سيدمرتضي كشميري نزد دايى و والد بزرگوارش به كسب علوم ديني پرداخت و در سنين نوجواني به درجات علمي نايل گرديد. در سال 1284 قمري همراه دايي خويش به عتبات عاليات عزيمت نمود. وي در آنجا از حوزه‏ي درس علامه سيدمحمد عباس تستري، آخوند ملامحمد اردكاني، ميرزا حبيب‏اللَّه رشتي و ميرزا محمد حسن شيرازي بهره برد و به مقام عالي علمي رسيد. سيد داراي شخصيت عرفاني و داراي كرامات عجيبي بوده است.