پس از ماه‏ها درگيري بني صدر و هوادارانش با نيروهاي ارزشي و انقلابي، طرح عدم كفايت سياسي رييس جمهور در مجلس شوراي اسلامي مطرح شد. مهمترين دليل بر عدم كفايت سياسي بني صدر، موضع‏گيري وي عليه نظام جمهوري اسلامي و اتحاد نامقدس با كليه نيروهاي ضد انقلاب وابسته به شرق و غرب جهت نابودي نظام اسلامي و همچنين مخالفت مستمر وي با مجلس شوراي اسلامي از بدو تأسيس و حتي پيش از افتتاح آن، دخالت صريح در قوه قضاييه و عدم درك صحيح از بديهي‏ترين اصول قانون اساسي و نيز عدم اعتقاد به اصل تفكيك قوا عنوان گرديد. در نتيجه، اين طرح با 177 رأي موافق، 1 رأي مخالف و 12 رأي ممتنع به تصويب رسيد و يك روز پس از تصويب طرح عدم كفايت سياسي بني صدر، حضرت امام خميني(ره)، وي را از رياست جمهوري اسلامي ايران نيز عزل كردند. اين در حالي بود كه حضرت امام، پيش از اين وي را در بيستم خرداد 1360، از فرماندهي كل قوا نيز عزل كرده بودند. پس از بركناري بني صدر از رياست جمهوري، فعاليت‏هاي خرابكارانه و براندازانه بر ضد حكومت و دولت آغاز شد كه عمدتاً از طرف منافقين موسوم به سازمان مجاهدين خلق سازماندهي مي‏گرديد. از جمله در هفتم تيرماه 1360، دفتر حزب جمهوري اسلامي منفجر شد و طي آن، آيت‏اللَّه بهشتي و شماري از وزرا و نمايندگان مجلس شوراي اسلامي به شهادت رسيدند. همچنين در هشتم شهريور 1360، دفتر نخست وزيري منفجر شد و در آن، محمدعلي رجايي، رييس جمهور و دكتر محمد جواد باهنر، نخست وزير و تعدادي از شخصيت‏ها شربت شهادت نوشيدند. اين وقايع مي‏توانست به سادگي منجر به سقوط يك نظام سياسي شود، اما بازتاب آن در مردم، نتيجه معكوس داشت چرا كه با سخنراني‏ها و پيام‏هاي امام خميني(ره) كه به نحو هوشمندانه‏اي به مردم اميد مي‏دادند، آنان را انسجام مي‏بخشيدند و گروه‏هاي سياسي ضدِ نظام را بي اعتبار مي‏ساختند، اثري وصف ناشدني در ملت مسلمان براي مقاومت بيشتر ايجاد مي‏كرد. از اين جهت بود كه نظام اسلامي از اين دوران پرخطر و پرآشوب با توكل بر خدا، رهبري‏هاي حضرت امام و مقاومت و پايدار مردم گذشت و به مسير خود ادامه داد.