ميرزا محمد مهدي خوانساري در حدود سال 1214ش (1251ق) در خاندان علم و فضيلت و دانش، در اصفهان به دنيا آمد. پدر وي، ميرزا محمدباقر خوانساري، صاحب كتاب گرانسنگ "روضات الجنّات" و از فضلا و علماي شيعه زمان و فقيهي اصولي، محدثي توانا، عالمي فاضل، مجتهدي كامل و مفسري زاهد بود. ميرزا محمد مهدي، تحصيلات خود را نزد پدر دانشمند و عمويش، سيد محمد هاشم چهار سوقي و ديگر بزرگان حوزه علميه اصفهان پشت سر نهاد و از استادان خود به دريافت اجازه اجتهاد نائل آمد. وي از آن پس به تدريس و تاليف روي آورد و آثاري نگاشت كه فرائضُ اليوميه، حاشيه بر قوانين و تعليقه بر لمعه از آن جمله‏اند. ميرزا مهدي خوانساري سرانجام در نوزدهم اسفند 1284ش برابر با سيزدهم ذي‏حجه 1324ق در هفتاد سالگي درگذشت و در جوار پدر، در اصفهان مدفون شد.