مسجد ياد شده در قسمت شرقى مسجد، مقام راس الحسين عليه السلام قرار گرفته است كه زيارتگاه شيعيان مى باشد. (334)
2. مقام انبيا عليه السلام در مسجد جامع دمشق  
الف . محل دفن و مرقد مطهر سر مبارك حضرت يحيى عليه السلام
مرقد شريف سر مقدس حضرت يحيى على نبينا و آله و عليه السلام در اين مسحد است . و امام مرقد بدن شريف آنحضرت طبق آنچه تاريخ منتخبات التواريخ مى نويسد در مسجد دلم در يكى از نواحى دمشق به نام زبدانى است .
صاحب تاريخ فوق ، از زيد بن واقد نقل مى كند كه من هنگامى كه مى خواستند مسجد دمشق را بنا كنند، سر مبارك حضرت يحيى عليه السلام را مشاهده كردم ، كه از زير يكى از اركان قبه مسجد بيرون آوردند و پوست صورت آن حضرت و حتى موى سر مبارك تغييرى نكرده بود. و هم در آن كتاب است كه زيد بن واقد گويد: موقعى كه مسجد جامع دمشق را مى ساختند من از طرف وليد سر كارگر بودم ، ناگاه گودالى باز شد، و غارى نمايان گشت . جريان را به وليد گزارش داديم ، چون شب فرا رسيد وليد خودش در حاليكه پيشاپيش او شمع گرفته بودند آمد و به اندرون آن غار رفت ، ديديم كه كنيسه و نماز خانه كوچكى است به مساحت 3 ذرع و در 3 ذرع ، و صندوقى آنجاست ، وليد در صندوق را گشود، در ميان آن صندوق سبدى بود كه در ميان آن ، سر حضرت يحيى عليه السلام بود، و بر آن سبد نوشته بود: ((هذا راس يحيى بن زكريا)) وليد دستور داد كه سر مقدس را به جايگاهش بر گردانند، و ستونى راكه بر قبر مى گذارند با بقيه ستونها امتيازى داشته باشد. (335)
يحيى عليه السلام اين بنده صالح خدا فرزند زكرياست ، كه خداى تعالى او را در سن پيرى ، زكريا، به وى عطا فرمود چنانچه آيات اول سوره مريم به آن اشاره مى كند: ((كهيعص # ذكر رحمه ربك عبده زكريا...) الايات . (336)
اين بزرگوار در دوران كودكى به مقام بزرگ نبوت نائل آمد ((...واتيناه الحكم صبيا)) (337)
و آنقدر در نزد خداى تعالى مقام و منزلت داشت كه امام محمد باقر عليه السلام بر حسب روايت كافى شريف فرمود: هر وقت خداى تعالى را مى خواند، جواب ((لبيك يا يحيى )) از خداوند مى شنيد.
او با اين مقام ارجمند آنقدر از خوف خداى تعالى گريست كه گوشت گونه هاى صورتش فرو ريخت پاره نمدى بر صورت خود مى گذاشت تا اشك چشمهايش را به خود بگيرد و بر صورت مباركش جارى نشود، كه اشك نمكين است و سوزش زخم را مى افزايد. (338)
بجز مرقد مطهر سر حضرت يحيى عليه السلام در مسجد جامع دمشق قبور ديگرى نيز از انبيا عليه السلام است كه تاريخ منتخب التواريخ از صاحب روضه الانام نقل مى كند كه گفته است قبر حضرت هود عليه السلام در ديوار جنوبى مسجد جامع دمشق است ، مقابل سر مبارك حضرت يحيى عليه السلام ، ولى نشانه ظاهرى ندارد. و هم او گفته است كه شمار زيادى از مورخين دمشق اين مطلب را ذكر كرده اند.
ب - قبر هود عليه السلام  
وهروى نيز در اشارات گفته است كه قبر حضرت هود عليه السلام در ديوار سمت قبله مسجد است و بعضى از مورخين نقل كرده اند كه نزد قبر حضرت هود عليه السلام سنگ قبرى است كه بر آن نوشته شده :
((و قضى ربك ان لا تعبدوا الا اياه ولالوالدين احسانا)) (339) انا هود بن الجلود بن عاد بن عوص بن سام بن نوح . قال : جئتهم بالرساله و بقيت فيهم مده عمر فكذبونى فاخذهم الله بالريح العظيم ))
يعنى : فرمان خداوندى است كه بجز او كسى را نپرستيد و به پدر و مادر نيكى كنيد، منهم هود بن .. گويد من از طرف خداوند پيام آوردم و تمام عمرم را در ميان مردم بودم ولى آنان دروغگويم پنداشتند، پس خداوند آنان را به وسيله بادى سهمناك گرفتار كرد. (340)
ج . مقام حضرت خضر عليه السلام  
حضرت خضر نبى عليه السلام همواره در اين مسجد نماز مى گذاشت ، در سمت شرقى قبله (جنوب شرقى ) نزديك مناره شرقى بوده است ، اكنون نزديك به محراب اصلى مسجد و به موازات مقام هود عليه السلام بر ديوار قبله عنوان ((هذا مقام خضر النبى عليه السلام )) بر تابلويى سبز ديده مى شود. شايان گفتن است در بسيارى از نقاط سوريه مقام حضرت خضر عليه السلام ديده مى شود. آن حضرت بر اساس روايات تا ظهور حضرت حجه بن الحسن العسكرى (عجل الله تعالى فرجه الشريف ) زنده هستند، پس از ظهور حضرت او هم خواهد آمد و در پشت سر حضرت نماز خواهد خواند و يارانش را به يارى حضرت امام زمان (عجل الله تعالى فرجه الشريف ) دعوت خواهد كرد.
د- مكان نزول حضرت عيسى عليه السلام  
مسلم از اوس بن اوس و از رسول خدا صلى الله عليه و آله نقل كرده است كه حضرت عيسى بن مريم عليه السلام كنار مناره شرقى دمشق ، يعنى مسجد جامع دمشق نزول خواهد كرد و كنار قطعه سنگى كه حضرت موسى عليه السلام در (كوه طور) با عصاى خود بر آن زد و دوازده چشمه جارى شده وجود دارد. (341)
3. مراقد اهل بيت عليه السلام در شام  
1. آرامگاه حضرت زينب عليه السلام  
در جنوب شرقى دمشق ، پايتخت كشور سوريه ، قبرى واقع شده است كه در سالهاى اخير به صورت وسيع و بسيار آراسته و با شكوه تجديد بنا شده است . دلايل و شواهد فراوانى گواهى مى دهد كه قبر حضرت زينب كبرى عليه السلام دختر امير مومنان عليه السلام همين قبر است ، منتها دانشمندان گاهى از او به عنوان ((ام كلثوم عليه السلام )) و گاهى به نام ((زينب عليه السلام )) ياد كرده اند. توضيح اينكه مورخان نام صاحب اين قبر را چهار گونه ذكر كرده اند:
1. عده اى از او فقط با نام ام كلثوم عليه السلام ياد كرده اند
2. گروهى او را زينب مكنى به ام كلثوم عليه السلام دانسته اند و گاهى اين را نيز اضافه كرده اند كه وى دختر حضرت زهرا عليه السلام بوده است .
3. دسته سوم او را زينب صغرى مكنى به ام كلثوم عليه السلام مى دانند و مى گويند: او همسر محمد بن عقيل و مادرش كنيز بوده است
4. و بالاخره گروهى از دانشمندان شيعه و سنى تصريح كرده اند كه كسى كه در قريه راويه دفن شده است ، زينب كبرى دختر امير مومنان عليه السلام است كه مادرش حضرت زهرا عليه السلام بوده است .
مى توان اين اقوال را بدين گونه جمع كرد كه چون بنا به دلايل متعددى كه دانشمندان ما ارائه كرده اند، كنيه زينب كبرى عليه السلام ام كلثوم بوده است ، لذا اختلافى ميان نظريه يكم و دوم و چهارم وجود ندارد. نيز با توجه به اينكه نظريه سوم ، دليل روشن تاريخى ندارد و دانشمندان ما اين نظريه را رد كرده اند، نتيجه مى گيريم كه صاحب قبر مزبور حضرت زينب كبرى عليه السلام دختر بزرگ امير مومنان عليه السلام و فاطمه زهرا عليه السلام است .
امام اينكه حضرت زينب عليه السلام چرا و چگونه به شام سفر كرده و چگونه در آنجا در گذشته است ؟ و نيز اينكه آيا وى در سال قحطى همراه همسرش ، عبدالله بن جعفر عليه السلام ، به آنجا سفر كرده و يا در فاجعه حره و حمله سپاه يزيد به مدينه به شام آمده است ؟ در منابع قديم چيزى در اين زمينه به چشم نمى خورد. البته در بعضى از كتابهاى متاخرين و معاصرين جريان سفر اين بانوى بزرگ نقل 