سومين دوره انتخابات رياست جمهوري نيز در شرايطي برگزار شد كه كشور در اوج بحران سياسي قرار داشت‌. تداوم جنگ تحميلي و نياز نيروهاي جبهه به حمايت هاي لجستيكي، انساني و همچنين تشديد ترورهاي كور منافقين عليه مردم عادي كوچه و بازار دو بحران عمده كشور بود. نامزدهاي اين دوره از انتخابات عبارت بودند از: ‌آيت‌الله سيد علي خامنه‌اي‌، سيد علي اكبر پرورش‌، حسن غفوري فرد و سيد رضا زواره‌اي. آيت‌الله خامنه ‌اي در اين انتخابات كه دهم مهر 1360 برگزار شد، در شرايطي به پيروزي رسيد كه 3 ماه پيش از آن خود در مسجد ابوذر تهران مورد سوء قصد عوامل سازمان مجاهدين خلق قرار گرفته و از ناحيه دست و سينه به شدت مجروح شده بود. وي در اين انتخابات توانست از مجموع 8/16 ميليون رأي ماخوذه، بيش از 16 ميليون راي را از آن خود سازد و بالاترين درصد آرأ مردم را در جريان نه مرحله انتخابات رياست جمهوري به خود اختصاص دهد. آيت الله خامنه‌اي كه در سالهاي پس از پيروزي انقلاب مسؤوليتهايي چون عضويت در شوراي انقلاب‌، نمايندگي امام در شورايعالي دفاع‌، امامت جمعه تهران و نمايندگي مردم تهران در مجلس شوراي اسلامي را بر عهده داشت‌، دو دوره چهار ساله در سمت رياست جمهوري خدمت كرد.