وزیر سابق اطلاعات در دولت خاتمی با مقايسه تطبيقي برخي شخصيت‌‏هاي سياسي کشور، به نحوه نگرش چهره‌‏هايي مانند ناطق نوري و هاشمي رفسنجاني در مقطع فعلي اشاره‌ کرد و گفت: آقاي ناطق نوري در حال حاضر، به انديشه‌‏هاي آقاي خاتمي خيلي نزديک شده است و آقاي هاشمي با هاشمي دوران رياست جمهوري‌‏اش تفاوت‌‏هاي زيادي کرده است.
علی یونسی با بيان اينکه خاتمي به يک اسطوره براي مردم تبديل شده است، گفت: شرايط جديد هم نشان مي‌‏دهد خاتمي چه مقدار در دل‌‏ها جا دارد. معتقدم اگر خاتمي کسي را پيدا مي‌‏کرد که بتواند مشکلات مردم را با شيوه‌‏اي مناسب حل کند، حتماً ترجيح مي‌‏داد خودش در انتخابات حضور نيابد.
وي با اشاره به ايده تشکيل دولت وحدت ملي که از سوي ناطق نوري مطرح شده است، گفت: اگر اين ايده عملياتي مي‌‏شد، بسيار خوب بود و کشور به شدت به وحدت نياز دارد. دعواها و رقابت‌‏هاي سياسي براي کشور لازم است ولي نه به اين تندي. زيرا در حال حاضر هدف اصلي بايد اين باشد که کشور از ناهنجاري‌‏هاي توسعه نيافتگي خارج شود.
وزیر سابق اطلاعات در بخش دیگری از این به ملاقاتش با هاشمي رفسنجاني در دوران وزارتش، اشاره کرده و می افزاید: وقتي وزير اطلاعات شدم، آقاي هاشمي 2 بار با من بحث کردند و گفتند: "شيوه‌‏اي که شما در وزارت اطلاعات در پيش گرفته‌‏ايد اين وزارتخانه را به شهرداري و تشکيلات بي‌‏خاصيت تبديل کرده است که هيچ کس نمي‌‏ترسد" و من هم به ايشان يادآور شدم در همه جاي دنيا به اين روش مي‌‏گويند سرويس اطلاعاتي و ما هم بايد به دنبال اين موضوع برويم که وزارت اطلاعات در خدمت مردم باشد.
وی خاطرنشان کرد: آقاي هاشمي در سال آخر وزارت ما در جمع مديران اين وزارتخانه به روشي که در وزارت اطلاعات در پيش گرفته بوديم، تأکيد کرد و گفتند: "همين روش درست است و بايد ادامه داشته باشد.