از بهار 1986م كه صادق المهدي سياست مدار معروف سودان، دولت غيرنظامي اين كشور را در پي سقوط جعفر نُميري حاكم ديكتاتور سودان تشكيل داد. تا سال 1989 كه دولت وي سقوط كرد، هيچ‏گاه كابينه يك دست و هم‏فكري نداشته و هيچ‏گاه خود را از خطر يك جنگ قدرت داخلي در امان نمي‏ديده است. رقابت احزاب در كشور براي كسب قدرت، مسأله شورشيان جنوب سودان، نياز شديد به كمك‏هاي خارجي، نارضايتي در ارتش سودان و بالاخره فقر فزاينده و اقتصاد نابسامان، از بزرگ‏ترين مشكلاتي بود كه دولت صادق المهدي با آن دست به گريبان بود. اين مشكلات كه حداقل 2 بار كابينه او را به سقوط كشاند سرانجام در روز 30 ژوئن 1989 به صورت كودتاي نظاميِ ارتش، به عمر دولت وي خاتمه داد. در اين كودتا كه توسط ژنرال عمر حسن احمد البشير هدايت شد، صادق المهدي بازداشت گرديد و تحت‏نظر قرار گرفت. عمر البشير پس از كودتا با صدور فرماني، تمام احزاب سياسي، سازمان‏هاي غيرمذهبي و اتحاديه‏هاي كارگري را منحل كرد و با ممنوع اعلام كردن انتشار روزنامه‏ها، قانون اساسي سودان را به حال تعليق درآورد. هم‏چنين ژنرال عمر البشير پس از كودتا در رأس قدرت قرار گرفت و سياستي مستقل از امريكا در پيش گرفت.