پس از عزل بني‏صدر از مسند رياست جمهوري كه قبل از آن، حضرت امام، وي را از فرماندهي كل قوا بركنار كرده بودند، كشور در حالي مهياي دومين انتخابات رياست جمهوري گرديد كه اثر تلخي اين حادثه كه در نخستين سال‏هاي پيروزي براي نظام نوپاي اسلام روي داد در كام دوستان و ياران انقلاب و ملت شريف و انقلابي ايران باقي مانده بود. در اين ميان دومين انتخابات رياست جمهوري، زمينه‏اي فراهم آورد تا لياقت، كارداني و تعهد شهيد رجايي پس از آن دوران تلخِ حاكميت نفاق و ليبراليزم بر كشور، بيش از پيش آشكار گردد. با اصرار و تاكيد جناح‏هاي خط امام و معتقدان به ولايت، شهيد رجايي در اين انتخابات شركت نمود و با راي قاطع و خيره‏كننده مردم شريف ايران كه نشانه محبوبيت وي به رغم دوران محدودِ نخست وزيريش بود، دومين رييس جمهوري اسلامي ايران گرديد. شيريني خاطره مراسم تحليف و تنفيذ حكم او در حضور حضرت امام در يازدهم مرداد سال 1360 كه به هنگام دريافت حكم رياست جمهوري، در برابر مرشد و مراد خود، زانو به زمين زد، هيچ گاه از ذهن ملت شريف ايران محو نخواهد شد. شهيد رجايي در دوران كوتاه 29 روزه رياست جمهوري خود كه شهيد باهنر را به عنوان نخست‏وزير به مجلس معرفي و پس از تصويب مجلس در كنار خود داشت، با تشكيل كابينه‏اي انقلابي و جوان، در صدد برآمد مشكلات ناشي از شرايط جنگي، بحران‏هاي اقتصادي، اشتغال، تورم و... كه بيشتر آنها به دليل مصروف شدن وقت مسؤولان در اختلاف با بني‏صدر لاينحل مانده بود را مرتفع نمايند ولي شهادت او در هشتم شهريور همان سال، ملت ايران را از وجود اين شخصيت گرانقدر محروم ساخت و شهيد رجايي را به آرزوي ديرين خود رساند.