ظهور مذهب پروتستان در اوايل قرن شانزدهم ميلادي، شكاف عميقي بين پيروان مسيحيت به وجود آورد و كاتوليك‏ها و پروتستان‏ها در طول سده‏هاي پس از آن، بارها با هم به نزاع و نبرد پرداختند. يكي از جنگ‏هاي معروف طرفداران پروتستان با كاتوليكْ مذهبان، در دهه دوم قرن هفدهم ميلادي به وقوع پيوست و در حدود سي سال به طول انجاميد. در روز 23 مه 1618م، پروتستان‏هاي چك كه از محدود شدن آزادي‏هايشان توسط فرديناند دوم، امپراتوري مقدس روم نگران بودند، دو فرستاده وي را به قتل رساندند و به اين ترتيب جنگ‏هاي سي ساله مذهبي در اروپا آغاز شد. اين جنگ‏ها كه عمدتاً در آلمان روي داد، فراز و نشيب‏هاي زيادي داشت. در طول جنگ، كشورهاي فرانسه، سوئد و دانمارك در حمايت از پروتستان‏ها و دولت اسپانيا و امپراتوري روم به طرفداري از كاتوليك‏ها وارد جنگ شدند. جنگ‏هاي سي ساله مذهبي اروپا در نهايت، با انعقاد پيمان وِسْتْفالي در سال 1648م خاتمه يافت، اما اسپانيا و فرانسه تا امضاي پيمان پيرْنِه در سال 1659م با هم درگير بودند. جنگ‏هاي سي ساله، علاوه بر ويراني و تجزيه آلمان و نيز تضعيف امپراتوري مقدس روم، قدرت يافتن فرانسه را در پي داشت. در اين جنگ‏ها اگر چه نزاع ديرينه دو مذهب كاتوليك و پروتستان نقش مهمي داشت، اما عواملي چون اختلاف‏هاي ارضي و سياسي دولت‏هاي اين قاره نيز در شروع و ادامه جنگ، بسيار مؤثر بود. از نتايج مهم اين جنگ‏ها، پايان نسبيِ درگيري‏هاي مذهبي پروتستان‏ها و كاتوليك‏ها و آغاز رشد جريان‏هاي ناسيوناليستي و ملي‏گرايى و نژادپرستي در اروپا بود. در كنار اين تاثيرات، تفكر جدايى دين از سياست نيز سر برآورد. به عبارتي، يكي از وقايع مهم اجتماعي كه زمينه جدايي نهاد ديني را از سياست فراهم ساخت، همين جنگ‏ها و پيمان وِسْتْفالي بود. در اين پيمان قرار بر اين شد كه قدرت اقتصادي كليسا تضعيف شود و به تعبيري، مراكز اقتصادي كه در سلطه كليسا بودند از نفوذ كليسا خارج گردند.