به دنبال بركناري بني صدر از مقام رياست جمهوري و انتخاب شهيد رجايي به عنوان رييس جمهور، بنا به پيشنهاد شهيد رجايي، شهيد دكتر محمد جواد باهنر به عنوان نخست وزير به مجلس شوراي اسلامي معرفي گرديد. فرداي آن روز اين پيشنهاد در مجلس مطرح شد و روز 14 مرداد 1360، رأي‏گيري براي اين منظور صورت گرفت. به اين ترتيب شهيد حجت الاسلام باهنر با كسب 130 راي از مجموع 168 راي ماخوذه، از مجلس شوراي اسلامي راي اعتماد گرفت و پس از چند روز با معرفي اعضاي كابينه و تاييد مجلس‏كار خود را آغاز كرد. همراهي و هماهنگي و همفكري رييس جمهور وهيئت دولت و اكثريت مجلس شوراي اسلامي، اميد به برقراري آرامش و حل و فصل مشكلات و توفيق در مقابله با برنامه‏هاي استكبار جهاني را در دلها زنده كرد و پس از دوره‏اي يك و نيم ساله درگيري بين رييس جمهور سابق با عناصر انقلابي، چشم‏ها به دولت جديد و متحد شهيد باهنر دوخته شد. اما كينه‏ورزي دشمنان اسلام و انقلاب اسلامي مانع از ادامه فعاليت اين دو يار انقلاب گرديد و در حالي كه كمتر از دو هفته از آغاز به كار دولت شهيد با هنر نمي‏گذشت بر اثر انفجار بمب در دفتر رياست جمهوري، برادر محمد علي رجايي، رييس جمهوري و حجت الاسلام دكتر محمد جواد باهنر، نخست وزير به همراه تعدادي از مسؤولان ديگر دولت به فيض شهادت نائل آمدند.