سخنرانی حماسی امام خمینی(رضی الله عنه) رژیم را بر این باور داشت که خمینی دیگر ساکت نخواهد نشست، این خروش دیگر خاموش نخواهد شد، این موج قطعة امواج گسترده ای را در پی خواهد داشت. از این رو در صدد بر آمدند تا این نور الهی را خاموش کنند و فریاد حق طلبانه نهضت را در گلو خفه سازد و مردم را از رهبری های مدبرانه رهبر خویش محروم سازند. بر این اساس دو شب پس از ایراد آن سخنرانی به منظور دستگیری حضرتش شبانه به منزل ایشان یورش بردند و معظم له را دستگیر کردند و پس از اعزام به تهران به زندان فرستادند. مرحوم حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) که آن شبها از پدر محافظت می کرد، پس از دستگیری امام  به همراه انبوه جمعیتی که از این حادثه مطلع شده بودند، به طرف صحن مطهر حرکت کردند و آنگاه که به چهارراه بیمارستان رسیدند با گروهی از مأموران پلیس روبرو شدند که با بلندگو از مردم می خواستند متفرق شوند، ولی چون با عکس العمل شدید حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) و مردم خشمگین مواجه شدند پا به فرار گذاشتند.
 
مردم قم به رهبری فرزند برومند امام (رضی الله عنه) از خیابان ارم وارد میدان آستانه و صحن مطهر شدند و از بلندگوی صحن که صدای آن تقریبا به تمامی اطراف حرم می رسید به دادن شعار پرداختند. رژیم شاه ابتدا با تانک و توپ و مسلسل خونریزی بی سابقه ای را به راه انداخت و چون دید نمی تواند مردم غیور و مسلمان شهر قم را سرکوب سازد هواپیماهای بمب افکن را روانه قم کرد تا در صورت لزوم شهر را بمباران کنند. این هواپیماها وارد آسمان قم شدند و با شکستن دیوار صوتی و مانورهای هوایی کوشیدند اهالی شهر را مرعوب سازند.
 
علما و روحانیونی که در صحن مطهر گرد آمده بودند با دیدن برخورد خصمانه و وحشیگریهای رژیم با مردم قم و قتل عام عده ای از مردم دریافتند که دیگر رژیم شاه برای حفظ تاج و تخت خود از کشتار هزاران انسان دیگر دریغ نخواهد کرد. خشم و ابراز احساسات توده های مردم به حدی بود که کسی جرأت نمی کرد از آنان بخواهد دست از تظاهرات بردارند. ولی حاج سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه) به خاطر موقعیت ویژه خویش این رسالت را به عهده گرفت و طی نطق کوتاهی مراتب سپاسگزاری و قدردانی خود از وفاداری، فداکاری و حق شناسی ملت نسبت به امام خمینی (رضی الله عنه) را اعلام کرد و گفت: هیأت حاکمه با ایستادن در برابر اراده ملت به وحشیانه ترین وجهی ملت را به مبارزه قهرآمیز می کشاند. آنگاه وی از هیأت حاکمه خواست تا پدر پیر خود را که در نیمه شب ربوده و به مکان نامعلومی برده اند، هرچه زودتر بازگردانند و عامه مردم را از نگرانی بیرون آورند و نیز از مردم خواست که دست از تظاهرات بردارند و به خانه های خود بروند و یک ساعت قبل از غروب آفتاب که حضرات علما بار دیگر به صحن مطهر می آیند آنان نیز اجتماع کنند تا تصمیم قاطعی اتخاذ شود.
 
باری پس از واقعه ۱۵ خرداد ٤۲ و بازداشت حضرت امام  فعالیت حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) از یک سو برای آزادی امام  و از دیگر سو برای در اهتزاز نگه داشتن پرچم مبارزه رهبری آن متمرکز شده بود. ایشان اعلامیه‌هایی را تهیه می کرد و برای روحانیون می فرستاد و دستورهای امام را که از داخل زندان به انحای مختلف برایش می رسید به مورد اجرا می گذاشت. امام توانسته بود به واسطه بعضی افسران متعهد و مسلمانی که در ارتش بودند از زندانیان با ایشان رابطه برقرار کنند و بنا بر نقل حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) اولین چیزی که از زندان از سوی امام خمینی(رضی الله عنه) به دستشان رسیده بود، وصیتنامه امام   بوده است. ساواک قم که پس از بازداشت امام خمینی، حاج آقا مصطفی را زیر نظر داشته و فعالیتهای ایشان را مورد به مورد گزارش کرده است.
 
با گذشت ایام در مرداد 1342 امام را از زندان به منزلی در قیطریه و تحت نظر ساواک منتقل کردند و حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) از آن تاریخ تا حدود پنج ماهی که پدر بزرگوارش در آنجا بسر می بردند، در خدمت ایشان بود و به طور مستقیم نقش رابط بین رهبر و ملت مسلمان ایران را ایفا می کرد. مرحوم حاج سید احمد آقا(رضی الله عنه) از اولین برخورد برادر شهیدش با امام   در آن مقطع چنین گفته است: هنگامی که امام را از زندان به خانه محصوری در تهران منتقل کردند من به اتفاق ایشان (حاج آقا مصطفی ) به تهران آمده و خدمت امام رسیدیم. شهید حاج آقا مصطفی در اولین برخورد سؤال کردند حالا تکلیف چیست؟ ما باید از همین امروز شروع کنیم تا مردم دلسرد نشوند و فکر نکنند قضیه تمام شده است.»
 
این امر نشانگر روح پر صلابت آن بزرگوار است که حاضر نبود حتى وقفه ای کوچک در مبارزات مردم پدید آید. تأکید حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) به از سر گیری مبارزات از این رو بود که او طی مدتی که امام در حبس بودند، محور فعالیت های ضد رژیم بود و به خوبی نقش رهبری را در این نهضت از نزدیک لمس کرد و نیاز مردم مسلمان و مبارز ایران را به رهبری روحانیت دریافته بود و همچنین مدتی که ایشان در قیطریه در خدمت امام بود از ارتباط با انقلابیون لحظه ای غافل نبود. به گزارشی که ساواک در این باره منعکس کرده توجه فرمایید: موضوع آقای مصطفی خمینی فرزند آقای آیت الله خمینی عطف به نامه۱۱۵۷9/س.ت  29/5/1342محترمانه به عرض می رساندبه طوری که در اطلاعیه های مربوطه مشروح به عرض رسانیده، اغلب اشخاص به وسیله تلفن با نامبرده بالا قرار ملاقات در نقاط مختلف که با علائمی به یکدیگر می فهمانند، گذارده و به این ترتیب تماس هایی به راحتی بین آنها صورت می گیرد.»
 
و دقیقا همین جایگاه و موقعیت خطیر حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) موجبات نگرانی ساواک را فراهم آورده بود تا آنجا که در صدد جلب و کشیدن خط و نشان برای ایشان بر آمد. روزی سپهبد نصیری، مرحوم حاج سید مصطفی (رضی الله عنه) را احضار کرد، ولی ایشان رفتن به نزد او را نپذیرفت. شخصی به نام عصار که از افسران ارتش و مراقب امام در آن منزل بود، نزد حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) آمد و اصرار کرد که من خودم شما را می برم نزد سپهبد نصیری و بر می گردانم. بعد از چند بار آمد و رفت او، ایشان با نظر و مشاوره امام تصمیم گرفت که پیش نصیری برود، ولی عصار می خواست ایشان را با ماشین شخصی اش ببرد اما ایشان نپذیرفت و گفت باید ماشین رسمی شهربانی باشد. بالاخره یک جیپ شهربانی آوردند و مرحوم آقا مصطفی (رضی الله عنه) سوار آن شد.
 
خود ایشان می گفتند که عصار در بین راه از من پرسید چه نکته ای وجود داشت که شما با ماشین شخصی من نیامدید و حاضر شدید با ماشین شهربانی بیایید؟ گفت می خواستم به خوبی ثابت شود که من از روی اجبار می آیم، اگر با ماشین شخصی شما می آمدم حاکی از این بود که ما با تفاهم و توافق می رویم! ... نصیری که در آن موقع رئیس شهربانی کل کشور بود به ایشان گفته بود که ما نمی خواهیم وضعی پیش آید که شما را دستگیر کنیم. گزارش های مرتبی می رسد که شما با عناصر ناراحت و اخلال گر در رابطه هستید، اگر این برنامه را ادامه دهید ناچاریم شما را دستگیر کنیم.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390