آيت‏اللَّه سيد مصطفي خميني پدر بزرگوار امام خميني(ره) در حدود سال 1238 ش (1277 ق) در خمين به دنيا آمد. ايشان پس از پشت سر گذاشتن دروس مقدماتي، براي تحصيل مدارج عالي راهي نجف اشرف گرديد و پس از اخذ اجتهاد، در خمين اقامت گزيد. اين عالم رباني در دوران اقامت در خمين در قطعه زميني متعلق به خود كشاورزي مي‏نمود و در عين حال به هدايت و ارشاد مردم اشتغال داشت و ملجأ و پناهگاه آنان بود. از اين رو در مقابل زورگويي خوانينِ دست نشانده حكومت وقت، به مقاومت بر مي‏خاست. سرانجام، طاغوتيان نداي حق‏طلبي او را با گلوله پاسخ دادند و در مسير خمين به اراك وي را در 42 سالگي به شهادت رساندند. به هنگام شهادت ايشان، بيش از پنج ماه از تولد حضرت امام نگذشته بود و از آن پس تحت تكفل مادر و عمه خويش قرار گرفتند.