در 28 فروردين 1359، تعدادي از دانشجويان مسلمان كنترل دانشگاه تبريز را به دست گرفتند و فرداي آن روز، منافقين و گروهك‏ها، دانشگاه تربيت معلم را تصرف كردند. به دنبال اولتيماتوم سه روزه از طرف شوراي انقلاب به منافقين، مردم مسلمان، در دوم ارديبهشت 1359 موفق به شكست آنان شدند و اين حركت مورد تأييد امام قرار گرفت. پس از آن، ضرورت ايجاب مي‏كرد تا دانشگاه‏ها براي مدتي تعطيل باشد تا تغيير و تحولي اساسي در تمام نظام آموزشي كشور انجام شود، از اين رو دانشگاه‏ها از آن روز تعطيل شدند تا با مطالعه و دقت و فرصت كافي، تحولي بنيادين و اساسي در نظام دانشگاهي كشور پديد آيد. اين وظيفه به عهده ستاد انقلاب فرهنگي محوَّل گرديد تا اين كه دانشگاه‏ها در 27 آذر 1361 در سالروز وحدت حوزه و دانشگاه، بازگشايي شدند. اين حركت با هدف اسلامي كردن دانشگاه‏ها و خارج ساختن عوامل طاغوتي بود كه به انقلاب فرهنگي موصوف گرديد.