پس از تشكيل مجلس شوراي اسلامي و شوراي نگهبان، مواردي به وجود آمد كه اين دو نهاد با هم اختلاف نظر پيدا مي‏كردند و در هر بار نظر حضرت امام را اعمال مي‏نمودند. سرانجام در اواسط بهمن 1366 از سوي رييس جمهور، رييس مجلس، رييس ديوان عالي كشور، نخست وزير و حاج احمد خميني نامه‏اي خطاب به امام نگاشته و از ايشان درخواست شد كه براي حل عملي مسائل، مرجعي را تعيين كرده كه باعث حل اختلاف مجلس با شوراي نگهبان گردد. حضرت امام نيز در 17 بهمن آن سال، فرمان تشكيل مجمع تشخيص مصلحت نظام مركب از اعضاي شوراي نگهبان، رؤساي سه قوه و... را صادر كردند. مشروعيت و قانوني بودن تصميمات مجمع تشخيص مصلحت نظام، تا قبل از بازنگري قانون اساسي در سال 1368، با توجه به اختيارات ولايت مطلقه فقيه كه قانون اساسي آن را به رسميت شناخته، قابل توجيه بود. ولي پس از بازنگري قانون اساسي، اين مجمع براي تشخيص در مواردي كه مصوبات مجلس توسط شوراي نگهبان بر خلاف موازين شرع و يا قانون اساسي تشخيص داده شود و از آن سو مجلس با درنظر گرفتن مصلحت نظام، نظر شوراي نگهبان را تأمين نكند؛ و همچنين مشاوره در اموري كه رهبري به آنان ارجاع مي‏دهد و ساير وظايفي كه در قانون ذكر شده است، به دستور مقام معظم رهبري تشكيل مي‏شود. اعضاي ثابت و متغير اين مجمع را مقام معظم رهبري تعيين مي‏نمايند.