آيت‏اللَّه سيد مصطفي صفايى خوانساري در سال 1321 ق (1281 ش) در خوانسار به دنيا آمد. پس از فراگيري دروس مقدماتي حوزه، در محضر اساتيد بزرگي همچون: شيخ عبدالكريم حائري يزدي، سيد ابوالحسن رفيعي قزويني و ميرزا محمدعلي شاه آبادي حاضر شد و در نجف در حلقه‏ي درس حضرات آيات سيدابوالحسن اصفهاني و ميرزاي ناييني شركت جُست. آيت‏اللَّه صفايي خوانساري اجازات متعدد اجتهاد و روايي را از حضرات آيات حائري، بروجردي و اصفهاني دريافت كرد. سرانجام اين عالم رباني در 92 سالگي در تاريخ 23 مهر 1371 ش چشم از جهان فروبست و پيكر پاك ايشان در مسجد بالاسر حرم حضرت معصومه(س) به خاك سپرده شد.