پس از استقلال اندونزي در سال 1950م، دكتر احمد سوكارنو به عنوان اولين رئيس جمهور اين كشور برگزيده شد و طي سال‏هاي بعد، شهرتي فراوان يافت. اما در فاصله سال‏هاي 1955 تا 1965م، وي با گرايش به چپ و وابستگي روزافزون به بلوك شرق، موقعيت خود را در ميان گروه‏هاي دست راستي و اسلامي از دست داد. در اين مدت، حزب كمونيست اندونزي نيز به نيرومندترين تشكيلات سياسي كشور مبدل شد. در اين ميان، دكتر سوكارنو در طي يك ماجراي اسرارآميز كه كودتاي حزب كمونيست اندونزي محسوب مي‏شد وضعيتي نامعلوم يافت. پس از آن، در 30 سپتامبر 1965م، يك ضد كودتاي وابسته به غرب به رهبري يك ژنرال ارتشي به نام سوهارتو صورت گرفت. به اين ترتيب كه در اين روز، ارتش اندونزي به بهانه خنثي كردن توطئه كودتا از طرف حزب كمونيست، دست به يك ضد كودتا زد و صدها هزار نفر از اعضاي حزب كمونيست اندونزي را قتل عام كرد. ضد كودتاي سوهارتو، يكي از كشتارهاي بي‏سابقه را در تاريخ به نمايش گذاشت و بنابر اخبار منتشر شده، در جريان آن، ظرف چند روز اول، بين 400 تا 700 هزار نفر از مردم اندونزي به بهانه كمونيست بودن، قتل‏عام شدند. نظاميان پس از به دست گرفتن قدرت، سوكارنو را در مقام رياست جمهوري نگاه داشتند، ولي سوكارنو ديگر جز حضور در مراسم و تشريفات مربوط به رياست جمهوري اختياري نداشت، تا اين‏كه يك سال بعد، از اين مقام تشريفاتي نيز مستعفي شد و ژنرال سوهارتو قدرت را در دست گرفت. سوهارتو كه از طرف قدرت‏هاي غربي حمايت مي‏شد پس از به قدرت رسيدن، فعاليت حزب كمونيست اندونزي را به سبب كشتار فراوان غيرقانوني اعلام كرد و از آن پس قدرت مطلق را در كشور در دست گرفت. سوهارتو سرانجام در حالي كه ابتداي هفتمين دوره رياست جمهوري خود را مي‏گذارند، بر اثر شورش‏هاي گسترده و تظاهرات اعتراض‏آميز، در ماه مه 1998م از قدرت كناره‏گيري كرد.