آیت الله صافی در روز 27 شعبان المعظم 1287 (1) یا 1288 ه' ق (2)، در بیت علم و تقوا و فضیلت در گلپایگان دیده به جهان گشود. پدر وی مرحوم آخوند ملا عباس از بزرگان و شخصیتهای مورد احترام مردم - که علاوه بر دانش پژوهی، به تجارت می‏پرداخت - مادرش زهرا خانم فرزند ملا محمد باقر ادیب گلپایگانی و دایی اش ملا محمد رضا قطب - عالم به علوم غریبه - بودند.وی به اقتضای شوق فطری و اقتفای سیره خانوادگی، از همان آغاز نوجوانی به تحصیل علوم دینی روی آورد. آن فقیه بزرگوار مقدمات و سطوح را نزد پدرش و دیگر دانشوران گلپایگان - که در آن زمان مجمع علما و دانشمندان بود - فرا گرفت و سپس در سال 1305 ه 'ق (3) به اصفهان کوچید، و تا سال 1316 ه' ق نزد استادان بزرگ وقت علوم متداول را فرا گرفت. وی آنی از کوششهای علمی باز نایستاد تا پس از نگارش رساله‏هایی در مسائل فقهی، در سال 1310 - 1311 ه' ق به اخذ اجازات متعدد اجتهادی نایل آمد و مورد توجه وافر استادان خود قرار گرفت. استادان وی در حوزه علمیها اصفهان - که در آن زمان از پر رونق‏ترین و با اهمیت‏ترین حوزه‏های علمی شیعه به شمار می‏رفت - در محضر استادان ذیل همراه با بزرگانی همانند : آیت الله العظمی بروجردی، آیت الله العظمی سیدابوالحسن اصفهانی، علامه حاج آقا رحیم ارباب و آیت الله آقا سید حسن چهارسوقی شرکت کرد. در سال 1327 ه' ق آن مرد بزرگ به زادگاه خویش بازگشت، و تا پایان زندگی در آنجا ماندگار شد. وی از همه مناصبی که در حوزه‏های علمیه در انتظارش بود صرف نظر کرد، اوقاتش را صرح ترویج دین، تدریس، تألیف، دادرسی مظلومان، مبارزه با ستمگران، تهذیب اخلاق و آگاه کردن جامعه کرد. از جمله اقدامات به یاد ماندنی آن عالم بزرگوار، مبارزه بی امان با انحرافات و بدعتهای دینی مانند : مبارزه با بهائیت و وتصوف، مخالفت با خانها و فئودالها، رویارویی با کشف حجاب و مفاسد دوران پهلوی و احیای شعائر دینی و بزرگذاشتهای مذهبی است که با تلاش و کوشش وی جشنهای نیمه شعبان، و موالد ائمه اطهار (ع) و عزاداری عاشورا و ایام فاطمیه در گلپایگان رواج و رونق یافت. اینک به نمونه‏ای از هر کدام اشارتی می‏رود . سرانجام آن بزرگمرد پس از 91 سال زندگی پربرکت و سرشار از خدمات دینی و اجتماعی، در شب 25 رجب 1378 ه' ق شب شهادت حضرت موسی بن جعفر وع) بدرود حیات گفت. پیکر پاکش ابتدا با شکوه فراوان و با شرکت تمام طبقات مردم گلپایگان و شهرهای اطراف، در زادگاهش تشییع و سپس به قم انتقال داده شد و آن در شهر مقدس نیز با حضو رمراجع تقلید و علمای بزرگ حوزه و رحانیت معظم تشییع و پس از نماز حضرت آیت الله العظمی بروجردی (قدس سره) بر پیکرش به امر ایشان در مسجد بالاسر حضرت معصومه (س) درنزدیکی ضریح مطهر به خاک سپرده شد. جالب آنکه آیت الله بهجت می‏فرمودند : «روزی آقای آخوند ملا محمد جواد صافی در مسجد بالاسر به من برخورد کرد و دست مرا گرفت و به سوی نقطه‏ای برد و فرمود : در آینده مرا در این قطعه زمین فراموش نکنید و این بعدها همان محل قبر او شد.» از سوی آن مرجع بزرگ نیز مراسمی در مسجد بالاسر تشکیل گردید و سپس از سوی مراجع تقلید و مردم متدین در قم، تهران، نجف، اصفهان و گلپایگان تا چهلمین روز وفاتش مراسم بزرگداشت او بر پا بود.