آیت‌الله شیخ محمدباقر بیرجندی در ربیع‌الاول ۱۲۷۶ق در روستای «گازر» - از توابع قائن - در خانواده‌ای اصیل و با سابقه علمی دیده به جهان گشود و پس از طی دوران کودکی، ادبیات و علوم بلاغت را نزد والد بزرگوارش شیخ محمدحسن قائنی فراگرفت. مرحوم بیرجندی، ۱۲ ساله بود (۱۲۸۸ق) که به سوی قائن حرکت کرد و در مدرسه جعفریه ساکن شد و نزد برادرش حاج ملامحمدعلی و اساتید دیگر (هم‌چون سیدابوطالب قائنی) ادبیات و معانی و بیان را تکمیل نمود. علامه بیرجندی پس از عزیمت به مشهد مقدس و در سن ۱۴ سالگی (۱۲۹۰ق)، به مدرسه میرزاجعفر رفت و در مدت چند سال، برخی از کتب فقهی و اصولی (معالم، قوانین و شرح لمعه) را نزد میرزاهدایت‌الله مدرس ابهری و کتاب‌های شیخ انصاری (رسائل و مکاسب) را نزد شاگردان شیخ فراگرفت. حکمت و فلسفه را نیز نزد میرزاعلی‌رضا مدرس سبزواری و علوم تجدید و قرائت را در محضر ملاعلی مزینانی آموخت. وی در این مدرسه در کمال اعزاز و احترام بود و حجره مرحوم شیخ‌الرئیس قاجار را بدو داده بودند و به توصیه اعتصام‌الملک، رکن‌الدوله، فرمانروای خراسان، و میرزاسعیدخان، متولی آستان قدس، کمال احترام را بدو می‌کردند. استاد وی، میرزاهدایت‌الله ابهری بار‌ها گفته بود: «من درس را تنها برای ایشان می‌گویم، زیرا که شیخ بهایی در عالم رؤیا سفارش او را به من فرموده است و گفت که او در آینده به مقاماتی عالی خواهد رسید». شیخ محمدباقر بیرجندی در ۲۰ سالگی (۱۲۹۶ق) رخت سفر به تن کرد و آهنگ نجف نمود. وی درحالی‌که فاضلی کوشا و درس‌خوانده بود و در فقه، اصول، کلام، فلسفه و ادبیات دستی توانا داشت، در حلقه درس اساتید نام‌آور نجف اشرف شرکت جست و در فقه، اصول، درایه و رجال از محضر آنان استفاده‌های فراوانی برد. با ورود آیت‌الله میرزا شیرازی به سامرا (۱۲۹۳ق)، حوزه علمیه پرعظمت و باشکوهی در آنجا تشکیل گردید که چشم روزگار، مانند آن را کم‌تر دیده بود. از این‌رو، اکثر درس‌آموختگان نجف، پس از چندی راه به سامرا می‌سپردند تا از برکات وجودی میرزای شیرازی و شاگردان او بهره برند. مرحوم علامه شیخ محمدباقر بیرجندی نیز در سال ۱۳۰۰ق به سامرا رفت و سالیانی چند در فقه و اصول از محضر فقیه فخرآفرین شیعه، حضرت میرزای شیرازی (د. ۱۳۱۲ق)، بهره‌های فراوانی برد. وی هم‌زمان در علم حدیث و رجال از محضر محدث جلیل، میرزاحسین نوری (د. ۱۳۲۰ق) - صاحب مستدرک - استفاده کرد و مورد توجه فراوان آن دو قرار گرفت. میرزای شیرازی که استعداد او را در فقه دید، بدو دستور داد که در این علم، کتاب بنویسد و او به تألیف کتاب وثیقةالفقهاء و ایضاح‌الطریق مشغول شد. زمانی که جلد اول آن به پایان رسید، تقدیم محضر استاد نمود و میرزا پس از آن‌که یکی دو ماه آن را مطالعه فرمود، او را تحسین کرد و با تأکید و تکرار بدو گفت: «بنویس! بنویس!» علامه شیخ محمدباقر بیرجندی پس از رسیدن به مقام عالی اجتهاد و کسب اجازات متعدد اجتهادی و روایتی از اساتیدش در ۳۰ سالگی (۱۳۰۵ق) رهسپار حج بیت‌الله الحرام و مدینه منوره شد و پس از بازگشت از سفر حج، به سوی زادگاه خویش آهنگ سفر کرد و در آنجا رحل اقامت افکند. در بیرجند پس از ازدواج، به تألیف و تصنیف، تدریس علوم دینی و تربیت شاگردان، افتاء و پاسخ‌گویی به پرسش‌های مردم، اقامه جمعه (که آن را واجب تعیینی می‌دانست) و جماعت پرداخت. هم‌چنین منزل او محل رفع دعاوی و خصومات مردم و قضاوت شرعی بود و به‌عنوان حاکم شرع به اجرای احکام دین (مانند: طلاق زنانی که شوهران آن‌ها مفقود شده بودند) می‌پرداخت، و البته در اواخر عمر شریفش از قضاوت دوری می‌کرد. همه مردم منطقه قائن و بیرجند و مردمان افغانستان - از سنی (حنفی) و شیعه - در مسائل مذهبی، بدو مراجعه می‌کردند و او برحسب هریک از مذاهب، فتوا صادر می‌کرد و در خطابات رسمی از سوی علمای هرات و دولت افغانستان، از او به «مفتی‌الفریقین» تعبیر می‌شد. وی عقیده داشت هرکس باید برای روز جهاد، آماده باشد و واجب است فنون نظامی را فراگیرد و لذا هر روز تفنگش را برمی‌داشت و با گروهی از بزرگان و رؤسای شهر به صحرا می‌رفت تا تمرین تیراندازی نمایند و فنون رزم را بیش از پیش فراگیرد. حتی به برخی از جوانان، از زکات و حقوق شرعی مالی می‌پرداخت تا در تیراندازی استادی ماهر شوند و به گروهی دیگر آموزش دهند. هم‌چنین دو نفر از کسانی که در تیراندازی و کار با سلاح گرم مهارت داشتند استخدام کرده بود، که خبر این حرکت و اقدام در چند شماره روزنامه «حبل‌المتین» درج شد. او همه روزه به تدریس فقه و اصول می‌پرداخت و از این رهگذر، گروه بسیاری از فضلای قائن و بیرجند را در دامان خویش پروراند که برخی از ایشان عبارت‌اند از: آیت‌الله حاج شیخ محمدحسین آیتی بیرجند (۱۳۹۲-۱۳۱۰ق)، صاحب بهارستان و مقامات معنوی و آیت‌الله شیخ جواد عارفی بیرجندی. از آن مرد بزرگ، کتاب‌های فراوانی در رشته‌های مختلف علوم اسلامی چون: فقه، اصول، حدیث، تفسیر، تاریخ، کلام، رجال و درایه، قرائت و تجوید، شعر و ادب، به‌جای مانده که شمار آن‌ها به ۶۲ اثر می‌رسد و اکثر آن‌ها به خط شریفش در کتابخانه مرحوم آیت‌الله العظمی نجفی مرعشی موجود است. آیت‌الله شیخ محمدباقر بیرجندی سرانجام پس از عمری تلاش و کوشش در راه اعلای کلمه حق، در ذی‌الحجةالحرام سال ۱۳۵۲ هجری قمری در سن هفتاد و شش سالگی چشم از جهان فروبست. پیکر او را در مدرسه معصومیه غسل دادند و پس از تشییعی کم‌نظیر، در مقبره مخصوص خویش به خاک سپردند. به‌دنبال اعلام خبر وفاتش، در بیش‌تر شهرهای ایران مجالس یادبودی برگزار شد و حوزه علمیه قم به سوگ نشست و آیت‌الله مرعشی در مدرسه فیضیه، مجلس باشکوهی منعقد ساخت.