در دوازدهم مرداد 1376، مراسم تنفيذ حكم رياست جمهوري اسلامي ايران، حجت الاسلام و المسلمين خاتمي، از سوي مقام معظم رهبري، حضرت آيت‏اللَّه خامنه‏اي با حضور مقامات بلند پايه داخلي و خارجي در حسينيه امام خميني(ره) برگزار شد. مقام معظم رهبري در ضمن حكم تنفيذ فرمودند: امروز به بركت الطاف كريمانه پروردگار متعال و دعاي حضرت ولي عصر(عج) و شايستگي ملت بزرگ ايران، يك دوره ديگر از دوره‏هاي مسؤوليت اجرايي كشور آغاز مي‏شود. اينجانب ضمن تبريك به ملت عزيز و با معرفت به شايستگي دانشمند متفكر جناب حجت الاسلام آقاي سيد محمد خاتمي، راي ملت را تنفيذ و ايشان را به رياست جمهوري اسلامي ايران منصوب مي‏كنم.