روز 13 آبان 58 (مطابق با چهارم نوامبر 79) لانه جاسوسی امریکا اشغال شد و در پی حمایت های رهبر انقلاب از دانشجویان دولت مهندس بازرگان دو روز بعد استعفا داد. امام خمینی استعفای دولت موقت را در حالی پذیرفت که انتظار نمی رفت و اعضای هیئت دولت انتظار داشتند که امام خمینی مانند دفعات قبل با استعفای آنها مخالفت کند و آنان بدین وسیله دانشجویان را برای آزادی گروگانها تحت فشار قرار دهند و امام خمینی ضمن قبول استعفای دولت، بجای معرفی دولت جدید، حکومت را تا تشکیل اولین مجلس شورا، به شورای انقلاب واگذار کرد و شورای انقلاب برخلاف دولت موقت یکدست نبود و مرکب بود از عناصر میانه رو، تندرو، روحانی و غیر روحانی. با کناره گیری دولت موقت و واگذاری امور به شورای انقلاب همه خوش بینی های دولت امریکا برای خاتمه گروگانگیری به یاس مبدل شد و امید به حل سریع مسئله را بر باد داد و بر اضطراب آنها افزود. آنها اینک در برابر سرسختی رهبری انقلاب قرار گرفته بودند. متن پیام امام خمینی را بدین شرح است: "از قرار اطلاع، نمایندگان ویژه کارتر در راه ایران هستند و تصمیم دارند به قم آمده و با اینجانب ملاقات نمایند لهذا لازم می دانم متذکر شوم دولت امریکا که با نگهداری شاه اعلام مخالفت آشکار با ایران را نموده است و از طرفی دیگر آنطور که گفته شده است سفارت امریکا در ایران محل جاسوسی دشمنان ما علیه نهضت مقدس اسلامی است لذا ملاقات با من به هیچ وجه برای نمایندگان ویژه ممکن نیست و علاوه بر این: 1- اعضای شورای انقلاب به هیچ وجه نباید با آنان ملاقات نمایند. 2- هیچیک از مقامات مسئول حق ملاقات با آنانرا ندارند. 3- اگر چنانچه امریکا شاه مخلوع این دشمن شماره یک ملت عزیز ما را به ایران تحویل دهد و دست از جاسوسی بر ضد نهضت ما بردارد راه مذاکره در موضع بعضی از روابطی که به نفع ملت است باز می باشد.