به روایتی از آیه الله سید محمد موسوی بجنوردی فرموده‌اند: حاج آقا مصطفی خمینی در سال 1344 بهمراه حضرت امام (رحمه الله علیه) به نجف آمدند. به نقل از آیه الله سید محمد موسوی بجنوردی گفت: وقتی که به فرودگاه رسیدند حتی پول گرفتن تاکسی و آمدن به کاظمین را هم نداشتند. سید سید مصطفی خمینی تعریف می کرد که: تاکسی سوار شدیم و آمدیم صحن کاظمین، من ساعتم را به راننده دادم و گفتم: میروم کرایه ات را برای شما می آورم. پول تاکسی هم آن زمان یک دینار بود. گفت: آمدم یکی از آقایان را دیدم و آنجا یک دینار از او گرفتم، به تاکسی دادم و ساعتم را پس گرفتم. از آنجا  به یک مسافرخانه نزدیک حرم حضرت موسی بن جعفر رفتم و با نجف تماس گرفتم. مرحوم آقا شیخ نصرالله خلخالی که نماینده امام در نجف بود به کاظمین آمد و جایی را برای امام پیدا کردند. امام به اتفاق حاج آقا مصطفی دو سه شب در کاظمین بودند که بنده و برادر بزرگترم به کاظمین برای دیدن ایشان آمدیم. امام به زیارت سامرا رفت. ما هم به آنجا رفتیم. وقتی به طرف کربلا آمد استقبال خیلی مفصلی از ایشان به عمل آمد در کربلا، در صحن حضرت سیدالشهدا نماز جماعت می خواند تمام صحن به ایشان اقتدا می کردند آنجا مرحوم آیت الله سید محمد شیرازی (ایشان آقای شهر کربلا بودند) هم به ایشان اقتدا می کرد، تا بنا شد به نجف تشریف بیاورند. و ما هم خدمت ایشان آمدیم. نجف استقبال خیلی فوق العاده ای از ایشان شد. تا هفت فرسخی نجف آمدند. آنجا چادری زدند و جمعیت زیادی به استقبال ایشان آمدند. تا اینکه امام بالاخره به نجف وارد شدند و یکسره به حرم رفتند. عرب‌ها استقبال عجیبی از ایشان کردند. به حدی که دست‌های امام از فشار جمعیت برای بوسیدن درد گرفت. گزارش‌هایی که به ساواک و دربار دادند که از طریق اسناد ما دیدیم، ساواک خیلی دستپاچه شده بود فکر می کرد امام را به نجف تبعید می کند که غریب است و در آنجا هضم می شود. وقتی استقبال، آنهم استقبال عربها و مردم عادی عراق را دیدند خیلی به وحشت افتادند که چکار کنند. شب جلسه‌ای برقرار شد تمام مراجع و بزرگان آمدند. دید و بازدیدها شروع شد. یادم می آید فردا شب، وقتی که به نجف تشریف آوردند، مرحوم پدرم ایشان را به شام دعوت کرد به همراه بزرگان و علما همگی به منزل ما تشریف آوردند.

روابط پدر من با حضرت امام از جوانی برقرار بود. بسیار با هم دوست بودند، امام 24 سال سن داشت و پدر من ده سال از ایشان بزرگتر بود. رفاقت بین ایشان بسیار گرم بود. وقتی که پدرم به قم آمد، به منزل امام وارد شد. ساواک ابتدا سعی می کرد مقام علمی امام را پایین بیاورد. در نجف همه پدر ما را قبول داشتند. ساواک خیلی عصبانی شد، وقتی خبردار شد که حاج آقا روح الله در نجف حداقل صد تا شاگرد مجتهد دارد. ما یک سفر بعد از آن آمدیم و ممنوع الخروج شدیم. با چه زحمت و تلاشی ممنوع الخروج را از ما برداشتند و برادر من هم آقای محمد کاظم موسوی بجنوردی رهبر حزب ملل اسلامی بود که قیام مسلحانه علیه شاه کردند، دستگیر شد در دو دادگاه بدوی و هم فرجام محکوم به اعدام شد؛ اما چون یکصدا همه مراجع اعم از آیت الله العظمی حکیم، آیت الله العظمی شاهرودی، در مشهد آیت الله العظمی میلانی در تهران، آیت الله خوانساری همه به شاه اعتراض کردند، آیت الله کفایی در مشهد بود شاه برای سیزده عید به مشهد رفت گفت که این که که اینقدر طرفدار دارد. ایشان هم گفت که ایشان نوه آقای سید ابوالحسن اصفهانی است که از مراجع بزرگ نجف است. او به شاه گفت شما اگر بخواهید رابطه تان با روحانیت به کلی قطع شود ایشان را اعدام کنید. شاه دیگر مجبور شد یک درجه عفو بدهد و برادرم تبدیل به حبس ابد شد. تا اینکه با پیروزی انقلاب آزاد شد. همراه افرادی مثل ابوالقاسم سرحدی زاده، ابو شریف، آقای حجتی کرمانی اینها دسته ای بودند که عضو حزب ملل اسلامی بودند و آزاد شدند.
 
حضرت امام که به نجف تشریف آوردند سه روز بعد درس را شروع کرد. از همان روز اول تا روزی که از نجف رفتند من در درس ایشان شرکت می کردم. یعنی حدود 14 سال در درس ایشان حاضر می شدم و معمولا هم وقتی بیرون تشریف می آوردند جزء مستشکلین بودم. از آن زمان یعنی شروع درس رابطه ما با حاج آقا مصطفی خیلی عمیق شد.
 

گویا که حاج آقا مصطفی به همراه شما در کلاس‌های درس پدرتان شرکت کرده اند؟

 - بله؛ ایشان یکی دو ماه بعد از ورودش به نجف از پدر من درخواست کرد که یک درس خصوصی با پدرم داشته باشد. شبها بعد از نماز مغرب و عشا درس خصوصی بود. چند نفر از فضلا بعلاوه ایشان و برادر بزرگ من در این درس شرکت می کردند که آن درس هفت سال طول کشید. هر درس هم حدود سه ساعت طول می کشید. درس فقه معاملات می گفت، اما بحث عجیبی بود. خیلی درس پر فایده ای بود. بحث های عمیق صورت می گرفت. حاج آقا مصطفی همیشه می گفت من از این درس بسیار بهره می برم. برای ما هم همینگونه بود. سالی پنج مرتبه با مرحوم حاج آقا مصطفی پیاده به کربلا می رفتیم. از نجف تا کربلا حدود ۸۰ کیلومتر بود. دو شب تو راه بودیم. به زیارت کربلا، زیارت کاظمین و سامرا می رفتیم. باهم عمره به حج رفتیم. زیارت حضرت زینب (علیه السلام) می رفتیم. خیلی ما باهم مأنوس بودیم. هم مشرب بودیم. در مسائل نجف من مشاور ایشان بودم. چون من بچه نجف بودم از تمام جزئیات آن شهر آگاه بودم و ایشان چون آگاهی زیادی از نجف نداشت ما برای ایشان می گفتیم. مشاور خوبی هم بودیم. سال فوت پدرمان رسید. و یک روز ناگهان اول صبح خبر دادند که حاج آقا مصطفی فوت کردند.
 ادامه دارد..

منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390