مهم‏ترين واقعه پس از ورود امام خميني(ره) به ايران، انتخاب مهندس مهدي بازرگان به عنوان رييس دولت موقت بود. در پي جلسه اعضاي شوراي انقلاب، به پيشنهاد اعضا و موافقت حضرت امام، مهندس مهدي بازرگان، رهبر ملي‏گرايان و نهضت آزادي، به رياست دولت موقت انقلاب اسلامي انتخاب شد و مأمور تشكيل كابينه گرديد. امام در حكم انتصاب مهندس بازرگان، تصريح نمودند كه اعضاي دولت موقت بدون در نظر گرفتن وابستگي حزبي و بر اساس صلاحيت و كفايت و توانايي براي اداره امور انقلاب انتخاب شوند. ولي بازرگان برخلاف تأكيد امام، همه وزراي كابينه را از ميان ليبرال‏ها و ملي گرايان برگزيد و جملگي از اعضاي نهضت آزادي ايران و جبهه ملي بودند. سياست هيئت دولت موقت در طول نه ماه كار خود، در چندين مسأله از قبيل: تأكيد بر كلمه جمهوري اسلامي، مجلس خبرگان قانون اساسي، پاك‏سازي عناصر فاسد و طاغوتي و جايگزيني افراد صالح و نيز برخورد با ضد انقلاب، سلطنت‏طلب و تجزيه‏طلب‏ها و برخي موارد سياست خارجي، با رهنمودهاي حضرت امام خميني منافات داشت. تا اين كه دولت موقت در پانزدهم آبان 1358، پس از تسخير لانه جاسوسي آمريكا در تهران، به صورت دسته‏جمعي استعفا دادند و زمينه براي انتخابات رياست جمهوري مهيا گرديد. حضرت امام مدت‏ها پس از استعفاي بازرگان چندين بار در سخنراني‏هاي خود گفتند: انتخاب بازرگان اشتباه بود و من قلباً راضي به اين امر نبودم.