آيت اللَّه ميرزا محمدحسين ناييني در سال 1277 ق در شهر نايين به دنيا آمد. تحصيلات ابتدايى حوزوي خود را در زادگاه خويش گذراند و در هفده سالگي به شهر اصفهان هجرت كرد و سپس در سال 1303 ق به عراق رفت. ميرزاي ناييني در آغاز ورود به عتبات، پس از زيارت بارگاه ملكوتي امام علي(ع) راهي سامرا شد و در محضر درس مرجع كبير و فقيه جليل، ميرزا محمدحسن شيرازي حاضر گرديد. او همچنين در درس آيات عظام سيدمحمد طباطبايى فشاركي و سيداسماعيل صدر حضور يافت و در نجف به حلقه‏ي درس ملاحسينقلي همداني پيوست. پس از مدتي، ميرزاي ناييني در كنار تدريس، در جلسه‏ي علمي آخوند خراساني حاضر شد و از محرمان اسرار وي گرديد. ميرزا با مقام والاي علمي، سياسي و معنوي خود، شاگردان فاضل و آگاهي را به عالم اسلام عرضه كرد كه از آن جمله حضرات آيات: سيدمحسن طباطبايى حكيم، سيدجمال‏الدين گلپايگاني، سيدمحمد حجت كوه كمره‏اي، سيدمحمدهادي ميلاني، شيخ محمدتقي آملي، سيدابوالقاسم خويى، علامه‏ي طباطبايى، ميرزا هاشم آملي و ده‏ها تن ديگر، از پرورش يافتگان درس مكتب اين عالم برجسته مي‏باشند. ايشان همچنين با حضور خود، نهضت مردمي مشروطه در ايران را تاييدكرد. آيت اللَّه ناييني كتاب "تَنبيهُ الاُمّه" را در بحران انقلاب مشروطه در سال 1327 ق به زبان فارسي نوشت و از سوي آيت اللَّه مازندراني و آيت اللَّه آخوند خراساني مورد تاييد قرار گرفت. اين كتاب درباره‏ي انواع استبداد و حكومت‏هاي خودكامه‏ي شاهان مستبد و همچنين وظايف علما و فقها در قبال دين و اوضاع ايران در دوران قاجاريه نگاشته شده است. سرانجام ميرزا محمدحسين ناييني پس از عمري تلاش و خدمت، در 26 جمادي الاولي سال 1355 ق در 78 سالگي به جوار رحمت ايزدي پيوست و پس از تشييعي باشكوه و اقامه‏ي نماز توسط آيت‏اللَّه سيدابوالحسن اصفهاني، در كنار حرم مطهر حضرت علي(ع) به خاك سپرده شد.