پس از انفجار دفتر نخست وزيري و شهادت رجايي و باهنر، شوراي رياست جمهوري وظيفه اداره كشور را به عهده گرفت. در اين ميان، حضرت امام خميني(ره) تأكيد كردند كه جاي نيروهاي از دست رفته سريعاً پر شود و پست‏ها فاقد مسؤول نماند. لذا در همان ساعات اوليه پس از انفجار، مذاكره و مشاوره براي تعيين نخست وزير آغاز شد. سرانجام پس از صحبت‏هاي طولاني، شوراي موقت رياست جمهوري، آيت‏اللَّه محمدرضا مهدوي كني، وزير كشور دولت شهيد رجايي را به عنوان نخست وزير به مجلس شوراي اسلامي پيشنهاد داد و ايشان با كسب 148 رأي از 179 رأي به نخست وزيري رسيد. دوران نخست وزيري آيت‏اللَّه مهدوي كني تا انتخابات رياست جمهوري و انتخاب آيت‏اللَّه خامنه‏اي در مهرماه آن سال به طول انجاميد.