نمایندگی ولی فقیه در سپاه پاسداران دو وظیفه دارد: یکی وظایف و ماموریت های عادی و دیگری وظایف و ماموریت های ویژه که به اقتضای شرایط و توسط فرمانده کل نیروهای مسلح تعیین می شود.

از نظر رهبر معظم انقلاب، سه ماموریت عمده بر عهده سپاه پاسداران است که باید به آن ها توجه کنند.