وضع بحراني و در حال انفجار كشور كه از ادامه تبعيد رهبر نهضت اسلامي ايران ناشي مي‏شد از يك سو، و عدم تمايل دولت تركيه به ادامه زندانباني خود از سوي ديگر، رژيم پهلوي را بر آن داشت كه تبعيدگاه امام را تغيير دهد. از اين رو، طي مذاكره سرّي با دولت عراق در قبال اين تعهد كه دولت ايران دخالتي در سرنوشت، آزادي و مدت اقامت امام در عراق نداشته باشد، عراقي‏ها با انتقال امام به عراق موافقت نمودند. ورود امام در 13 مهر 1344ش به عراق پس از يازده ماه اقامت در تركيه، كه ابتدا به صورت ناشناس انجام گرفت، استقبال گرم و پرشور و بي سابقه‏اي را به دنبال آورد. حضرت امام پس از يك توقف كوتاه در كاظمين، براي زيارت مرقد مطهر امام هادي(ع) و امام عسگري(ع) رهسپار سامرا شدند و با استقبال باشكوه مردم و حوزه علميه سامرا مواجه گرديدند. روز بعد كربلا يكپارچه براي استقبال ازامام آماده شد و ايشان يك هفته بعد با استقبال بي‏سابقه مردم و حوزه علميه نجف وارد اين شهر شدند. هدف رژيم شاه از تغيير محل تبعيد امام آن بود كه با توجه به شرايط خاص و سنّتي حوزه علميه نجف كه هر تازه واردي در آن هضم مي‏شد، آوازه امام را از اين طريق به خاموشي بكشانند. اما حضرت امام با ادامه مبارزات خود، رهبري نهضت اسلامي را به شكلي ديگر پيگيري كرده به طوري كه رژيم بغداد مجبور به ايجاد فشار عليه ايشان و فراهم آوردن زمينه‏هاي خروج امام از اين كشور گرديد.