آيت‏اللَّه سيد جعفر شاهرودي در سال 1294ش (1333ق) در خاندان فضل و دانش به دنيا آمد. وي پس از فراگيري مقدمات، براي ادامه تحصيل راهي مشهد و قم شد و از محضر حضرات آيات ميرزا جواد ملكي تبريزي و شيخ عبدالكريم حائري يزدي و ديگر استادان بهره جست. ايشان همچنين در نجف در درس آيات عظام: ميرزاي نائيني، آقا ضياءالدين عراقي و سيدابوالحسن اصفهاني استفاده نمود و به مقام اجتهاد رسيد. وي در سال 1324 ش به ايران بازگشت و ابتدا در شهر ري و سپس در تهران رحل اقامت افكند و به اقامه جماعت و خدمات ديني و نشر معارف اسلامي پرداخت. اين عالم سترگ سرانجام در چهاردهم خرداد 1352ش برابر با دوم جمادي‏الاول 1393 ق در 58 سالگي دعوت حق را اجابت كرد و جنازه‏اش را با تجليل به قم حمل كرده و در قبرستان شيخان مدفون گرديد. آيت‏اللَّه سيدجعفر شاهرودي از جمله عالماني بود كه به زيور علم و حلم آراسته و داراي معنويت و صفاي قلب و تزكيه نفس و بر كنار از هواهاي نفساني بود.