پس از آن كه مقاومت مردمي عليه تهاجم قواي متجاوز بعث در جبهه‏هاي جنگ به علت عدم پشتيباني لازم از جانب بني صدر به عنوان فرماندهي كل قوا، به فرسايش گراييد و اختلافات داخلي بين رييس جمهور با مجلس شوراي اسلامي و قوه قضائيه و ديگر نهادهاي انقلابي به اوج رسيد، همچنين نصايح امام خميني(ره) نيز براي تفاهم و رفع اختلافات به جايي نرسيد، در جلسه 24 خرداد 1360، نامه يكصد و بيست تن از نمايندگان مجلس شوراي اسلامي قرائت شد كه در آن تقاضاي رسيدگي به صلاحيت سياسي بني صدر را داشته و خواستار طرح آن با قيدِ دو فوريت شدند. در اين ميان، هواداران بني صدر در مجلس، سعي مي‏كردند با مخالفت با اين طرح و نيز كارشكني در رسميت يافتن جلسات مجلس و خروج از صحن علني، بني صدر را همچنان در رأس قدرت نگاه دارند. اما نمايندگان انقلابي مجلس، با تصويب اين طرح در 31 خرداد 1360، عملاً اين عنصر خائن را به مرحله خلع قدرت رساندند. پس از تصويب عدم كفايت سياسي بني صدر در مجلس شوراي اسلامي، حضرت امام نيز بر همين مبنا، وي را از رياست جمهوري اسلامي ايران عزل نمودند. با عزل بني صدر، هر چند يكي از ريشه‏هاي اصلي كارشكني‏ها و اختلافات موجود از بن كنده شد، ولي از اين به بعد، دوران چند ماهه فعاليت‏هاي خرابكارانه ضد نظام و درگيري‏هاي مسلحانه و خونين روي داد كه به شهادت عالي‏ترين مسؤولان نظام تا مردم كوچه و بازار منجر شد. اما ملت مسلمان ايران تحت رهبري‏هاي پيامبر گونه حضرت امام و با عنايات حق تعالي و امام عصر(عج) از اين دوران پر اغتشاش گذشت و اهداف اسلامي و انقلابي خود را در پيش گرفت.