حدود يك سال پس از استقلال تاجيكستان در سال 1991م، جنگ داخلي در مورد نحوه اداره كشور ميان اسلام گرايان و دولت مردانِ طرفدار روسيه در گرفت كه خسارات و تلفات فراواني بر جاي گذاشت. در اين مدت، كشورهاي منطقه و سازمان ملل متحد تلاش كردند آرامش را به اين كشور آسياي مركزي بازگردانند. حاصل اين تلاش‏ها، توافقنامه‏اي بود كه با وساطت ايران و روسيه در ماه مه 1997م در تهران امضا و در 27 ژوئن آن سال، در مسكو نهايي شد. بر اساس اين توافقنامه كه بين امامعلي رحمانف رئيس جمهور و سيد عبداللَّه نوري رهبر مخالفان اسلام گراي تاجيكستان به امضا رسيد، سي در صد از سمت‏هاي دولتي به مخالفان واگذار شد و نيروهاي آنان نيز در ارتش تاجيكستان ادغام شدند. اين توافقنامه به جنگ داخلي پنج ساله در اين كشور خاتمه داد.