هم‏زمان با يورش سپاهيان صليبي به مناطق شرق، واقعه مهم ديگري نيز روي داد كه سرآغاز دوران مخوف انكيزيسيون يا تفتيش عقايد در تاريخ مسيحيت به شمار مي‏رود. در اين زمان كه پاپ اينوسان سوم فرمان‏روايى داشت، وي دستور تشكيل دادگاه تفتيش عقايد را صادر كرد و از اين پس، اين دادگاه در سراسر اروپا به كار پرداخت. در واقع، اينوسان سوم در عقايد خود بسيار لجوج و سرسخت بود و به هيچ وجه تحمل شنيدن عقيده و نظري را برخلاف راي خود نداشت. به همين جهت كساني كه جرأت مي‏كردند نظري مخالف راي و نظر او ابراز كنند از سلاطين وقت گرفته تا افراد عادي تكفير مي‏شدند. اين دادگاه در 27 آوريل 1231م در اسپانيا نيز تأسيس شد و دوره جديدي از خشونت و قساوت را در اين سرزمين آغاز كرد. پاپ‏ها در اين زمان، از سلاطين و فرمان‏روايان سرزمين‏هاي مسيحي مي‏خواستند كه در سركوبي ملحدين، يعني هر كس كه از اوامر آنها سرپيچي مي‏كند، با ماموران كليسا همكاري داشته باشند وگرنه خود، ملحد و سزاوار عقوبت خواهند بود. از آن طرف، سلاطين و شاهزادگان و حكام محلي از بيم تكفير كه ممكن است به قيمت جانشان تمام شود، به فرامين پاپ گردن مي‏نهادند. كساني كه به اتهام الحاد و سرپيچي از فرامين الهي كه در واقع همان دستورات پاپ بود در اين دادگاه‏ها محاكمه مي‏شدند، حق داشتن وكيل را نداشتند و آراء محكمه قطعي و لازم الاجرا بود. در اين دادگاه‏ها، كساني كه مظنون به بدعت‏گذاري بودند، چنانچه نمي‏توانستند بي‏گناهي خود را ثابت كنند تكفير مي‏شدند و مجازات سنگيني در انتظارشان بود. سخت‏گيري در مورد محكومان دادگاه‏هاي تفتيش عقايد تا آنجا بود كه حتي اگر كسي ترتيب كفن و دفن آنان را مي‏داد، آن شخص نيز مستحق مجازات‏هاي سنگين مي‏شد. مفتش دادگاه نيز در مقابل هيچ مقامي جز پاپ پاسخگو نبود و كار خود را يك عمل الهي تلقي مي‏كرد. آراء صادره از اين دادگاه شامل شكنجه، تبعيد، محروميت از پست و مقام، مصادره اموال، زندان، سوزاندن و كشتن بود. وجود اين دادگاه‏ها از يك طرف باعث جمع‏آوري ثروت و غارت اموال محكومات توسط مفتّشان شد و از طرف ديگر به فروپاشي جايگاه معنوي رهبران به اصطلاح اخلاقي جامعه و بي‏معني شدن مفاهيم ارزشي و معنوي انجاميد. دادگاه‏هاي تفتيش عقايد سرانجام پس از شش قرن فعاليت جنايت بار، در 17 ژانويه 1808م تعطيل شدند.