با آغاز دهه 1990م و وقوع تحولات وسيع در بلوك شرق، زمزمه‏هاي استقلال‏طلبي در كشورهاي شرقي اروپا آغاز شد كه در اين ميان، مجلس ملي بوسني و هرزگوين در 15 اكتبر 1991م، استقلال اين كشور را اعلام كرد و طي همه‏پرسي در تاريخ اول مارس 1992م مسلمانان بوسني با بيش از 99 درصد آراء، رأي به استقلال ميهن خود دادند. اما مجلس براي رأي‏گيري در مورد اصلاحيه قانون اساسي، با مخالفت صرب‏هاي حاضر در جلسه مواجه شد و مجلس، در نهايت، بدون حضور صرب‏هاي مخالف، استقلال اين جمهوري را رسميت بخشيد. صرب‏ها نيز كه در اقليت بودند، چهار منطقه صرب‏نشين را خودمختار اعلام كردند. اين اقدام با مخالفت رهبران مسلمان و كُروات مواجه شد ولي صرب‏ها با آغاز اعمال تروريستي، بمب‏گذاري و حمله به مراكز مسلمانان و كُروات‏ها، تهديد كردند كه مناطق ديگري را به مناطق خود مي‏افزايند. با گسترش حملات صرب‏ها، ارتش صربستان در نهم آوريل 1992م وارد يك جنگ تمام عيار عليه مسلمانان و كروات‏ها شد و به دنبال آن، تصفيه قومي و كشتار و خون‏ريزي حتي به روستاهاي كوچك نيز سرايت كرد. قتل‏عام وسيع مردم بوسني، مصادره اموال آنان، تخريب خانه‏ها، بمباران‏هاي هوايى و آتش توپخانه صرب‏ها عليه بوسني باعث شد تا مردم مسلمان اين منطقه، تحت شديدترين حملات وحشيانه صرب‏ها قرار گيرند. با اين حال، اين امر واكنش عَمَلي مجامع جهاني و سردمداران حمايت از حقوق بشر را در پي نداشت. عمده‏ترين دليل براي عدم دخالت و جلوگيري از ادامه كشتار و جنايات در اين منطقه، مسئله حضور اسلام و مسلمانان بود، چرا كه جامعه جهاني در مورد اختلاف صربستان و كرواسي، عملاً وارد ميدان شده و صربستان را به خاتمه جنگ وا داشته بود. در اين مسئله تعلل و تسامح نهادهاي بين‏المللي جهان باعث شد تا صرب‏ها به صورتي وحشيانه كشتار مسلمانان بوسني را ادامه دهند بدون اين كه از عواقب آن ترسي به خود راه دهند. سرانجام پس از گفتگوها و تبادل نظرهاي بسيار، قرارداد صلح دِيتون در سال 1996م به امضا رسيد و قرار شد كه مقام رياست جمهوري به طور دوره‏اي بين صرب‏ها، كروات‏ها و مسلمانان گردش كند.