در حالي كه جمهوري اسلامي ايران درگير جنگي نابرابر بود و تمام توان و نيروي عناصر انقلابي در مسأله جنگ مصروف مي‏شد، اختلافات بين رييس جمهوري و مجلس، اوضاع داخلي را آشفته مي‏كرد. سرانجام كارشكني‏هاي بني‏صدر و اختلاف آفريني او كار را به جايي رسانيد كه بنا به توصيه حضرت امام خميني(ره)، مجلس شوراي اسلامي مسأله عدم كفايت سياسي او را به بحث گذاشت و آن را تصويب كرد. پس از عزل بني صدر از مسند رياست جمهوري كه قبل از آن، حضرت امام نيز منصب فرماندهي كل قوا را كه به او تفويض كرده بودند از وي باز ستاندند، كشور در حالي مهياي دومين انتخابات رياست جمهوري مي‏شد كه اثر تلخ اين حادثه هنوز هم در كام ياران انقلاب وجود داشت. در اين انتخابات، زمينه‏اي فراهم شد تا لياقت كارداني و تعهد شهيد رجايي بيشتر از قبل آشكار شود. در نهايت در تاريخ دوم مرداد 1360 ش، انتخابات رياست جمهوري و مجلس شوراي اسلامي برگزار شد كه از مجموع چهارده ميليون و هفتصد و بيست و دو هزار راي ماخوذه، برادر محمدعلي رجايي در حدود سيزده ميليون راي را به دست آورد و به عنوان دومين رييس جمهوري اسلامي ايران انتخاب شد. اين شهيد والامقام در حالي اين پست خطير را برعهده گرفت كه به تازگي، بني‏صدر مخلوع از ايران فراري شده و ايران پس از حادثه هفتم تير 1360، دوراني ويژه را مي‏گذارند. حكم رياست جمهوري محمدعلي رجايي در تاريخ يازدهم مرداد 1360 توسط حضرت امام تنفيذ شد و ايشان تا زمان شهادت به مدت كمتر از يك ماه، در اين پست خدمت كرد.