بر اثر پیگیری نهادهای اطلاعاتی، اسرار ارتباط شبکه مخفی- نظامی حزب توده با کا.گ.ب کشف می‌شود و حزب آماج کنترل‌های اطلاعاتی-عملیاتی قرار می‌گیرد. رهبری حزب به شدت به تدارکات دفاعی در ابعاد اطلاعاتی، سیاسی و تبلیغاتی می‌پردازد و می‌کوشد تا خود را از زیر ضربه خارج کند. از جمله در نیمه سال 1361 به قطع ارتباط مستقیم با شوروی دست می‌زند و ارتباط تشکیلات مخفی- نظامی را پیچیده‌تر و مستورتر می‌سازد. مع‌هذا، با پیگیری و هوشیاری نهادهای اطلاعاتی این اقدامات خنثی شده و نخستین گروه از رهبران و کادرهای درجه اول حزب دستگیر می‌شوند. سرانجام در تاریخ 6اردیبهشت سال1362 در عملیات «امیرالمؤمنین علی(ع)» که در شب میلاد مولای متقیات انجام گرفت، سازمان‌های علنی و مخفی حزب توده فرو می‌ریزد و در پی آن با اطلاعیه دادستانی کل انقلاب اسلامی انحلال آن اعلام می‌شود.