متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیمبا اطلاع از نتایج تحقیقات ستاد کل درباره‌ی حادثه‌ی هواپیمای مسافربری اوکراینی و اثبات دخالت خطای انسانی در آن، مصیبت درگذشت جان‌باختگان این حادثه‌ی اندوهبار برای اینجانب بسیار سنگین‌تر شد. لازم میدانم اولاً به خانواده‌های معظم این عزیزان بار دیگر همدردی عمیق و تسلیت صمیمانه‌ی خود را ابراز کنم و از خداوند متعال برای آنان بردباری و آرامش روحی و قلبی تمنا نمایم. ثانیاً به ستاد کل نیروهای مسلح مؤکداً درباره‌ی پیگیری کوتاهی‌ها یا تقصیرهای احتمالی در این حادثه‌ی دردناک سفارش کنم. ثالثاً مراقبت و پیگیری‌های لازم برای عدم امکان تکرار چنین سانحه‌ای را از مدیران و مقامات ذیربط مطالبه نمایم.
پروردگار عزیز و کریم به درگذشتگان لطف و رحمت و به داغداران صبر و اجر عنایت فرماید.
سیّدعلی خامنه‌ای
۲۱ دی 1398
لازم به ذکر است پس از سقوط هواپیمای مسافربری بلافاصله تحقیقات در مورد چگونگی این رویداد در دستور کار مسئولین مربوطه قرار گرفت. صبح جمعه در فاصله کمتر از 48 ساعت پس از این اتفاق، با محرز شدن خطای انسانی برای فرماندهان ارشد نظامی کشور، رهبر معظم انقلاب و رئیس جمهور در جریان موضوع قرار می گیرند.
رهبر معظم انقلاب به محض اطلاع از خطای فاجعه‌بار صورت گرفته در سامانه پدافند کشور، روز گذشته (ظهرجمعه) دستور تشکیل فوری جلسه شورای عالی امنیت ملی و بررسی موضوع را صادر کرده و تاکید می کنند به محض اتمام بررسی در جلسه شورای عالی امنیت، اصل حادثه و نتایج بررسی‌ها، صریح و صادقانه از سوی نهادهای ذیربط به اطلاع مردم رسانده شود.
در پی دستور رهبر انقلاب جلسه شورای عالی امنیت ملی شب گذشته (جمعه 20 دی ماه) با حضور اعضا تشکیل شده و بیانیه صبح امروز ستاد کل نیروهای مسلح و پیام رئیس جمهور خطاب به ملت ایران بخشی از نتایج این جلسه بوده است.