پس از تبعيد حضرت امام خميني(ره) در سيزدهم آبان 1343 ش به تركيه، رژيم پهلوي در عصر همان روز، فرزند ارشد ايشان، حاج سيد مصطفي را نيز دستگير و روانه زندان قزل قلعه در تهران نمود. انعكاس اين دو خبر، شهرهاي قم، مشهد و تهران را به حالت تعطيل درآورد و در بسياري از شهرها تظاهرات به راه افتاد. در نهايت فشار افكار عمومي و بحران سياسي و طوفان نشأت گرفته از تبعيد امام، چنان رژيم را درمانده كرد كه سعي نمود به طوري، آن را آرام سازد. از اين رو حاج سيد مصطفي خميني را پس از 57 روز حبس، در هشتم دي ماه 1343 از حبس، آزاد كردند و از او خواستند كه بدون سروصدا به قم برگردد. اما ورود ايشان به قم، مورد استقبال پرشور مردم قرار گرفته و ملت انقلابي، ايشان را تا خانه همراهي كردند. ولي چون رژيم از اين عمل سودي به دست نياورد، پس از پنج روز به گونه‏اي وحشيانه سيدمصطفي را از خانه مسكوني دستگير و در 14 دي ماه به تركيه تبعيد كرد.