پس از شهادت شهيد رجايي و شهيد باهنر در 8 شهريور 1360، به پيشنهاد تعدادي از اعضاي مركزي حزب جمهوري اسلامي و اجازه حضرت امام، آيت ‏اللَّه خامنه‏اي از طرف روحانيت و ساير نهادهاي انقلابي نامزد رياست جمهوري گرديد و با راي عظيم و بي‏نظير مردم، به عنوان سومين رييس جمهوري اسلامي ايران انتخاب شدند. همچنين ايشان در 25 مرداد 1364 و براي دومين بار به دليل لياقت و كارداني، به دستور حضرت امام، كانديداي رياست جمهوري شد و با راي قاطع مردم به اين پست برگزيده شدند. مقام معظم رهبري در طول رياست جمهوري خويش به كشورهايي چون سوريه، ليبي، پاكستان، هند، چين، الجزاير، زيمبابوه، روماني، كره شمالي و آمريكا (براي ايراد نطق تاريخي خويش در اجلاس مجمع عمومي سازمان ملل متحد) سفر كرده و پيام‏رسان انقلاب اسلامي بودند. در نهايت حضرت آيت‏اللَّه خامنه‏اي در سال آخر رياست جمهوري، پس از ارتحال حضرت امام خميني، از طرف مجلس خبرگان رهبري، به رهبري نظام اسلامي انتخاب شدند و تا امروز با عزت و قوت، هدايت جامعه اسلامي را برعهده دارند.