امامزاده سید محمد در فاصله ۵ کیلومتری شهر اصفهان و جنب دانشگاه صنعتی اصفهان این شهر و در فاصله 2 کیلومتری شهرستان خمینی‌شهر واقع شده‌است. این امامزاده در دامنه کوهی معروف به سید محمد قرار گرفته‌است.