در عهد مغول، شعبه‏اي از اين خاندان در ايران داراي يك سلسله‏ي پادشاهي شد كه آن را سلسله‏ي ايلخانان يعني خان‏هاي محلّي مي‏گويند. مؤسس اين سلسله، هلاكوخان مغول، برادر منگوقاآن است. هلاكو در آغاز ورود به ايران، قصد براندازي فرقه‏ي اسماعيليه را كرد و پس از تصرف قلعه‏هاي اين گروه، ركن‏الدين خُوَرشاه، آخرين شاه اسماعيلي را در 655 ق كُشت. سپس با هدف تسخير بغداد پايتخت خلافت عباسي، راهي اين شهر شد و پس از قتل عام بسيار و كشتار هزاران نفر از مردم و غارت پايتخت عباسيان، خليفه‏ي عباسي را به قتل رساند. با قتل المستعصم باللَّه، در ماه صفر 656 ق، دولت پانصد ساله‏ي بني‏عباس نيز منقرض گشت. از آن پس، شام را تصرف نمود و ولايات آن را غارت كرد. در نهايت، در حالي كه هلاكو قصد داشت بر مصر بتازد و شكست سردار خود را در اين كشور جبران كند، در آذربايجان به ديار نيستي رفت و در 48 سالگي پس از عمري جنايت و كشتارهاي وحشتناك، مُرد.