پس از انتخاب ماركوس به رياست جمهوري فيليپين در سال 1965م، حكومت ديكتاتوري وي تحت حمايت امريكا و كشورهاي غربي، به سركوب مخالفان خود اقدام كرد و تعداد زيادي را كشته و بسياري ديگر را به زندان افكند. اين امر اعتراضات متعددي را در كشور برانگيخت و گروه‏هاي متعددي عليه ديكتاتوري ماركوس تشكيل شدند. هم‏چنين از سال 1968م مبارزات خلق مسلمان جنوب كشور براي ايجاد يك كشور مستقل اسلامي شدت گرفت. در اين ميان، جبهه آزادي بخش مورو كه مهم‏ترين نيروي مخالف چريكي ماركوس بود به وجود آمد و از هشتم مارس همين سال به مدت حدود 20 سال به مبارزه مسلحانه عليه سياست‏هاي ضد اسلامي ماركوس ادامه داد. اما پس از بركناري ماركوس، در پي مذاكرات اين جبهه با دولت، طرفين در مورد آتش‏بس و امضاي قرارداد صلح به توافق رسيدند. بر اساس توافق فيمابين در 30 سپتامبر 1996م آتش‏بس برقرار شد و نيز قرار شد مسلمانان از كرسي‏هاي مخصوص در پارلمان برخوردار شده و در ديوان عالي كشور، دولت و رده‏هاي بالاي نيروي نظامي و انتظامي مشغول شوند. هم‏چنين براساس اين قرارداد، مسلمانان در ايالت مسلمان نشين ميندانائو به خودمختاري دست يافتند.