در یکی از گزارش های ساواک تهران آمده است که حدود سه هزار نفر از طلاب علوم دینی و اهالی شهر قم به تهران آمده اند تا در مجلس مسجد ارک شرکت کنند.

با وجود اینکه نزدیکترین افراد به سید مصطفی خمینی درگذشت وی را غیر طبیعی و غیر عادی اعلام کرده اند و متفق القول اعلام نموده اند که بر روی بدنش علائم مسمومیت وجود داشته

با وجود اینکه سید مصطفی خمینی فرزند یکی از مراجع طراز اول بود، در تمام مراحل زندگی ساده زیست و سطح زندگی او از حد زندگی یک طلبه ساده فراتر نرفت و این مسأله در وصیت نامه اش کاملا مشهود است.

سید مصطفی در طول ۱۲ سال اقامت در عراق، حلقه اتصال اجزای نهضت اسلامی در ایران و نقاط مختلف جهان، با کانون آن در نجف و همچنین مسئول ایجاد و برقراری رابطه با مبارزین در سطوح مختلف بود