پس از انتقال بدن پاك حضرت امام خميني(ره) به مصلاي تهران، انبوه جمعيت به سمت مصلي حركت كردند و با رهبر عاليقدر خود وداع نمودند. سرانجام در يك همايش تاريخي و بي نظير از صبح شانزدهم خرداد 68، با حضور چند ميليوني امت عزادار، مراسم نماز بر پيكر حضرت امام، به امامت آيت‏اللَّه العظمي گلپايگاني برگزار شد. پس از آن، ملت مسلمان و عزادار ايران با غم و اندوه وصف ناشدني به دنبال پيكر مراد خويش تا بهشت زهرا حركت كردند و آن را مشايعت نمودند. حضور گسترده مردم سوگوار به حدي بود كه مراسم تدفين امام، چندين مرتبه به تعويق افتاد و سرانجام در ساعت 16/30 دقيقه روز شانزدهم خرداد 1368 در ميان ناله و اندوه عزاداران خميني، پيكر روح خدا در كنار شهيدان آرميد. امروزه، مرقد مطهر آن قائد كبير، در كنار تربت پاك شهدا، زيارت‏گاه عاشقان حضرت روح اللَّه و ميعادگاهي براي تجمع دوستداران ولايت و انقلاب اسلامي است.