ظهور گروهك طالبان در جنوب افغانستان در سال 1994م و اعلام موجوديت آن در سپتامبر اين سال، چهره سياسي كشور و مسير جنگ و زد و خوردها را عوض كرد. طالبان كه در پاكستان آموزش ديده بودند و هدفشان ظاهراً برقراري دولت واحد اسلامي در افغانستان بود، پادگان‏هاي نظامي نواحي مركزي و غرب كشور را به سرعت تصرف كردند و در صدد تصرف كابل، پايتخت افغانستان برآمدند. دولت مركزي و متحدان وي كه از روي كار آمدن نيروي ناشناخته و تازه‏نفس طالبان شگفت‏زده و مأيوس شده بودند، در سال 1996م با هشت هزار تن از نيروهاي جنگجو و مسلّح طالبان كه شهر كابل را بمباران مي‏كردند روبرو شدند و ناگزير از عقب‏نشيني و تسليم پايتخت گرديدند. طالبان در نهايت پس از درگيري‏هاي خونين با ديگر گروه‏هاي افغان، در 27 سپتامبر 1996م وارد كابل شدند و دولت خود را در آنجا بنا نهادند. طالبان با حمايت پاكستان و عربستان سعودي و دولت امريكا در صحنه مبارزات سياسي افغانستان ظاهر شده بودند، به مرور بر اكثر نواحي كشور استيلا يافتند و تصميم گرفتند تا به اصطلاح بر اساس قوانين اسلامي حكومت كنند. آنان در اين مسير، سخت‏گيري‏هاي متعددي براي مردم اين كشور به ويژه زنان ايجاد كردند و نارضايتي مردم را دامن زدند. علي‏رغم اين كه گروه طالبان، حاكميت خود را بر بيش از 90% خاك افغانستان گسترده بودند، با اين حال، از شناسايى بين‏المللي برخوردار نبودند و تنها عربستان سعودي، امارات متحده عربي و پاكستان، حكومت طالبان بر افغانستان را به رسميت شناختند. وقوع حوادث يازدهم سپتامبر 2001م در امريكا كه ارتكاب آن به گروه‏هاي تندرو اسلامي به ويژه گروه القاعده به رهبري اُسامه بن لادن نسبت داده شده بود موجب گرديد كه دولت طالبان تحت فشار شديد قرار گيرد. در پي هشدارهاي دولت امريكا به طالبان و درخواست تسليم اسامه بن لادن به امريكا و عدم تمكين رهبري گروه طالبان، نيروهاي امريكايي و متحدان آن به منطقه اعزام شدند و در پي چندين هفته بمباران مراكز تسليحاتي و آموزشي گروهك طالبان و گروه القاعده، دولت طالبان از كابل عقب‏نشيني كرد و دور تازه‏اي از حوادث در اين كشور آغاز شد.